MethTargetedNGS.R
In MethTargetedNGS: Perform Methylation Analysis on Next Generation Sequencing Data

### R code from vignette source 'MethTargetedNGS.Rnw'

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### code chunk number 1: Loading files in R
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library(MethTargetedNGS)
healthy = system.file("extdata", "Healthy.fasta", package = "MethTargetedNGS")
tumor = system.file("extdata", "Tumor.fasta", package = "MethTargetedNGS")
reference = system.file("extdata", "Reference.fasta", package = "MethTargetedNGS")


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### code chunk number 2: Aligning samples to reference sequence
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hAlign = methAlign(healthy,reference)
tAlign = methAlign(tumor,reference)


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### code chunk number 3: :Heatmap
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hHeatmap = methHeatmap(hAlign,plot=TRUE)


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### code chunk number 4: MethTargetedNGS.Rnw:54-55
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hHeatmap = methHeatmap(hAlign,plot=TRUE)


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### code chunk number 5: Calculating Methylation Average
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hAvg = methAvg(hAlign,plot=FALSE)
hAvg


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### code chunk number 6: Calculating methylation entropy
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hEnt <- methEntropy(hAlign)
hEnt


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### code chunk number 7: Calculate statistically significant CpG sites in samples
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SigCpGsites = fishertest_cpg(hAlign,tAlign,plot=FALSE)
SigCpGsites


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### code chunk number 8: Odd Ratio
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odSamps = odd_ratio(hAlign,tAlign,plot=FALSE)
odSamps


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### code chunk number 9: MethTargetedNGS.Rnw:101-102
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compare_samples(hAlign,tAlign)


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### code chunk number 10: Complete Methylation Analysis Comparison
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compare_samples(hAlign,tAlign)


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### code chunk number 11: Creating Profile Hidden Markov Model from Multiple Sequence Alignment
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msa = system.file("extdata", "msa.fasta", package = "MethTargetedNGS")
if (file.exists("/usr/bin/hmmbuild"))
hmmbuild(file_seq=msa,file_out="hmm",pathHMMER = "/usr/bin/")


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### code chunk number 12: Calculate likelihood of sequences against HMM
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if (file.exists("/usr/bin/nhmmer")){
res <- nhmmer("hmm",tumor,pathHMMER = "/usr/bin/")
res$Total.Likelihood.Score
}