R/KappaStat.R

In BIOMOD: Ensemble platform for species distribution modeling

`KappaStat` <-
function(Misc)
{
    if(dim(Misc)[1]==1){
    	if(row.names(Misc)[1]=="FALSE") Misc <- rbind(Misc, c(0,0))
    	else{
    		a <- Misc
    		Misc <- c(0,0)
    		Misc <- rbind(Misc, a)
    	}
    }
    n <- sum(Misc)
    n.1 <- sum(Misc[,1])
    n.2 <- sum(Misc[,2])
    n1. <- sum(Misc[1,])
    n2. <- sum(Misc[2,])
    Po <- (1/n) * (Misc[1,1] + Misc[2,2])
    Pe <- ((1/n)^2) * ((as.numeric(n1.) * as.numeric(n.1)) + (as.numeric(n2.) * as.numeric(n.2)))
    K <- (Po - Pe)/(1 - Pe)
    #cat("\n Kappa=", K, "\n")
    return(K)
}