inst/doc/ESTIMATE_Vignette.R

In estimate: Estimate of Stromal and Immune Cells in Malignant Tumor Tissues from Expression Data

### R code from vignette source 'ESTIMATE_Vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: load
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library(estimate)
OvarianCancerExpr <- system.file("extdata", "sample_input.txt", package="estimate")
filterCommonGenes(input.f=OvarianCancerExpr, output.f="OV_10412genes.gct", id="GeneSymbol")


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### code chunk number 2: estimate
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estimateScore("OV_10412genes.gct", "OV_estimate_score.gct", platform="affymetrix")


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### code chunk number 3: fig1plot
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plotPurity(scores="OV_estimate_score.gct", samples="s516", platform="affymetrix")


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### code chunk number 4: runningtime1
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ptm <- proc.time()
filterCommonGenes(input.f=OvarianCancerExpr, output.f="OV_10412genes.gct", id="GeneSymbol")
proc.time()-ptm


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### code chunk number 5: runningtime2
###################################################
ptm <- proc.time()
estimateScore("OV_10412genes.gct", "OV_estimate_score.gct", platform="affymetrix")
proc.time()-ptm