inst/testScripts/system/chipTypes/MOUSEDIVm520650/21.doASCRMAv2.R

In aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets

##########################################################################
# Allele-specific CRMAv2
##########################################################################
library("aroma.affymetrix")
verbose <- Arguments$getVerbose(-8, timestamp=TRUE)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Setup
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
dataSet <- "GSE27691"
chipType <- "MOUSEDIVm520650"

csR <- AffymetrixCelSet$byName(dataSet, chipType=chipType)
print(csR)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# AS-CRMAv2
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
res <- doASCRMAv2(csR, lengthRange=c(450,2000), drop=FALSE, verbose=verbose)
print(res)