Nothing
inst/doc/soiltexture_vignette.R
In soiltexture: Functions for Soil Texture Plot, Classification and Transformation
### R code from vignette source 'soiltexture_vignette.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: soiltexture_vignette.Rnw:99-111
###################################################
# Set a few Sweave options:
options(
width = 65, # width of R output
prompt = " ", # Sign preceding R input in R-GUI
continue = " " # same, but after 2nd line
) #
# The working directory:
# setwd("C:/_RTOOLS/SWEAVE_WORK/SOIL_TEXTURES/rforge/pkg/soiltexture/inst/doc/INOUT")
# And load the xtable package:
library( "xtable" )
###################################################
### code chunk number 2: soiltexture_vignette.Rnw:130-153
###################################################
old.wd <- getwd()
# setwd("C:/_RTOOLS/SWEAVE_WORK/SOIL_TEXTURES/rforge/pkg/soiltexture/inst/doc/INOUT")
# if( !("soiltexture" %in% as.character( installed.packages()[,1] )) )
# { #
# suppressMessages(
# install.packages(
# pkgs = "soiltexture"
# # repos = "http://R-Forge.R-project.org"
# ) #
# ) #
# } #
suppressPackageStartupMessages( library( "soiltexture" ) )
# library(
# package = "soiltexture",
# character.only = TRUE,
# quietly = TRUE
# )
# setwd(old.wd)
###################################################
### code chunk number 3: COVERFIG
###################################################
TT.plot(class.p.bg.col=T,class.sys="USDA-NCSS.TT",main=NA)
###################################################
### code chunk number 4: soiltexture_vignette.Rnw:367-407
###################################################
bornes <- c(0,2,20,50,200,2e3,20e3)
noms <- c("Cl","FiSi","CoSi","FiSa","CoSa","Gr","St")
txt.b <- expression( 0*mu*m, 2*mu*m, 20*mu*m, 50*mu*m, 200*mu*m, 2*'mm', 2*'cm')
tmp <- data.frame(bornes,noms) # ,txt.b
#tmp$"txt.b" <- as.character(tmp$"txt.b")
par( "mar"=c(4,1,1,1)+0.1 ) # c(bottom, left, top, right)
plot(
x = tmp$"bornes"[-1],
y = rep(1,dim(tmp[-1,])[1]),
type = "n",
main = "",
xlab = "Soil particule sizes",
ylab = "",
yaxt = "n", xaxt = "n",
log = "x",
xlim = c(0.2,75e3),
bty = "n",
cex.lab = 2
) #
abline(v=tmp$"bornes",lty=3,lwd=c(2,4,2,4,2,4,2))
abline(h=par("usr")[3:4],lty=1,lwd=4)
mtext(
text = txt.b[-1],
side = 1,
line = rep(
c(0.5,1.25),
(dim(tmp)[1]-1)/2
), #
at = tmp$"bornes"[-1],
cex = 2
) #
xtxt <- (tmp$"bornes"[1:(length(tmp$"bornes"))]+c(tmp$"bornes"[2:length(tmp$"bornes")],75e3))/2
text(x=xtxt,y=rep(1,length(xtxt)),labels=tmp$"noms",cex=2)
###################################################
### code chunk number 5: soiltexture_vignette.Rnw:496-505
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = data.frame(
"CLAY" = 45,
"SILT" = 38,
"SAND" = 17
), #
main = NA
) #
###################################################
### code chunk number 6: soiltexture_vignette.Rnw:543-552
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
tri.data = data.frame(
"CLAY" = 45,
"SILT" = 38,
"SAND" = 17
),
main = NA
)
###################################################
### code chunk number 7: soiltexture_vignette.Rnw:557-558
###################################################
library( "xtable" )
###################################################
### code chunk number 8: soiltexture_vignette.Rnw:561-567
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the European system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 9: soiltexture_vignette.Rnw:640-641 (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages( pkgs = "soiltexture" )
###################################################
### code chunk number 10: soiltexture_vignette.Rnw:650-654 (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages(
## pkgs = "soiltexture",
## repos = "http://R-Forge.R-project.org"
## )
###################################################
### code chunk number 11: soiltexture_vignette.Rnw:661-662
###################################################
library( soiltexture )
###################################################
### code chunk number 12: soiltexture_vignette.Rnw:670-672 (eval = FALSE)
###################################################
## detach( "package:soiltexture" )
## remove.packages( "soiltexture" )
###################################################
### code chunk number 13: soiltexture_vignette.Rnw:771-772
###################################################
TT.plot( class.sys = "none" )
###################################################
### code chunk number 14: soiltexture_vignette.Rnw:797-798
###################################################
TT.plot( class.sys = "USDA.TT" )
###################################################
### code chunk number 15: soiltexture_vignette.Rnw:812-818
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "USDA.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the USDA system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 16: soiltexture_vignette.Rnw:834-835 (eval = FALSE)
###################################################
## TT.plot( class.sys = "USDA-NCSS.TT" )
###################################################
### code chunk number 17: soiltexture_vignette.Rnw:851-852
###################################################
TT.plot( class.sys = "USDA1911" )
###################################################
### code chunk number 18: soiltexture_vignette.Rnw:866-872
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "USDA1911" )
xtable(
x = tex.tbl[, -3 ], #
caption = "Texture classes of the Whitney 1911 system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 19: soiltexture_vignette.Rnw:901-902
###################################################
TT.plot( class.sys = "HYPRES.TT" )
###################################################
### code chunk number 20: soiltexture_vignette.Rnw:922-928
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the European system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 21: soiltexture_vignette.Rnw:948-949
###################################################
TT.plot( class.sys = "FR.AISNE.TT" )
###################################################
### code chunk number 22: soiltexture_vignette.Rnw:963-969
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FR.AISNE.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the French 'Aisne' system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 23: soiltexture_vignette.Rnw:988-989
###################################################
TT.plot( class.sys = "FR.GEPPA.TT" )
###################################################
### code chunk number 24: soiltexture_vignette.Rnw:1000-1006
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FR.GEPPA.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the French 'GEPPA' system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 25: soiltexture_vignette.Rnw:1029-1030
###################################################
TT.plot( class.sys = "DE.BK94.TT" )
###################################################
### code chunk number 26: soiltexture_vignette.Rnw:1041-1047
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.BK94.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the German system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 27: soiltexture_vignette.Rnw:1072-1073
###################################################
TT.plot( class.sys = "DE.SEA74.TT" )
###################################################
### code chunk number 28: soiltexture_vignette.Rnw:1078-1079
###################################################
plLim <- TT.get("DE.SEA74.TT")[["base.css.ps.lim"]][3]
###################################################
### code chunk number 29: soiltexture_vignette.Rnw:1090-1096
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.SEA74.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the German SEA 1974 system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 30: soiltexture_vignette.Rnw:1111-1117
###################################################
TT.plot(
class.sys = "DE.SEA74.TT",
blr.clock = rep(T,3),
tlr.an = rep(60,3),
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
) #
###################################################
### code chunk number 31: soiltexture_vignette.Rnw:1133-1134
###################################################
TT.plot( class.sys = "DE.TGL85.TT" )
###################################################
### code chunk number 32: soiltexture_vignette.Rnw:1139-1140
###################################################
plLim <- TT.get("DE.TGL85.TT")[["base.css.ps.lim"]][3]
###################################################
### code chunk number 33: soiltexture_vignette.Rnw:1151-1157
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.TGL85.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the German TGL 1985 system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 34: soiltexture_vignette.Rnw:1168-1174
###################################################
TT.plot(
class.sys = "DE.TGL85.TT",
blr.clock = rep(T,3),
tlr.an = rep(60,3),
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
) #
###################################################
### code chunk number 35: soiltexture_vignette.Rnw:1189-1190
###################################################
TT.plot( class.sys = "UK.SSEW.TT" )
###################################################
