depsearch.R
In pint: Pairwise INTegration of functional genomics data

### R code from vignette source 'depsearch.Rnw'

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### code chunk number 1: depsearch.Rnw:81-83
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library(pint)
data(chromosome17)


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### code chunk number 2: depsearch.Rnw:116-117
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models <- screen.cgh.mrna(geneExp, geneCopyNum, windowSize = 10, chr = 17, arm = 'q')


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### code chunk number 3: depsearch.Rnw:150-151
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plot(models, showTop = 10)


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### code chunk number 4: depsearch.Rnw:165-166
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topGenes(models, 5)


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### code chunk number 5: depsearch.Rnw:185-187
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model <- topModels(models)
plot(model, geneExp, geneCopyNum)


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### code chunk number 6: details
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sessionInfo()