inst/doc/Risa.R

In Risa: Converting experimental metadata from ISA-tab into Bioconductor data structures

### R code from vignette source 'Risa.Rnw'

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### code chunk number 1: LibraryPreload
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library(Risa)
require(faahKO)


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### code chunk number 2: Risa-readISAtab
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faahkoISA <- readISAtab(find.package("faahKO"))


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### code chunk number 3: Risa-processXcmsSet
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 assay.filename <- faahkoISA["assay.filenames"][1]
 faahkoXset <- processAssayXcmsSet(faahkoISA, assay.filename)


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### code chunk number 4: Risa-update
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updateAssayMetadata(faahkoISA, assay.filename,"Derived Spectral Data File","faahkoDSDF.txt" )


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### code chunk number 5: Risa-write.assay.file
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 temp = tempdir()
 write.ISAtab(faahkoISA, temp)
 #write.assay.file(faahkoISA, assay.filename, temp)


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### code chunk number 6: pkgs
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toLatex(sessionInfo())