### code chunk number 36: soiltexture_vignette.Rnw:1200-1206
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "UK.SSEW.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the UK system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 37: soiltexture_vignette.Rnw:1223-1224
###################################################
TT.plot( class.sys = "AU2.TT" )
###################################################
### code chunk number 38: soiltexture_vignette.Rnw:1235-1241
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "AU2.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Australian system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 39: soiltexture_vignette.Rnw:1263-1264
###################################################
TT.plot( class.sys = "BE.TT" )
###################################################
### code chunk number 40: soiltexture_vignette.Rnw:1279-1285
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "BE.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Belgian system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 41: soiltexture_vignette.Rnw:1303-1304
###################################################
TT.plot( class.sys = "CA.EN.TT" )
###################################################
### code chunk number 42: soiltexture_vignette.Rnw:1311-1312
###################################################
TT.plot( class.sys = "CA.FR.TT" )
###################################################
### code chunk number 43: soiltexture_vignette.Rnw:1325-1331
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "CA.EN.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Canadian (en) system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 44: soiltexture_vignette.Rnw:1338-1344
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "CA.FR.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Canadian (fr) system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 45: soiltexture_vignette.Rnw:1370-1371
###################################################
TT.plot( class.sys = "ISSS.TT" )
###################################################
### code chunk number 46: soiltexture_vignette.Rnw:1384-1390
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "ISSS.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the ISSS system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 47: soiltexture_vignette.Rnw:1408-1409
###################################################
TT.plot( class.sys = "ROM.TT" )
###################################################
### code chunk number 48: soiltexture_vignette.Rnw:1422-1428
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "ROM.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Romanian system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 49: soiltexture_vignette.Rnw:1439-1445
###################################################
TT.plot(
class.sys = "ROM.TT",
blr.clock = c(F,T,NA),
tlr.an = c(45,90,45),
blr.tx = c("SILT","CLAY","SAND"),
) #
###################################################
### code chunk number 50: soiltexture_vignette.Rnw:1473-1480
###################################################
test <- try( TT.plot( class.sys = "PL.TT" ) )
# In case the polish triangle was not loaded at startup
if( "try-error" %in% class(test) ){
plot(1,1,type="n",)
text(1,1,label="Plotting failed. Polish triangle not loaded")
}
###################################################
### code chunk number 51: soiltexture_vignette.Rnw:1504-1506
###################################################
test <- try( plLim <- TT.get("PL.TT")[["base.css.ps.lim"]][3] )
if( "try-error" %in% class(test) ){ plLim <- NA_real_ }
###################################################
### code chunk number 52: soiltexture_vignette.Rnw:1529-1537
###################################################
test <- try( tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "PL.TT" ) )
if( !"try-error" %in% class(test) ){
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Polish system / triangle",
label = NULL
) #
}
###################################################
### code chunk number 53: soiltexture_vignette.Rnw:1591-1598
###################################################
test <- try( TT.plot( class.sys = "Polish_PTG_1956_Musierowicz.TT" ) )
# In case the polish triangle was not loaded at startup
if( "try-error" %in% class(test) ){
plot(1,1,type="n",)
text(1,1,label="Plotting failed. Polish triangle not loaded")
}
###################################################
### code chunk number 54: soiltexture_vignette.Rnw:1610-1612
###################################################
test <- try( plLim <- TT.get("Polish_PTG_1956_Musierowicz.TT")[["base.css.ps.lim"]][3] )
if( "try-error" %in% class(test) ){ plLim <- NA_real_ }
###################################################
### code chunk number 55: soiltexture_vignette.Rnw:1623-1632
###################################################
test <- try( tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys =
"Polish_PTG_1956_Musierowicz.TT" ) )
if( !"try-error" %in% class(test) ){
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Polish texture triangle (PTG 1956 Musierowicz)",
label = NULL
) #
}
###################################################
### code chunk number 56: soiltexture_vignette.Rnw:1653-1660
###################################################
test <- try( TT.plot( class.sys = "Polish_BN_1978.TT" ) )
# In case the polish triangle was not loaded at startup
if( "try-error" %in% class(test) ){
plot(1,1,type="n",)
text(1,1,label="Plotting failed. Polish triangle not loaded")
}
###################################################
### code chunk number 57: soiltexture_vignette.Rnw:1680-1682
###################################################
test <- try( plLim <- TT.get("Polish_BN_1978.TT")[["base.css.ps.lim"]][3] )
if( "try-error" %in% class(test) ){ plLim <- NA_real_ }
###################################################
### code chunk number 58: soiltexture_vignette.Rnw:1693-1701
###################################################
test <- try( tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "Polish_BN_1978.TT" ) )
if( !"try-error" %in% class(test) ){
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Polish system / triangle",
label = NULL
) #
}
###################################################
### code chunk number 59: soiltexture_vignette.Rnw:1720-1721
###################################################
TT.plot( class.sys = "BRASIL.TT" )
###################################################
### code chunk number 60: soiltexture_vignette.Rnw:1734-1740
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "BRASIL.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Brazilian system (1996)",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 61: soiltexture_vignette.Rnw:1758-1759
###################################################
TT.plot( class.sys = "SiBCS13.TT" )
###################################################
### code chunk number 62: soiltexture_vignette.Rnw:1772-1778
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "SiBCS13.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Brazilian system (2013)",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 63: soiltexture_vignette.Rnw:1801-1818
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 64: soiltexture_vignette.Rnw:1826-1843
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "FR.AISNE.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 65: soiltexture_vignette.Rnw:1851-1868
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "UK.SSEW.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "DE.BK94.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 66: soiltexture_vignette.Rnw:1875-1892
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "AU2.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "BE.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 67: soiltexture_vignette.Rnw:1900-1917
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "CA.EN.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "CA.FR.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 68: soiltexture_vignette.Rnw:1931-1935
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
class.p.bg.col = c("red","green","blue","pink","purple")
) #
###################################################
### code chunk number 69: soiltexture_vignette.Rnw:1956-1973
###################################################
# First plot the USDA texture triangle, and retrieve its
# geometrical features, silently outputted by TT.plot
geo <- TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
main = "USDA and French Aisne triangles, overplotted"
) #
# Then overplot the French Aisne texture triangle,
# and customise the colors so triangles are well distinct.
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.AISNE.TT",
# Additional "graphical" options
class.line.col = "red",
class.lab.col = "red",
lwd.axis = 2
) #
###################################################
### code chunk number 70: soiltexture_vignette.Rnw:1991-2008
###################################################
# First plot the USDA texture triangle, and retrieve its
# geometrical features, silently outputted by TT.plot
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.AISNE.TT",
main = "French Aisne and GEPPA triangles, overplotted"
