demo/fried.R

In tgp: Bayesian Treed Gaussian Process Models

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### chunk number 1: 
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library(tgp)
##options(width=65)
seed <- 0; set.seed(seed)


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### chunk number 2: 
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f <- friedman.1.data(200)
ff <- friedman.1.data(1000)
X <- f[,1:10]; Z <- f$Y
XX <- ff[,1:10]


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### chunk number 3: 
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fr.btlm <- btlm(X=X, Z=Z, XX=XX, tree=c(0.95,2), pred.n=FALSE, verb=0)
fr.btlm.mse <- sqrt(mean((fr.btlm$ZZ.mean - ff$Ytrue)^2))
fr.btlm.mse


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### chunk number 4: 
###################################################
fr.bgpllm <- bgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, pred.n=FALSE, verb=0)
fr.bgpllm.mse <- sqrt(mean((fr.bgpllm$ZZ.mean - ff$Ytrue)^2))
fr.bgpllm.mse


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### chunk number 5: 
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XX1 <- matrix(rep(0,10), nrow=1)
fr.bgpllm.tr <- bgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX1, pred.n=FALSE, trace=TRUE, m0r1=FALSE, verb=0)


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### chunk number 6: 
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trace <- fr.bgpllm.tr$trace$XX[[1]]
apply(trace[,27:36], 2, mean)


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### chunk number 7: 
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mean(fr.bgpllm.tr$trace$linarea$ba)


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### chunk number 8: 
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summary(trace[,9:10])


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### chunk number 9: 
###################################################
apply(trace[,11:15], 2, mean)