MoranI.R
In ape: Analyses of Phylogenetics and Evolution

### R code from vignette source 'MoranI.Rnw'

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### code chunk number 1: MoranI.Rnw:19-20
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options(width = 80, prompt = "> ")


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### code chunk number 2: MoranI.Rnw:119-123
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body <- c(4.09434, 3.61092, 2.37024, 2.02815, -1.46968)
longevity <- c(4.74493, 3.3322, 3.3673, 2.89037, 2.30259)
names(body) <- names(longevity) <- c("Homo", "Pongo", "Macaca",
                                     "Ateles", "Galago")


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### code chunk number 3: MoranI.Rnw:129-135
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library(ape)
trnwk <- "((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62)"
trnwk[2] <- ":0.38,Galago:1.00);"
tr <- read.tree(text = trnwk)
plot(tr)
axisPhylo()


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### code chunk number 4: MoranI.Rnw:141-143
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w <- 1/cophenetic(tr)
w


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### code chunk number 5: MoranI.Rnw:147-148
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diag(w) <- 0


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### code chunk number 6: MoranI.Rnw:152-153
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Moran.I(body, w)


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### code chunk number 7: MoranI.Rnw:173-174
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Moran.I(body, w, alt = "greater")


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### code chunk number 8: MoranI.Rnw:179-180
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Moran.I(longevity, w)


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### code chunk number 9: MoranI.Rnw:241-244
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data(carnivora)
carnivora$log10SW <- log10(carnivora$SW)
carnivora$log10FW <- log10(carnivora$FW)


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### code chunk number 10: MoranI.Rnw:248-251
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fm1.carn <- log10SW ~ Order/SuperFamily/Family/Genus
co1 <- correlogram.formula(fm1.carn, data = carnivora)
plot(co1)


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### code chunk number 11: MoranI.Rnw:266-269
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fm2.carn <- log10SW + log10FW ~ Order/SuperFamily/Family/Genus
co2 <- correlogram.formula(fm2.carn, data = carnivora)
print(plot(co2))


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### code chunk number 12: MoranI.Rnw:277-278
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plot(co2, FALSE)