) #
# Then overplot the French Aisne texture triangle,
# and customise the colors so triangles are well distinct.
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
# Additional "graphical" options
class.line.col = "red",
class.lab.col = "red",
lwd.axis = 2
) #
###################################################
### code chunk number 71: soiltexture_vignette.Rnw:2025-2035
###################################################
# Create a dummy data frame of soil textures:
my.text <- data.frame(
"CLAY" = c(05,60,15,05,25,05,25,45,65,75,13,47),
"SILT" = c(05,08,15,25,55,85,65,45,15,15,17,43),
"SAND" = c(90,32,70,70,20,10,10,10,20,10,70,10),
"OC" = c(20,14,15,05,12,15,07,21,25,30,05,28)
) #
# Display the table:
my.text
###################################################
### code chunk number 72: soiltexture_vignette.Rnw:2042-2047
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
tri.data = my.text,
main = "Soil texture data"
) #
###################################################
### code chunk number 73: soiltexture_vignette.Rnw:2065-2071
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = my.text,
z.name = "OC",
main = "Soil texture triangle and OC bubble plot"
) #
###################################################
### code chunk number 74: soiltexture_vignette.Rnw:2093-2094
###################################################
rand.text <- TT.dataset(n=100,seed.val=1980042401)
###################################################
### code chunk number 75: soiltexture_vignette.Rnw:2098-2104
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = rand.text,
z.name = "Z",
main = "Soil texture triangle and Z bubble plot"
) #
###################################################
### code chunk number 76: soiltexture_vignette.Rnw:2115-2164
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = my.text,
z.name = "OC",
main = "Soil texture triangle and OC bubble plot"
) #
# Recompute some internal values:
z.cex.range <- TT.get("z.cex.range")
def.pch <- par("pch")
def.col <- par("col")
def.cex <- TT.get("cex")
oc.str <- TT.str(
my.text[,"OC"],
z.cex.range[1],
z.cex.range[2]
) #
# The legend:
legend(
x = 80,
y = 90,
title =
expression( bold('OC [g.kg'^-1 ~ ']') ),
legend = formatC(
c(
min( my.text[,"OC"] ),
quantile(my.text[,"OC"] ,probs=c(25,50,75)/100),
max( my.text[,"OC"] )
),
format = "f",
digits = 1,
width = 4,
flag = "0"
), #
pt.lwd = 4,
col = def.col,
pt.cex = c(
min( oc.str ),
quantile(oc.str ,probs=c(25,50,75)/100),
max( oc.str )
), #,
pch = def.pch,
bty = "o",
bg = NA,
#box.col = NA, # Uncomment this to remove the legend box
text.col = "black",
cex = def.cex
) #
###################################################
### code chunk number 77: soiltexture_vignette.Rnw:2211-2230
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
iwd.res <- TT.iwd(
geo = geo,
tri.data = rand.text,
z.name = "Z",
) #
#
TT.image(
x = iwd.res,
geo = geo,
main = "Soil texture triangle and Z heatmap"
) #
#
TT.plot(
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 78: soiltexture_vignette.Rnw:2260-2278
###################################################
TT.image(
x = iwd.res,
geo = geo,
main = "Soil texture triangle and Z heatmap"
) #
#
TT.contour(
x = iwd.res,
geo = geo,
add = TRUE, # <<-- important
lwd = 2
) #
#
TT.plot(
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 79: soiltexture_vignette.Rnw:2313-2335
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
kde.res <- TT.kde2d(
geo = geo,
tri.data = rand.text
) #
#
TT.contour(
x = kde.res,
geo = geo,
main = "Probability density estimate of the texture data",
lwd = 2,
col = "red"
) #
#
TT.plot(
tri.data = rand.text,
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE, # <<-- important
col = "gray"
) #
###################################################
### code chunk number 80: soiltexture_vignette.Rnw:2381-2403
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
maha <- TT.mahalanobis(
geo = geo,
tri.data = rand.text
) #
#
TT.contour(
x = maha,
geo = geo,
main = "Texture data Mahalanobis distance",
lwd = 2,
col = "blue"
) #
#
TT.plot(
tri.data = rand.text,
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE, # <<-- important
col = "gray"
) #
###################################################
### code chunk number 81: soiltexture_vignette.Rnw:2431-2455
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
maha <- TT.mahalanobis(
geo = geo,
tri.data = rand.text,
alr = TRUE # <<-- important
) #
#
TT.contour(
x = maha,
geo = geo,
main = "Texture data Mahalanobis distance",
lwd = 2,
col = "blue",
levels = c(0.5,1,2,4,8) # <<-- manually set. Otherwise
) # ugly plot
#
TT.plot(
tri.data = rand.text,
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE, # <<-- important
col = "gray"
) #
###################################################
### code chunk number 82: soiltexture_vignette.Rnw:2484-2499
###################################################
# Display the USDA texture triangle:
geo <- TT.plot(class.sys="USDA.TT")
# Create some custom labels:
labelz <- letters[1:dim(my.text)[1]]
labelz
# Display the text
TT.text(
tri.data = my.text,
geo = geo,
labels = labelz,
font = 2,
col = "blue"
) #
###################################################
### code chunk number 83: soiltexture_vignette.Rnw:2537-2538
###################################################
TT.data.test( tri.data = rand.text )
###################################################
### code chunk number 84: soiltexture_vignette.Rnw:2561-2572
###################################################
res <- TT.normalise.sum( tri.data = rand.text )
#
# With output of the residuals:
res <- TT.normalise.sum(
tri.data = rand.text,
residuals = TRUE # <<-- default = FALSE
) #
#
colnames( rand.text )
colnames( res ) # "Z" has been dropped
max( res[ , "residuals" ] )
###################################################
### code chunk number 85: soiltexture_vignette.Rnw:2600-2604
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT"
) #
###################################################
### code chunk number 86: soiltexture_vignette.Rnw:2613-2617
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT"
) #
###################################################
### code chunk number 87: soiltexture_vignette.Rnw:2629-2634
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT",
PiC.type = "l"
) #
###################################################
### code chunk number 88: soiltexture_vignette.Rnw:2645-2650
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT",
PiC.type = "t"
) #
###################################################
### code chunk number 89: soiltexture_vignette.Rnw:2661-2667
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT",
PiC.type = "t",
collapse = ";"
) #
###################################################
### code chunk number 90: soiltexture_vignette.Rnw:2744-2835
###################################################
tmp.cex <- 1.5
old.par <- par(no.readonly = TRUE)
par(cex=tmp.cex,cex.axis=tmp.cex,cex.lab=tmp.cex,cex.main=tmp.cex)
tmp.text <- data.frame( "CLAY" = 20, "SILT" = 15, "SAND" = 65 )
plot(
x = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
y = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
ylim = c(0,100),
xlim = TT.dia2phi( c(1,2000) ),
xaxt = "n",
xlab =
expression( 'Particle size['~ mu * 'm] (log'[2] * 'scale)' ),
ylab = "Cumulated particle size distribution [%]",
bty = "n",
type = "b",
main =
"Principle of particle size log-linear transformation",
cex = tmp.cex
) #
lines(
spline(
y = rev(cumsum( unlist(tmp.text[1,]) )),
x = TT.dia2phi( c(2000,20,2))
), #
col = "green"
) #
segments(
x0 = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
x1 = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
y0 = rep(0,3),
y1 = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
col = "red"
) #
new.tmp.text <- TT.text.transf(
tri.data = tmp.text,
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000)
) #
new.silt.c <- cumsum( unlist(new.tmp.text[1,]) )[2]
arrows(
x0 = TT.dia2phi( c(50,50) ),
x1 = TT.dia2phi( c(50,1) ),
y0 = c(0,new.silt.c),
y1 = c(new.silt.c,new.silt.c),
col = "blue"
) #
text(
x = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
y = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
pos = 2,
offset = 1,
labels = c("Clay","Silt","Sand"),
col = "red",
cex = tmp.cex
) #
text(
x = TT.dia2phi( c(50) ),
y = new.silt.c,
pos = 4,
offset = 1,
labels = "new Silt",
col = "blue",
cex = tmp.cex
) #
axis(
side = 1,
at = TT.dia2phi( c(2,20,50,2000) ),
labels = c(2,20,50,2000)
) #
text(
x = TT.dia2phi( 500 ),
y = 65,
#pos = 4,
#offset = 1,
labels = "real distribution?",
col = "green",
cex = tmp.cex
) #
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 91: soiltexture_vignette.Rnw:2847-2848
###################################################
my.text[1:5,]
###################################################
### code chunk number 92: soiltexture_vignette.Rnw:2859-2864
###################################################
TT.text.transf(
tri.data = my.text[1:5,],
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000)
) #
###################################################
### code chunk number 93: soiltexture_vignette.Rnw:2872-2878
###################################################
# Copy the data.frame
my.text.fr <- my.text
# Curent columns names:
colnames(my.text.fr)
# New columns names:
colnames(my.text.fr) <- c("ARGILE","LIMON","SABLE","CO")
###################################################
### code chunk number 94: soiltexture_vignette.Rnw:2885-2891
###################################################
TT.text.transf(
tri.data = my.text.fr[1:5,],
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000),
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE")
) #
###################################################
### code chunk number 95: soiltexture_vignette.Rnw:2930-2941
###################################################
# Create a random fraction between 0 and 1
r.frac <- runif(n=dim(my.text)[1])
#
my.text4 <- cbind(
"CLAY" = my.text[,"CLAY"],
"FINE_SILT" = my.text[,"SILT"] * r.frac,
"COARSE_SILT" = my.text[,"SILT"] * (1-r.frac),
"SAND" = my.text[,"SAND"]
) #
#
my.text4[1:5,]
###################################################
### code chunk number 96: soiltexture_vignette.Rnw:2950-2955
###################################################
TT.text.transf.X(
tri.data = my.text4[1:5,],
base.ps.lim = c(0,2,20,50,2000),
dat.ps.lim = c(0,2,20,63,2000)
) #
###################################################
### code chunk number 97: soiltexture_vignette.Rnw:2969-2974
###################################################
TT.text.transf.X(
tri.data = my.text4[1:5,],
base.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.ps.lim = c(0,2,20,63,2000)
) #
###################################################
### code chunk number 98: soiltexture_vignette.Rnw:2988-3005
###################################################
# First, plot the data without transformation:
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
tri.data = my.text,
col = "red",
main = "Transformed and untransformed data"
) #
# Then, re-plot them with transformation:
TT.points(
tri.data = my.text,
geo = geo,
dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000),
css.transf = TRUE,
col = "blue",
pch = 3
) #
###################################################
### code chunk number 99: soiltexture_vignette.Rnw:3028-3048
###################################################
# Not transformed
geo <- TT.plot(
class.sys = "UK.SSEW.TT",
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
main =
"Dummy transformation of the UK texture triangle"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "UK.SSEW.TT",
css.transf = TRUE,
# Additional "graphical" options
class.line.col = "red",
class.lab.col = "red",
lwd.axis = 2,
class.lab.show = "none",
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 100: soiltexture_vignette.Rnw:3064-3082
###################################################
# No transformation needed or stated
geo <- TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
main =
"USDA and transformed UK triangle, overplotted"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "UK.SSEW.TT",
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 101: soiltexture_vignette.Rnw:3093-3112
###################################################
# Untransformed
geo <- TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
main =
"(Dummy) transformation of the USDA texture triangle"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "USDA.TT",
tri.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 102: soiltexture_vignette.Rnw:3123-3141
###################################################
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
main =
"(Dummy) transformation of the GEPPA texture triangle"
) #
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
tri.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 103: soiltexture_vignette.Rnw:3151-3171
###################################################
# Not transformed
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
main =
"(Dummy) transformation of the GEPPA texture triangle"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 104: soiltexture_vignette.Rnw:3187-3193
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT",
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 105: soiltexture_vignette.Rnw:3198-3205
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tri.data = my.text,
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE, # <<-- important
col = "red"
) #
###################################################
### code chunk number 106: soiltexture_vignette.Rnw:3213-3220
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT",
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE
) #
###################################################
### code chunk number 107: soiltexture_vignette.Rnw:3226-3234
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tri.data = my.text,
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE,
col = "red"
