LatexStyle2.R
In BiocStyle: Standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

### R code from vignette source 'LatexStyle2.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: fig
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par(mar=c(4,4,0.5,0.5))
plot(cars)


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### code chunk number 3: widefig
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par(mar=c(4,4,0.5,0.5))
plot(cars)


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### code chunk number 4: smallfig
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par(mar=c(4,4,0.5,0.5))
plot(cars)


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### code chunk number 5: squarefig
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par(mar=c(4,4,0.5,0.5))
plot(cars)


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### code chunk number 6: figureexample
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par(mar=c(4,4,0.5,0.5))
v = seq(0, 60i, length=1000)
plot(abs(v)*exp(v), type="l", col="Royalblue")


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### code chunk number 7: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())


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### code chunk number 8: latexPkgs
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bioconductor.sty = readLines(BiocStyle:::bioconductor.sty)
pattern = "^\\\\RequirePackage(\\[.*\\])?\\{([[:alnum:]]+)\\}.*"
pkgs = sub(pattern, "\\2", grep(pattern, bioconductor.sty, value = TRUE))
# add hyperref which is not captured by the regex
pkgs = c(pkgs, "hyperref")
# list sorted and unique names
pkgs = sort(unique(pkgs))
latexpkgs = paste0("\\\\latex{", pkgs, "}", collapse=", ")