mQTLUse.R
In mQTL.NMR: Metabolomic Quantitative Trait Locus Mapping for 1H NMR data

### R code from vignette source 'mQTLUse.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: R
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# Download raw data files
library(mQTL.NMR)
load_datafiles()
format_mQTL(phenofile,genofile,physiodat,cleandat,cleangen)


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### code chunk number 3: R
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# Constant Sum normalization
nmeth<-'CS'
normalise_mQTL(cleandat,CSnorm,nmeth)


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### code chunk number 4: R
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align_mQTL(CSnorm,aligdat)


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### code chunk number 5: R
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met="rectangle" # choose the statistical summarizing measure ("max","sum","trapez",...)
pre_mQTL(aligdat, reducedF, RedMet="SRV",met, corrT=0.9)


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### code chunk number 6: R
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results<- list() # a list to stock the mQTL mapping results
nperm<- 0 # number of permutations if required
results<-process_mQTL(reducedF, cleangen, nperm)


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### code chunk number 7: R
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 post_mQTL(results)


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### code chunk number 8: R
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summary_mQTL(results,rectangle_SRV,T=8)


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### code chunk number 9: R
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circle_mQTL(results, T=8,spacing=0)


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### code chunk number 10: mQTLUse.Rnw:134-136
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library("graphics")
circle_mQTL(results, T=8,spacing=0)


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### code chunk number 11: R
###################################################
simple.plot(file=aligdat,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="NMR profile")


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### code chunk number 12: mQTLUse.Rnw:155-156
###################################################
simple.plot(file=aligdat,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="NMR profile")


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### code chunk number 13: R
###################################################
SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="Clusters plot")


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### code chunk number 14: mQTLUse.Rnw:165-166
###################################################
SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="Cluster plot")


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### code chunk number 15: R
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Top_SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,results=results,met=met,intMeth="mean")


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### code chunk number 16: mQTLUse.Rnw:176-177
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Top_SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,results=results,met=met,intMeth="mean")


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### code chunk number 17: R
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SRV_lod.plot(results,rectangle_SRV,T=1)


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### code chunk number 18: mQTLUse.Rnw:183-184
###################################################
SRV_lod.plot(results,rectangle_SRV,T=1)


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### code chunk number 19: mQTLUse.Rnw:196-197
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sessionInfo()