) #
###################################################
### code chunk number 108: soiltexture_vignette.Rnw:3278-3292
###################################################
# Create a new function, in fact the copy of TT.text.transf()
TT.text.transf2 <- TT.text.transf
# Imagine some changes in TT.text.transf2...
# Use your new function (will give identical results)
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT",
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE,
text.transf.fun = "TT.text.transf2" # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 109: soiltexture_vignette.Rnw:3299-3310
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tri.data = my.text,
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE,
col = "red",
text.transf.fun = "TT.text.transf2", # <<-- important
main =
"Test of a (dummy) new transformation function"
) #
###################################################
### code chunk number 110: soiltexture_vignette.Rnw:3365-3370
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tlr.an = c(45,90,45),
main = "Re-projected USDA triangle (angles)"
) #
###################################################
### code chunk number 111: soiltexture_vignette.Rnw:3395-3400
###################################################
TT.plot(
class.sys = "FR.AISNE.TT",
blr.tx = c("CLAY","SILT","SAND"),
main = "Re-projected French Aisne triangle (axis)"
) #
###################################################
### code chunk number 112: soiltexture_vignette.Rnw:3429-3434
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
blr.clock = c(FALSE,TRUE,NA),
main = "Re-projected European triangle (axis directions)"
) #
###################################################
### code chunk number 113: soiltexture_vignette.Rnw:3455-3462
###################################################
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
tlr.an = c(60,60,60),
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
blr.clock = c(TRUE,TRUE,TRUE),
main = "Fully re-projected GEPPA triangle"
) #
###################################################
### code chunk number 114: soiltexture_vignette.Rnw:3480-3496
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different geometries:
TT.plot( class.sys = "USDA.TT" )
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
blr.tx = c("SILT","SAND","CLAY"),
blr.clock = c(FALSE,FALSE,FALSE),
main = "USDA triangle with a different geometry"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 115: soiltexture_vignette.Rnw:3520-3537
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "fr"
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "de"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 116: soiltexture_vignette.Rnw:3545-3562
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "es"
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "it"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 117: soiltexture_vignette.Rnw:3572-3589
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "nl"
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "fl"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 118: soiltexture_vignette.Rnw:3597-3615
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix (for size):
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "se"
) #
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "ro"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 119: soiltexture_vignette.Rnw:3629-3641
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix (for size):
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "en"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 120: soiltexture_vignette.Rnw:3666-3671
###################################################
TT.plot(
tri.data = my.text.fr,
class.sys = "HYPRES.TT",
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE")
) #
###################################################
### code chunk number 121: soiltexture_vignette.Rnw:3695-3703
###################################################
TT.plot(
tri.data = my.text.fr,
class.sys = "HYPRES.TT",
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE"),
css.lab = c("l'argile [%]","Le limon [%]","Le sable [%]"),
main =
"A texture triangle with (dummy) custom axis names"
) #
###################################################
### code chunk number 122: soiltexture_vignette.Rnw:3711-3723
###################################################
TT.plot(
tri.data = my.text.fr,
class.sys = "HYPRES.TT",
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE"),
css.lab = expression(
bold(sqrt('Argile'^2)~'[%]'),
bold(sqrt('Limon'^2)~'[%]'),
bold(sqrt('Sable'^2)~'[%]')
), #
main =
"A texture triangle with (dummy) custom axis names"
) #
###################################################
### code chunk number 123: soiltexture_vignette.Rnw:3747-3758
###################################################
# Fisrt, retrieve all the data about
# the USDA texture triangle
tmp <- TT.get("USDA.TT")
# It is not displayed here because it is to big
# The list names are:
names(tmp)
# If we drop "tt.points" and "tt.polygons", that will be
# presented later, the list size is more reasonable
tmp[ !names(tmp) %in% c("tt.points","tt.polygons") ]
###################################################
### code chunk number 124: soiltexture_vignette.Rnw:3776-3784
###################################################
# Retrieve and save the table:
tmp2 <- TT.classes.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
# Display the first part:
tmp2[,1:2]
# Then display the last column (and the 1st again):
tmp2[,c(1,3)]
###################################################
### code chunk number 125: soiltexture_vignette.Rnw:3799-3800
###################################################
TT.vertices.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
###################################################
### code chunk number 126: soiltexture_vignette.Rnw:3816-3828
###################################################
geo <- TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
main = "Vertices numbers. USDA texture triangle"
) #
TT.vertices.plot(
geo = geo,
class.sys = "HYPRES.TT",
col = "red",
cex = 2,
font = 2
) #
###################################################
### code chunk number 127: soiltexture_vignette.Rnw:3857-3870
###################################################
# Step 1
HYPRES63 <- TT.get("HYPRES.TT")
#
# Visualize the data that will be modified
HYPRES63[[ "base.css.ps.lim" ]]
HYPRES63[[ "tri.css.ps.lim" ]]
#
# Step 2
HYPRES63[[ "base.css.ps.lim" ]][3] <- 63
HYPRES63[[ "tri.css.ps.lim" ]][3] <- 63
#
# Step 3: Load the new texture triangle
TT.add( "HYPRES63.TT" = HYPRES63 )
###################################################
### code chunk number 128: soiltexture_vignette.Rnw:3878-3882
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES63.TT",
main = "Modified European soil texture triangle"
) #
###################################################
### code chunk number 129: soiltexture_vignette.Rnw:3893-3913
###################################################
# Get the definition of the HYPRES texture triangle
HYPRES <- TT.get( "HYPRES.TT" )
#
# Check its class (list)
class( HYPRES )
#
# Check its parameters names
names( HYPRES )
#
# Check its parameters class
for( i in 1:length(HYPRES) )
{
print(
paste(
names( HYPRES )[i],
class( HYPRES[[i]] ),
sep = ": "
)
)
}
Try the soiltexture package in your browser
Any scripts or data that you put into this service are public.
