angedist: Antigenic Genetic Distance

###
###  DEFINE BLOSUM MATRICES
###
###  source: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/C_DOC/lxr/source/data/BLOSUM80
###


# Entries for the BLOSUM80 matrix at a scale of ln(2)/2.0.
aa = c('A','R','N','D','C','Q','E','G','H','I','L','K',
       'M','F','P','S','T','W','Y','V','B','J','Z','X','-')

n = length(aa)

dat80 = c(5,-2,-2,-2,-1,-1,-1,0,-2,-2,-2,-1,-1,-3,-1,1,0,-3,-2,0,-2,-2,-1,-1,-6
          ,-2,6,-1,-2,-4,1,-1,-3,0,-3,-3,2,-2,-4,-2,-1,-1,-4,-3,-3,-1,-3,0,-1,-6
          ,-2,-1,6,1,-3,0,-1,-1,0,-4,-4,0,-3,-4,-3,0,0,-4,-3,-4,5,-4,0,-1,-6
          ,-2,-2,1,6,-4,-1,1,-2,-2,-4,-5,-1,-4,-4,-2,-1,-1,-6,-4,-4,5,-5,1,-1,-6
          ,-1,-4,-3,-4,9,-4,-5,-4,-4,-2,-2,-4,-2,-3,-4,-2,-1,-3,-3,-1,-4,-2,-4,-1,-6
          ,-1,1,0,-1,-4,6,2,-2,1,-3,-3,1,0,-4,-2,0,-1,-3,-2,-3,0,-3,4,-1,-6
          ,-1,-1,-1,1,-5,2,6,-3,0,-4,-4,1,-2,-4,-2,0,-1,-4,-3,-3,1,-4,5,-1,-6
          ,0,-3,-1,-2,-4,-2,-3,6,-3,-5,-4,-2,-4,-4,-3,-1,-2,-4,-4,-4,-1,-5,-3,-1,-6
          ,-2,0,0,-2,-4,1,0,-3,8,-4,-3,-1,-2,-2,-3,-1,-2,-3,2,-4,-1,-4,0,-1,-6
          ,-2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4,5,1,-3,1,-1,-4,-3,-1,-3,-2,3,-4,3,-4,-1,-6
          ,-2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3,1,4,-3,2,0,-3,-3,-2,-2,-2,1,-4,3,-3,-1,-6
          ,-1,2,0,-1,-4,1,1,-2,-1,-3,-3,5,-2,-4,-1,-1,-1,-4,-3,-3,-1,-3,1,-1,-6
          ,-1,-2,-3,-4,-2,0,-2,-4,-2,1,2,-2,6,0,-3,-2,-1,-2,-2,1,-3,2,-1,-1,-6
          ,-3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1,0,-4,0,6,-4,-3,-2,0,3,-1,-4,0,-4,-1,-6
          ,-1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4,8,-1,-2,-5,-4,-3,-2,-4,-2,-1,-6
          ,1,-1,0,-1,-2,0,0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1,5,1,-4,-2,-2,0,-3,0,-1,-6
          ,0,-1,0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2,1,5,-4,-2,0,-1,-1,-1,-1,-6
          ,-3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2,0,-5,-4,-4,11,2,-3,-5,-3,-3,-1,-6
          ,-2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4,2,-2,-2,-3,-2,3,-4,-2,-2,2,7,-2,-3,-2,-3,-1,-6
          ,0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4,3,1,-3,1,-1,-3,-2,0,-3,-2,4,-4,2,-3,-1,-6
          ,-2,-1,5,5,-4,0,1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2,0,-1,-5,-3,-4,5,-4,0,-1,-6
          ,-2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-5,-4,3,3,-3,2,0,-4,-3,-1,-3,-2,2,-4,3,-3,-1,-6
          ,-1,0,0,1,-4,4,5,-3,0,-4,-3,1,-1,-4,-2,0,-1,-3,-3,-3,0,-3,5,-1,-6
          ,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-6
          ,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,1)

blosum80 = matrix(data = dat80, nrow = n, byrow = TRUE)
rownames(blosum80) <- aa
colnames(blosum80) <- aa

#print(blosum80)