BPEC.R
In BPEC: Bayesian Phylogeographic and Ecological Clustering

### R code from vignette source 'BPEC.Rnw'

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### code chunk number 1: BPEC.Rnw:382-384
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options(prompt = "R> ", continue = "+  ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE)
# setwd("~/Dropbox/Research/BPECpackage/ManolopoulouHilleEmersonJSS_final/Code")


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### code chunk number 2: BPEC.Rnw:387-389
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library("BPEC")
rawSeqs <- bpec.loadSeq("haplotypes.nex")


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### code chunk number 3: BPEC.Rnw:422-423
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coordsLocs <- bpec.loadCoords("coordsLocsFile.txt", header = TRUE)


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### code chunk number 4: BPEC.Rnw:427-431
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data("MacrocnemisRawSeqs")
data("MacrocnemisCoordsLocs")
rawSeqs <- MacrocnemisRawSeqs
coordsLocs <- MacrocnemisCoordsLocs


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### code chunk number 5: BPEC.Rnw:439-441 (eval = FALSE)
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## bpecout <- bpec.mcmc(rawSeqs, coordsLocs, maxMig = 3, iter = 1000000,
##                     ds = 3, postSamples = 1000, dims = 8)


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### code chunk number 6: BPEC.Rnw:618-620
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#save(bpecout,file="bpecout.RData")
load("bpecout.RData")


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### code chunk number 7: BPEC.Rnw:626-629 (eval = FALSE)
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## par(mar = c(0, 0, 0, 0))
## bpec.contourPlot(bpecout, GoogleEarth = 0, mapType = "osm",
##                  colorCode = c(7, 5, 6, 3, 2), mapCentre = NULL, zoom = 7)


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### code chunk number 8: BPEC.Rnw:664-666 (eval = FALSE)
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## par(mfrow = c(2, 3))
## bpec.covariatesPlot(bpecout, colorCode = c(7, 5, 6, 3, 2))


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### code chunk number 9: BPEC.Rnw:683-684 (eval = FALSE)
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## bpec.tree <- bpec.treePlot(bpecout, colorCode = c(7, 5, 6, 3, 2))


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### code chunk number 10: BPEC.Rnw:690-692
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par(mfrow = c(1, 1), mar = c(0, 0, 0, 0), ask = T)
bpec.tree <- bpec.treePlot(bpecout, colorCode = c(7, 5, 6, 3, 2))


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### code chunk number 11: BPEC.Rnw:704-705 (eval = FALSE)
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## bpec.geo <- bpec.geoTree(bpecout, file = "GoogleEarthTree.kml")