soiltexture documentation built on May 2, 2019, 9:28 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
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Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
### R code from vignette source 'soiltexture_vignette.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: soiltexture_vignette.Rnw:99-111
###################################################
# Set a few Sweave options:
options(
width = 65, # width of R output
prompt = " ", # Sign preceding R input in R-GUI
continue = " " # same, but after 2nd line
) #
# The working directory:
# setwd("C:/_RTOOLS/SWEAVE_WORK/SOIL_TEXTURES/rforge/pkg/soiltexture/inst/doc/INOUT")
# And load the xtable package:
library( "xtable" )
###################################################
### code chunk number 2: soiltexture_vignette.Rnw:130-153
###################################################
old.wd <- getwd()
# setwd("C:/_RTOOLS/SWEAVE_WORK/SOIL_TEXTURES/rforge/pkg/soiltexture/inst/doc/INOUT")
# if( !("soiltexture" %in% as.character( installed.packages()[,1] )) )
# { #
# suppressMessages(
# install.packages(
# pkgs = "soiltexture"
# # repos = "http://R-Forge.R-project.org"
# ) #
# ) #
# } #
suppressPackageStartupMessages( library( "soiltexture" ) )
# library(
# package = "soiltexture",
# character.only = TRUE,
# quietly = TRUE
# )
# setwd(old.wd)
###################################################
### code chunk number 3: COVERFIG
###################################################
TT.plot(class.p.bg.col=T,class.sys="USDA-NCSS.TT",main=NA)
###################################################
### code chunk number 4: soiltexture_vignette.Rnw:367-407
###################################################
bornes <- c(0,2,20,50,200,2e3,20e3)
noms <- c("Cl","FiSi","CoSi","FiSa","CoSa","Gr","St")
txt.b <- expression( 0*mu*m, 2*mu*m, 20*mu*m, 50*mu*m, 200*mu*m, 2*'mm', 2*'cm')
tmp <- data.frame(bornes,noms) # ,txt.b
#tmp$"txt.b" <- as.character(tmp$"txt.b")
par( "mar"=c(4,1,1,1)+0.1 ) # c(bottom, left, top, right)
plot(
x = tmp$"bornes"[-1],
y = rep(1,dim(tmp[-1,])[1]),
type = "n",
main = "",
xlab = "Soil particule sizes",
ylab = "",
yaxt = "n", xaxt = "n",
log = "x",
xlim = c(0.2,75e3),
bty = "n",
cex.lab = 2
) #
abline(v=tmp$"bornes",lty=3,lwd=c(2,4,2,4,2,4,2))
abline(h=par("usr")[3:4],lty=1,lwd=4)
mtext(
text = txt.b[-1],
side = 1,
line = rep(
c(0.5,1.25),
(dim(tmp)[1]-1)/2
), #
at = tmp$"bornes"[-1],
cex = 2
) #
xtxt <- (tmp$"bornes"[1:(length(tmp$"bornes"))]+c(tmp$"bornes"[2:length(tmp$"bornes")],75e3))/2
text(x=xtxt,y=rep(1,length(xtxt)),labels=tmp$"noms",cex=2)
###################################################
### code chunk number 5: soiltexture_vignette.Rnw:496-505
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = data.frame(
"CLAY" = 45,
"SILT" = 38,
"SAND" = 17
), #
main = NA
) #
###################################################
### code chunk number 6: soiltexture_vignette.Rnw:543-552
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
tri.data = data.frame(
"CLAY" = 45,
"SILT" = 38,
"SAND" = 17
),
main = NA
)
###################################################
### code chunk number 7: soiltexture_vignette.Rnw:557-558
###################################################
library( "xtable" )
###################################################
### code chunk number 8: soiltexture_vignette.Rnw:561-567
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the European system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 9: soiltexture_vignette.Rnw:640-641 (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages( pkgs = "soiltexture" )
###################################################
### code chunk number 10: soiltexture_vignette.Rnw:650-654 (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages(
## pkgs = "soiltexture",
## repos = "http://R-Forge.R-project.org"
## )
###################################################
### code chunk number 11: soiltexture_vignette.Rnw:661-662
###################################################
library( soiltexture )
###################################################
### code chunk number 12: soiltexture_vignette.Rnw:670-672 (eval = FALSE)
###################################################
## detach( "package:soiltexture" )
## remove.packages( "soiltexture" )
###################################################
### code chunk number 13: soiltexture_vignette.Rnw:771-772
###################################################
TT.plot( class.sys = "none" )
###################################################
### code chunk number 14: soiltexture_vignette.Rnw:797-798
###################################################
TT.plot( class.sys = "USDA.TT" )
###################################################
### code chunk number 15: soiltexture_vignette.Rnw:812-818
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "USDA.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the USDA system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 16: soiltexture_vignette.Rnw:834-835 (eval = FALSE)
###################################################
## TT.plot( class.sys = "USDA-NCSS.TT" )
###################################################
### code chunk number 17: soiltexture_vignette.Rnw:851-852
###################################################
TT.plot( class.sys = "USDA1911" )
###################################################
### code chunk number 18: soiltexture_vignette.Rnw:866-872
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "USDA1911" )
xtable(
x = tex.tbl[, -3 ], #
caption = "Texture classes of the Whitney 1911 system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 19: soiltexture_vignette.Rnw:901-902
###################################################
TT.plot( class.sys = "HYPRES.TT" )
###################################################
### code chunk number 20: soiltexture_vignette.Rnw:922-928
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the European system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 21: soiltexture_vignette.Rnw:948-949
###################################################
TT.plot( class.sys = "FR.AISNE.TT" )
###################################################
### code chunk number 22: soiltexture_vignette.Rnw:963-969
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FR.AISNE.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the French 'Aisne' system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 23: soiltexture_vignette.Rnw:988-989
###################################################
TT.plot( class.sys = "FR.GEPPA.TT" )
###################################################
### code chunk number 24: soiltexture_vignette.Rnw:1000-1006
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FR.GEPPA.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the French 'GEPPA' system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 25: soiltexture_vignette.Rnw:1029-1030
###################################################
TT.plot( class.sys = "DE.BK94.TT" )
###################################################
### code chunk number 26: soiltexture_vignette.Rnw:1041-1047
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.BK94.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the German system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 27: soiltexture_vignette.Rnw:1072-1073
###################################################
TT.plot( class.sys = "DE.SEA74.TT" )
###################################################
### code chunk number 28: soiltexture_vignette.Rnw:1078-1079
###################################################
plLim <- TT.get("DE.SEA74.TT")[["base.css.ps.lim"]][3]
###################################################
### code chunk number 29: soiltexture_vignette.Rnw:1090-1096
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.SEA74.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the German SEA 1974 system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 30: soiltexture_vignette.Rnw:1111-1117
###################################################
TT.plot(
class.sys = "DE.SEA74.TT",
blr.clock = rep(T,3),
tlr.an = rep(60,3),
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
) #
###################################################
### code chunk number 31: soiltexture_vignette.Rnw:1133-1134
###################################################
TT.plot( class.sys = "DE.TGL85.TT" )
###################################################
### code chunk number 32: soiltexture_vignette.Rnw:1139-1140
###################################################
plLim <- TT.get("DE.TGL85.TT")[["base.css.ps.lim"]][3]
###################################################
### code chunk number 33: soiltexture_vignette.Rnw:1151-1157
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.TGL85.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the German TGL 1985 system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 34: soiltexture_vignette.Rnw:1168-1174
###################################################
TT.plot(
class.sys = "DE.TGL85.TT",
blr.clock = rep(T,3),
tlr.an = rep(60,3),
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
) #
###################################################
### code chunk number 35: soiltexture_vignette.Rnw:1189-1190
###################################################
TT.plot( class.sys = "UK.SSEW.TT" )
###################################################
### code chunk number 36: soiltexture_vignette.Rnw:1200-1206
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "UK.SSEW.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the UK system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 37: soiltexture_vignette.Rnw:1223-1224
###################################################
TT.plot( class.sys = "AU2.TT" )
###################################################
### code chunk number 38: soiltexture_vignette.Rnw:1235-1241
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "AU2.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Australian system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 39: soiltexture_vignette.Rnw:1263-1264
###################################################
TT.plot( class.sys = "BE.TT" )
###################################################
### code chunk number 40: soiltexture_vignette.Rnw:1279-1285
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "BE.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Belgian system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 41: soiltexture_vignette.Rnw:1303-1304
###################################################
TT.plot( class.sys = "CA.EN.TT" )
###################################################
### code chunk number 42: soiltexture_vignette.Rnw:1311-1312
###################################################
TT.plot( class.sys = "CA.FR.TT" )
###################################################
### code chunk number 43: soiltexture_vignette.Rnw:1325-1331
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "CA.EN.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Canadian (en) system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 44: soiltexture_vignette.Rnw:1338-1344
