inst/scripts/AppA.R

In MPDiR: Data sets and scripts for Modeling Psychophysical Data in R.

### R code from vignette source 'InOut/InOut.Stex'

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### code chunk number 1: InOut.Stex:19-36
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options(width=60, digits = 3, str = strOptions(strict.widt = "cut"))
pkg <- search()[2] 
while (search()[2] !=  if(.Platform$GUI == "AQUA") "tools:RGUI" else "package:stats") {
#detach(pos = match(pkg, search()))
spkg <- strsplit( pkg, ":"  )[[1]][2] 
if (packageHasNamespace(spkg, .libPaths()[1]) )
unloadNamespace(spkg ) else detach(pos = match(pkg, search()))
 pkg <- search()[2]
 }
rm(list = ls())
gc()
library(MPDiR)
#library(lattice) 
#ltheme <- canonical.theme("pdf", color = FALSE) ## in-built B&W theme 
#ltheme$strip.background$bg <- "grey85" ## change strip bg 
#lattice.options(default.theme = ltheme) ## set as default 
#rm(ltheme)


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### code chunk number 2: InOut.Stex:113-114
###################################################
( x <- c(1.2, 4, 5.1, 7.2, pi) )


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### code chunk number 3: InOut.Stex:119-120
###################################################
( y <- 5 )


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### code chunk number 4: InOut.Stex:125-128
###################################################
a <- c("Over", "the", "rainbow")
d <- x < 4
ls.str()


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### code chunk number 5: InOut.Stex:141-142
###################################################
sum(d)


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### code chunk number 6: InOut.Stex:158-159
###################################################
sqrt(3)^2 == 3


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### code chunk number 7: InOut.Stex:164-165
###################################################
all.equal(sqrt(3)^2, 3)


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### code chunk number 8: InOut.Stex:174-175
###################################################
c(1,0,2,0) & c(1,2,3,4)


###################################################
### code chunk number 9: InOut.Stex:182-183
###################################################
c(1,0,2,0) && c(1,2,3,4)


###################################################
### code chunk number 10: InOut.Stex:194-196
###################################################
seq(1, 10, 2)
seq(0, 1, length.out = 5)


###################################################
### code chunk number 11: InOut.Stex:200-203
###################################################
rep(a, 3)
rep(a, each = 3)
rep(a, 1:3)


###################################################
### code chunk number 12: InOut.Stex:219-220
###################################################
( z <- c(3.1, 1.8, NA, 0.24) )


###################################################
### code chunk number 13: InOut.Stex:228-230
###################################################
mean(z)
mean(z, na.rm = TRUE)


###################################################
### code chunk number 14: InOut.Stex:236-239
###################################################
x[4]
a[c(2, 3)]
x[ x > 4]


###################################################
### code chunk number 15: InOut.Stex:246-248
###################################################
x <- 1:10
x[-seq(1, 5, 2)]


###################################################
### code chunk number 16: InOut.Stex:254-256
###################################################
nchar(a[3])
substring(a[1], 2, 4)


###################################################
### code chunk number 17: InOut.Stex:263-265
###################################################
x + 1:5
x * rep(c(2, 3), c(3, 2))


###################################################
### code chunk number 18: InOut.Stex:271-273
###################################################
x + y
x + 1:2


###################################################
### code chunk number 19: InOut.Stex:288-292
###################################################
w <- c(a = 5, b = 16, c = 4.1)
w
w["b"]
w[letters[2:3]]


###################################################
### code chunk number 20: InOut.Stex:304-307
###################################################
u <- 1:8
dim(u) <- c(2, 4)
u


###################################################
### code chunk number 21: InOut.Stex:316-319
###################################################
dim(u) <- rep(2, 3)
class(u)
str(u)


###################################################
### code chunk number 22: InOut.Stex:326-328
###################################################
m <- matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3)
arr <- array(1:16, dim = c(2, 2, 4))


###################################################
### code chunk number 23: InOut.Stex:334-337
###################################################
m[2, 3]
m[3, ]
m[, -2]


###################################################
### code chunk number 24: InOut.Stex:344-345
###################################################
m %*% m[, -1]


###################################################
### code chunk number 25: InOut.Stex:361-362
###################################################
ColVisLevs <- c("Normal", "Protan", "Deutan", "Tritan")


###################################################
### code chunk number 26: InOut.Stex:365-368
###################################################
ColVisType <- factor(rep(ColVisLevs, c(5, 1, 2, 0)),
     levels = ColVisLevs)
ColVisType


###################################################
### code chunk number 27: InOut.Stex:380-381
###################################################
unclass(ColVisType)


###################################################
### code chunk number 28: InOut.Stex:404-407
###################################################
DiscriminationLevs <- c("simple", "extreme", "dichromat")
ColDiscType <- ordered(DiscriminationLevs[c(1,1, 3, 2, 1, 2, 2, 3)], levels = DiscriminationLevs)
ColDiscType


###################################################
### code chunk number 29: InOut.Stex:423-427
###################################################
a.lst <- list(A = LETTERS[1:5], B = (1:5)^2,
  state = c(TRUE, FALSE, TRUE),
  f = factor(c("Male", "Female", "Male", "Female", "Female")))
a.lst


###################################################
### code chunk number 30: InOut.Stex:434-435
###################################################
a.lst[[2]]


###################################################
### code chunk number 31: InOut.Stex:443-444
###################################################
a.lst[2]


###################################################
### code chunk number 32: InOut.Stex:451-452
###################################################
a.lst$state


###################################################
### code chunk number 33: InOut.Stex:456-457
###################################################
a.lst[["state"]]


###################################################
### code chunk number 34: InOut.Stex:475-481
###################################################
d.df <- data.frame(x = c(0.12, 0.15, 0.11, 0.13, 0.10, 0.25,
	 0.22, 0.27),  Sex = c("Female",  "Male",  "Female", 
	 "Female", "Male", "Male", "Male",  "Male"), 
	 CVT = ColVisType
	)
d.df


###################################################
### code chunk number 35: InOut.Stex:497-500
###################################################
d.df$Sex
d.df[[1]]
d.df[["CVT"]]


###################################################
### code chunk number 36: InOut.Stex:505-508
###################################################
d.df[5, 3]
d.df[, 1]
d.df[4, ]


###################################################
### code chunk number 37: InOut.Stex:556-558
###################################################
x <- 1:6
ifelse(x > 3, "red", "green")


###################################################
### code chunk number 38: InOut.Stex:624-625
###################################################
data(HSP, package = "MPDiR")


###################################################
### code chunk number 39: InOut.Stex:651-652
###################################################
write.table(HSP, file = "HSP.txt")


###################################################
### code chunk number 40: InOut.Stex:678-680
###################################################
HSP <- read.table("HSP.txt")
str(HSP)


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### code chunk number 41: InOut.Stex:709-712
###################################################
SB2deg.df <- read.table(
  "http://www.cvrl.org/database/data/cones/linss10e_5.csv", 
  sep = ",")


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### code chunk number 42: InOut.Stex:725-726
###################################################
SB2deg.df[is.na(SB2deg.df[, 4]), 4] <- 0


###################################################
### code chunk number 43: InOut.Stex:729-730
###################################################
SB2deg.df[!complete.cases(SB2deg.df), 4] <- 0


###################################################
### code chunk number 44: InOut.Stex:744-745 (eval = FALSE)
###################################################
## read.table("clipboard")


###################################################
### code chunk number 45: InOut.Stex:749-750 (eval = FALSE)
###################################################
## read.table(pipe("pbpaste"))