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "CA.FR.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Canadian (fr) system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 45: soiltexture_vignette.Rnw:1370-1371
###################################################
TT.plot( class.sys = "ISSS.TT" )
###################################################
### code chunk number 46: soiltexture_vignette.Rnw:1384-1390
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "ISSS.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the ISSS system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 47: soiltexture_vignette.Rnw:1408-1409
###################################################
TT.plot( class.sys = "ROM.TT" )
###################################################
### code chunk number 48: soiltexture_vignette.Rnw:1422-1428
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "ROM.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Romanian system / triangle",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 49: soiltexture_vignette.Rnw:1439-1445
###################################################
TT.plot(
class.sys = "ROM.TT",
blr.clock = c(F,T,NA),
tlr.an = c(45,90,45),
blr.tx = c("SILT","CLAY","SAND"),
) #
###################################################
### code chunk number 50: soiltexture_vignette.Rnw:1473-1480
###################################################
test <- try( TT.plot( class.sys = "PL.TT" ) )
# In case the polish triangle was not loaded at startup
if( "try-error" %in% class(test) ){
plot(1,1,type="n",)
text(1,1,label="Plotting failed. Polish triangle not loaded")
}
###################################################
### code chunk number 51: soiltexture_vignette.Rnw:1504-1506
###################################################
test <- try( plLim <- TT.get("PL.TT")[["base.css.ps.lim"]][3] )
if( "try-error" %in% class(test) ){ plLim <- NA_real_ }
###################################################
### code chunk number 52: soiltexture_vignette.Rnw:1529-1537
###################################################
test <- try( tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "PL.TT" ) )
if( !"try-error" %in% class(test) ){
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Polish system / triangle",
label = NULL
) #
}
###################################################
### code chunk number 53: soiltexture_vignette.Rnw:1591-1598
###################################################
test <- try( TT.plot( class.sys = "Polish_PTG_1956_Musierowicz.TT" ) )
# In case the polish triangle was not loaded at startup
if( "try-error" %in% class(test) ){
plot(1,1,type="n",)
text(1,1,label="Plotting failed. Polish triangle not loaded")
}
###################################################
### code chunk number 54: soiltexture_vignette.Rnw:1610-1612
###################################################
test <- try( plLim <- TT.get("Polish_PTG_1956_Musierowicz.TT")[["base.css.ps.lim"]][3] )
if( "try-error" %in% class(test) ){ plLim <- NA_real_ }
###################################################
### code chunk number 55: soiltexture_vignette.Rnw:1623-1632
###################################################
test <- try( tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys =
"Polish_PTG_1956_Musierowicz.TT" ) )
if( !"try-error" %in% class(test) ){
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Polish texture triangle (PTG 1956 Musierowicz)",
label = NULL
) #
}
###################################################
### code chunk number 56: soiltexture_vignette.Rnw:1653-1660
###################################################
test <- try( TT.plot( class.sys = "Polish_BN_1978.TT" ) )
# In case the polish triangle was not loaded at startup
if( "try-error" %in% class(test) ){
plot(1,1,type="n",)
text(1,1,label="Plotting failed. Polish triangle not loaded")
}
###################################################
### code chunk number 57: soiltexture_vignette.Rnw:1680-1682
###################################################
test <- try( plLim <- TT.get("Polish_BN_1978.TT")[["base.css.ps.lim"]][3] )
if( "try-error" %in% class(test) ){ plLim <- NA_real_ }
###################################################
### code chunk number 58: soiltexture_vignette.Rnw:1693-1701
###################################################
test <- try( tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "Polish_BN_1978.TT" ) )
if( !"try-error" %in% class(test) ){
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Polish system / triangle",
label = NULL
) #
}
###################################################
### code chunk number 59: soiltexture_vignette.Rnw:1720-1721
###################################################
TT.plot( class.sys = "BRASIL.TT" )
###################################################
### code chunk number 60: soiltexture_vignette.Rnw:1734-1740
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "BRASIL.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Brazilian system (1996)",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 61: soiltexture_vignette.Rnw:1758-1759
###################################################
TT.plot( class.sys = "SiBCS13.TT" )
###################################################
### code chunk number 62: soiltexture_vignette.Rnw:1772-1778
###################################################
tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "SiBCS13.TT" )
xtable(
x = tex.tbl[,-3], #
caption = "Texture classes of the Brazilian system (2013)",
label = NULL
) #
###################################################
### code chunk number 63: soiltexture_vignette.Rnw:1801-1818
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 64: soiltexture_vignette.Rnw:1826-1843
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "FR.AISNE.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 65: soiltexture_vignette.Rnw:1851-1868
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "UK.SSEW.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "DE.BK94.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 66: soiltexture_vignette.Rnw:1875-1892
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "AU2.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "BE.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 67: soiltexture_vignette.Rnw:1900-1917
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles
TT.plot(
class.sys = "CA.EN.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
TT.plot(
class.sys = "CA.FR.TT",
class.p.bg.col = TRUE
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 68: soiltexture_vignette.Rnw:1931-1935
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
class.p.bg.col = c("red","green","blue","pink","purple")
) #
###################################################
### code chunk number 69: soiltexture_vignette.Rnw:1956-1973
###################################################
# First plot the USDA texture triangle, and retrieve its
# geometrical features, silently outputted by TT.plot
geo <- TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
main = "USDA and French Aisne triangles, overplotted"
) #
# Then overplot the French Aisne texture triangle,
# and customise the colors so triangles are well distinct.
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.AISNE.TT",
# Additional "graphical" options
class.line.col = "red",
class.lab.col = "red",
lwd.axis = 2
) #
###################################################
### code chunk number 70: soiltexture_vignette.Rnw:1991-2008
###################################################
# First plot the USDA texture triangle, and retrieve its
# geometrical features, silently outputted by TT.plot
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.AISNE.TT",
main = "French Aisne and GEPPA triangles, overplotted"
) #
# Then overplot the French Aisne texture triangle,
# and customise the colors so triangles are well distinct.
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
# Additional "graphical" options
class.line.col = "red",
class.lab.col = "red",
lwd.axis = 2
) #
###################################################
### code chunk number 71: soiltexture_vignette.Rnw:2025-2035
###################################################
# Create a dummy data frame of soil textures:
my.text <- data.frame(
"CLAY" = c(05,60,15,05,25,05,25,45,65,75,13,47),
"SILT" = c(05,08,15,25,55,85,65,45,15,15,17,43),
"SAND" = c(90,32,70,70,20,10,10,10,20,10,70,10),
"OC" = c(20,14,15,05,12,15,07,21,25,30,05,28)
) #
# Display the table:
my.text
###################################################
### code chunk number 72: soiltexture_vignette.Rnw:2042-2047
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
tri.data = my.text,
main = "Soil texture data"
) #
###################################################
### code chunk number 73: soiltexture_vignette.Rnw:2065-2071
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = my.text,
z.name = "OC",
main = "Soil texture triangle and OC bubble plot"
) #
###################################################
### code chunk number 74: soiltexture_vignette.Rnw:2093-2094
###################################################
rand.text <- TT.dataset(n=100,seed.val=1980042401)
###################################################
### code chunk number 75: soiltexture_vignette.Rnw:2098-2104
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = rand.text,
z.name = "Z",
main = "Soil texture triangle and Z bubble plot"
) #
###################################################
### code chunk number 76: soiltexture_vignette.Rnw:2115-2164
###################################################
TT.plot(
class.sys = "none",
tri.data = my.text,
z.name = "OC",
main = "Soil texture triangle and OC bubble plot"
) #
# Recompute some internal values:
z.cex.range <- TT.get("z.cex.range")
def.pch <- par("pch")
def.col <- par("col")
def.cex <- TT.get("cex")
oc.str <- TT.str(
my.text[,"OC"],
z.cex.range[1],
z.cex.range[2]
) #
# The legend:
legend(
x = 80,
y = 90,
title =
expression( bold('OC [g.kg'^-1 ~ ']') ),
legend = formatC(
c(
min( my.text[,"OC"] ),
quantile(my.text[,"OC"] ,probs=c(25,50,75)/100),
max( my.text[,"OC"] )
),
format = "f",
digits = 1,
width = 4,
flag = "0"
), #
pt.lwd = 4,
col = def.col,
pt.cex = c(
min( oc.str ),
quantile(oc.str ,probs=c(25,50,75)/100),
max( oc.str )
), #,
pch = def.pch,
bty = "o",
bg = NA,
#box.col = NA, # Uncomment this to remove the legend box
text.col = "black",
cex = def.cex
) #
###################################################
### code chunk number 77: soiltexture_vignette.Rnw:2211-2230
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
iwd.res <- TT.iwd(
geo = geo,
tri.data = rand.text,
z.name = "Z",
) #
#
TT.image(
x = iwd.res,
geo = geo,
main = "Soil texture triangle and Z heatmap"
) #
#
TT.plot(
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 78: soiltexture_vignette.Rnw:2260-2278
###################################################
TT.image(
x = iwd.res,
geo = geo,
main = "Soil texture triangle and Z heatmap"
) #
#
TT.contour(
x = iwd.res,
geo = geo,
add = TRUE, # <<-- important
lwd = 2
) #
#
TT.plot(
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 79: soiltexture_vignette.Rnw:2313-2335
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
kde.res <- TT.kde2d(
geo = geo,
tri.data = rand.text
) #
#
TT.contour(
x = kde.res,
geo = geo,
main = "Probability density estimate of the texture data",
lwd = 2,
col = "red"
) #
#
TT.plot(
tri.data = rand.text,
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE, # <<-- important
col = "gray"
) #
###################################################
### code chunk number 80: soiltexture_vignette.Rnw:2381-2403
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
maha <- TT.mahalanobis(
geo = geo,
tri.data = rand.text
) #
#
TT.contour(
x = maha,
geo = geo,
main = "Texture data Mahalanobis distance",
lwd = 2,
col = "blue"
) #
#
TT.plot(
tri.data = rand.text,
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE, # <<-- important
col = "gray"
) #
###################################################
### code chunk number 81: soiltexture_vignette.Rnw:2431-2455
###################################################
geo <- TT.geo.get()
#
maha <- TT.mahalanobis(
geo = geo,
tri.data = rand.text,
alr = TRUE # <<-- important
) #
#
TT.contour(
x = maha,
geo = geo,
main = "Texture data Mahalanobis distance",
lwd = 2,
col = "blue",
levels = c(0.5,1,2,4,8) # <<-- manually set. Otherwise
) # ugly plot
#
TT.plot(
tri.data = rand.text,
geo = geo,
grid.show = FALSE,
add = TRUE, # <<-- important
col = "gray"
) #
###################################################
### code chunk number 82: soiltexture_vignette.Rnw:2484-2499
###################################################
# Display the USDA texture triangle:
geo <- TT.plot(class.sys="USDA.TT")
# Create some custom labels:
labelz <- letters[1:dim(my.text)[1]]
labelz
# Display the text
TT.text(
tri.data = my.text,
geo = geo,
labels = labelz,
font = 2,
col = "blue"
) #
###################################################
### code chunk number 83: soiltexture_vignette.Rnw:2537-2538
###################################################
TT.data.test( tri.data = rand.text )
###################################################
### code chunk number 84: soiltexture_vignette.Rnw:2561-2572
###################################################
res <- TT.normalise.sum( tri.data = rand.text )
#
# With output of the residuals:
res <- TT.normalise.sum(
tri.data = rand.text,
residuals = TRUE # <<-- default = FALSE
) #
#
colnames( rand.text )
colnames( res ) # "Z" has been dropped
max( res[ , "residuals" ] )
###################################################
### code chunk number 85: soiltexture_vignette.Rnw:2600-2604
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT"
) #
###################################################
### code chunk number 86: soiltexture_vignette.Rnw:2613-2617
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT"
) #
###################################################
### code chunk number 87: soiltexture_vignette.Rnw:2629-2634
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT",
PiC.type = "l"
) #
###################################################
### code chunk number 88: soiltexture_vignette.Rnw:2645-2650
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT",
PiC.type = "t"
) #
###################################################
### code chunk number 89: soiltexture_vignette.Rnw:2661-2667
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "HYPRES.TT",
PiC.type = "t",
collapse = ";"
) #
###################################################
### code chunk number 90: soiltexture_vignette.Rnw:2744-2835
###################################################
tmp.cex <- 1.5
old.par <- par(no.readonly = TRUE)
par(cex=tmp.cex,cex.axis=tmp.cex,cex.lab=tmp.cex,cex.main=tmp.cex)
tmp.text <- data.frame( "CLAY" = 20, "SILT" = 15, "SAND" = 65 )
plot(
x = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
y = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
ylim = c(0,100),
xlim = TT.dia2phi( c(1,2000) ),
xaxt = "n",
xlab =
expression( 'Particle size['~ mu * 'm] (log'[2] * 'scale)' ),
ylab = "Cumulated particle size distribution [%]",
bty = "n",
type = "b",
main =
"Principle of particle size log-linear transformation",
cex = tmp.cex
) #
lines(
spline(
y = rev(cumsum( unlist(tmp.text[1,]) )),
x = TT.dia2phi( c(2000,20,2))
), #
col = "green"
) #
segments(
x0 = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
x1 = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
y0 = rep(0,3),
y1 = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
col = "red"
) #
new.tmp.text <- TT.text.transf(
tri.data = tmp.text,
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000)
) #
new.silt.c <- cumsum( unlist(new.tmp.text[1,]) )[2]
arrows(
x0 = TT.dia2phi( c(50,50) ),
x1 = TT.dia2phi( c(50,1) ),
y0 = c(0,new.silt.c),
y1 = c(new.silt.c,new.silt.c),
col = "blue"
) #
text(
x = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
y = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
pos = 2,
offset = 1,
labels = c("Clay","Silt","Sand"),
col = "red",
cex = tmp.cex
) #
text(
x = TT.dia2phi( c(50) ),
y = new.silt.c,
pos = 4,
offset = 1,
labels = "new Silt",
col = "blue",
cex = tmp.cex
) #
axis(
side = 1,
at = TT.dia2phi( c(2,20,50,2000) ),
labels = c(2,20,50,2000)
) #
text(
x = TT.dia2phi( 500 ),
y = 65,
#pos = 4,
#offset = 1,
labels = "real distribution?",
col = "green",
cex = tmp.cex
) #
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 91: soiltexture_vignette.Rnw:2847-2848
###################################################
my.text[1:5,]
###################################################
### code chunk number 92: soiltexture_vignette.Rnw:2859-2864
###################################################
TT.text.transf(
tri.data = my.text[1:5,],
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000)
) #
###################################################
### code chunk number 93: soiltexture_vignette.Rnw:2872-2878
###################################################
# Copy the data.frame
my.text.fr <- my.text
# Curent columns names:
colnames(my.text.fr)
# New columns names:
colnames(my.text.fr) <- c("ARGILE","LIMON","SABLE","CO")
###################################################
### code chunk number 94: soiltexture_vignette.Rnw:2885-2891
###################################################
TT.text.transf(
tri.data = my.text.fr[1:5,],
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000),
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE")
) #
###################################################
### code chunk number 95: soiltexture_vignette.Rnw:2930-2941
###################################################
# Create a random fraction between 0 and 1
r.frac <- runif(n=dim(my.text)[1])
#
my.text4 <- cbind(
"CLAY" = my.text[,"CLAY"],
"FINE_SILT" = my.text[,"SILT"] * r.frac,
"COARSE_SILT" = my.text[,"SILT"] * (1-r.frac),
"SAND" = my.text[,"SAND"]
) #
#
my.text4[1:5,]
###################################################
### code chunk number 96: soiltexture_vignette.Rnw:2950-2955
###################################################
TT.text.transf.X(
tri.data = my.text4[1:5,],
base.ps.lim = c(0,2,20,50,2000),
dat.ps.lim = c(0,2,20,63,2000)
) #
###################################################
### code chunk number 97: soiltexture_vignette.Rnw:2969-2974
###################################################
TT.text.transf.X(
tri.data = my.text4[1:5,],
base.ps.lim = c(0,2,50,2000),
dat.ps.lim = c(0,2,20,63,2000)
) #
###################################################
### code chunk number 98: soiltexture_vignette.Rnw:2988-3005
###################################################
# First, plot the data without transformation:
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
tri.data = my.text,
col = "red",
main = "Transformed and untransformed data"
) #
# Then, re-plot them with transformation:
TT.points(
tri.data = my.text,
geo = geo,
dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000),
css.transf = TRUE,
col = "blue",
pch = 3
) #
###################################################
### code chunk number 99: soiltexture_vignette.Rnw:3028-3048
###################################################
# Not transformed
geo <- TT.plot(
class.sys = "UK.SSEW.TT",
base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
main =
"Dummy transformation of the UK texture triangle"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "UK.SSEW.TT",
css.transf = TRUE,
# Additional "graphical" options
class.line.col = "red",
class.lab.col = "red",
lwd.axis = 2,
class.lab.show = "none",
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 100: soiltexture_vignette.Rnw:3064-3082
###################################################
# No transformation needed or stated
geo <- TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
main =
"USDA and transformed UK triangle, overplotted"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "UK.SSEW.TT",
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 101: soiltexture_vignette.Rnw:3093-3112
###################################################
# Untransformed
geo <- TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
main =
"(Dummy) transformation of the USDA texture triangle"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "USDA.TT",
tri.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 102: soiltexture_vignette.Rnw:3123-3141
###################################################
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
main =
"(Dummy) transformation of the GEPPA texture triangle"
) #
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
tri.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 103: soiltexture_vignette.Rnw:3151-3171
###################################################
# Not transformed
geo <- TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
main =
"(Dummy) transformation of the GEPPA texture triangle"
) #
# Transformed
TT.classes(
geo = geo,
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
css.transf = TRUE, # <<-- important
# Additional "graphical" options
class.line.col = "blue",
class.lab.col = "blue",
lwd.axis = 2,
class.lty = 2
) #
###################################################
### code chunk number 104: soiltexture_vignette.Rnw:3187-3193
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT",
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 105: soiltexture_vignette.Rnw:3198-3205
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tri.data = my.text,
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE, # <<-- important
col = "red"
) #
###################################################
### code chunk number 106: soiltexture_vignette.Rnw:3213-3220
###################################################
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT",
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE
) #
###################################################
### code chunk number 107: soiltexture_vignette.Rnw:3226-3234
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tri.data = my.text,
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE,
col = "red"
) #
###################################################
### code chunk number 108: soiltexture_vignette.Rnw:3278-3292
###################################################
# Create a new function, in fact the copy of TT.text.transf()
TT.text.transf2 <- TT.text.transf
# Imagine some changes in TT.text.transf2...
# Use your new function (will give identical results)
TT.points.in.classes(
tri.data = my.text[1:5,],
class.sys = "USDA.TT",
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE,
text.transf.fun = "TT.text.transf2" # <<-- important
) #
###################################################
### code chunk number 109: soiltexture_vignette.Rnw:3299-3310
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tri.data = my.text,
dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
base.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
css.transf = TRUE,
col = "red",
text.transf.fun = "TT.text.transf2", # <<-- important
main =
"Test of a (dummy) new transformation function"
) #
###################################################
### code chunk number 110: soiltexture_vignette.Rnw:3365-3370
###################################################
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
tlr.an = c(45,90,45),
main = "Re-projected USDA triangle (angles)"
) #
###################################################
### code chunk number 111: soiltexture_vignette.Rnw:3395-3400
###################################################
TT.plot(
class.sys = "FR.AISNE.TT",
blr.tx = c("CLAY","SILT","SAND"),
main = "Re-projected French Aisne triangle (axis)"
) #
###################################################
### code chunk number 112: soiltexture_vignette.Rnw:3429-3434
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
blr.clock = c(FALSE,TRUE,NA),
main = "Re-projected European triangle (axis directions)"
) #
###################################################
### code chunk number 113: soiltexture_vignette.Rnw:3455-3462
###################################################
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
tlr.an = c(60,60,60),
blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
blr.clock = c(TRUE,TRUE,TRUE),
main = "Fully re-projected GEPPA triangle"
) #
###################################################
### code chunk number 114: soiltexture_vignette.Rnw:3480-3496
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different geometries:
TT.plot( class.sys = "USDA.TT" )
TT.plot(
class.sys = "USDA.TT",
blr.tx = c("SILT","SAND","CLAY"),
blr.clock = c(FALSE,FALSE,FALSE),
main = "USDA triangle with a different geometry"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 115: soiltexture_vignette.Rnw:3520-3537
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "fr"
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "de"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 116: soiltexture_vignette.Rnw:3545-3562
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "es"
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "it"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 117: soiltexture_vignette.Rnw:3572-3589
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix:
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "nl"
) #
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "fl"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 118: soiltexture_vignette.Rnw:3597-3615
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix (for size):
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "se"
) #
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "ro"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 119: soiltexture_vignette.Rnw:3629-3641
###################################################
# Set a 2 by 2 plot matrix (for size):
old.par <- par(no.readonly=T)
par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
# Plot the triangles with different languages:
TT.plot(
class.sys = "FR.GEPPA.TT",
lang = "en"
) #
# Back to old parameters:
par(old.par)
###################################################
### code chunk number 120: soiltexture_vignette.Rnw:3666-3671
###################################################
TT.plot(
tri.data = my.text.fr,
class.sys = "HYPRES.TT",
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE")
) #
###################################################
### code chunk number 121: soiltexture_vignette.Rnw:3695-3703
###################################################
TT.plot(
tri.data = my.text.fr,
class.sys = "HYPRES.TT",
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE"),
css.lab = c("l'argile [%]","Le limon [%]","Le sable [%]"),
main =
"A texture triangle with (dummy) custom axis names"
) #
###################################################
### code chunk number 122: soiltexture_vignette.Rnw:3711-3723
###################################################
TT.plot(
tri.data = my.text.fr,
class.sys = "HYPRES.TT",
css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE"),
css.lab = expression(
bold(sqrt('Argile'^2)~'[%]'),
bold(sqrt('Limon'^2)~'[%]'),
bold(sqrt('Sable'^2)~'[%]')
), #
main =
"A texture triangle with (dummy) custom axis names"
) #
###################################################
### code chunk number 123: soiltexture_vignette.Rnw:3747-3758
###################################################
# Fisrt, retrieve all the data about
# the USDA texture triangle
tmp <- TT.get("USDA.TT")
# It is not displayed here because it is to big
# The list names are:
names(tmp)
# If we drop "tt.points" and "tt.polygons", that will be
# presented later, the list size is more reasonable
tmp[ !names(tmp) %in% c("tt.points","tt.polygons") ]
###################################################
### code chunk number 124: soiltexture_vignette.Rnw:3776-3784
###################################################
# Retrieve and save the table:
tmp2 <- TT.classes.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
# Display the first part:
tmp2[,1:2]
# Then display the last column (and the 1st again):
tmp2[,c(1,3)]
###################################################
### code chunk number 125: soiltexture_vignette.Rnw:3799-3800
###################################################
TT.vertices.tbl( class.sys = "HYPRES.TT" )
###################################################
### code chunk number 126: soiltexture_vignette.Rnw:3816-3828
###################################################
geo <- TT.plot(
class.sys = "HYPRES.TT",
main = "Vertices numbers. USDA texture triangle"
) #
TT.vertices.plot(
geo = geo,
class.sys = "HYPRES.TT",
col = "red",
cex = 2,
font = 2
) #
###################################################
### code chunk number 127: soiltexture_vignette.Rnw:3857-3870
###################################################
# Step 1
HYPRES63 <- TT.get("HYPRES.TT")
#
# Visualize the data that will be modified
HYPRES63[[ "base.css.ps.lim" ]]
HYPRES63[[ "tri.css.ps.lim" ]]
#
# Step 2
HYPRES63[[ "base.css.ps.lim" ]][3] <- 63
HYPRES63[[ "tri.css.ps.lim" ]][3] <- 63
#
# Step 3: Load the new texture triangle
TT.add( "HYPRES63.TT" = HYPRES63 )
###################################################
### code chunk number 128: soiltexture_vignette.Rnw:3878-3882
###################################################
TT.plot(
class.sys = "HYPRES63.TT",
main = "Modified European soil texture triangle"
) #
###################################################
### code chunk number 129: soiltexture_vignette.Rnw:3893-3913
###################################################
# Get the definition of the HYPRES texture triangle
HYPRES <- TT.get( "HYPRES.TT" )
#
# Check its class (list)
class( HYPRES )
#
# Check its parameters names
names( HYPRES )
#
# Check its parameters class
for( i in 1:length(HYPRES) )
{
print(
paste(
names( HYPRES )[i],
class( HYPRES[[i]] ),
sep = ": "
)
)
}
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