R/funciones_base.R
In AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19:
Defines functions
recodifica_variables
recodifica_variables
descargar_datos_abiertos
################################################################################
################## ~ FUNCIONES BASE DATOS ABIERTOS COVID-19 ~ ##################
################################################################################
#FUNCION PRINCIPAL
# base_covid <-function(){
# library(readxl)
# library(tidyverse)
# library(RCurl)
# library(data.table)
#
# source("funciones_base.R")
# # datos_covid <- read.csv(descargar_datos_abiertos(),
# # encoding = "UTF-8",
# # stringsAsFactors = F )
# # datos_covid <- data.table::fread(descargar_datos_abiertos(),
# # encoding = "UTF-8",
# # stringsAsFactors = F )
#
#
# # datos_covid <- fread("curl http://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/datos_abiertos_covid19.zip | funzip") %>%
# # recodifica_variables (.)
# #recodifica_poblaciones (.)
# return(datos_covid)
# }
# FUNCION 1 : DESCARGA LA BASE DE DATOS ABIERTOS
#Con esta funcion nos aseguramos de siempre tener la versión del día o actualizada de la base de datos abiertos.
descargar_datos_abiertos <- function(){
#Comporbamos si ya existe la base de datos de hoy... Sí ya la descargamos, no volvemos a descargarla
#Pero si no la tenemos actualizada o no se encuentra, la descargamos
if (!dir.exists("datos_abiertos")){
dir.create("datos_abiertos")
} else {
print("Directorio existente, descargando base...")
}
if ((file.exists("datos_abiertos/COVID19MEXICO2020.csv") |
file.exists("datos_abiertos/COVID19MEXICO2021.csv")|
file.exists("datos_abiertos/COVID19MEXICO2022.csv")) &
Sys.Date() == as.Date(file.info("datos_abiertos/COVID19MEXICO2022.csv")$atime)){
print("Ya tenemos la base de hoy, ¿Volvemos a descargar? S/N")
rdl<-readline()
if (rdl %in% c("s","S","si", "SI")) {
print("Descargando base...")
#Sí, ya le tenemos, pero la volvemos a actualizar...
download.file(url ="http://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/datos_abiertos_covid19.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2020/COVID19MEXICO2020.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2021/COVID19MEXICO2021.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
method='libcurl')
#Descomprimimos la carpeta
if (Sys.info()["sysname"] == "Windows"){
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
}else{
#MAC
#Descomprimimos la carpeta
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos/", overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
}
#Eliminamos el zip
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip")
actual_f<-paste0("datos_abiertos/COVID19MEXICO" ,
lubridate::year(as.Date(substring(gsub("[^0-9]", "", datos_abiertos_act),1,2), format ="%y")),
".csv")
file.rename(datos_abiertos_act, actual_f)
#return( c(datos_abiertos_2020,datos_abiertos_2021, actual_f))
}else if (rdl %in% c("n","N","no", "NO")){
#No, sólo carga la base que ya está descargada
print("Cargando base...")
return(paste0("datos_abiertos/" , unique(list.files("datos_abiertos/", pattern = ".csv"))))
}
}else{
print("No tenemos la base actualizada o alguna base está desactualizada o inexistente...")
#No la tenemos, y descargamos los datos abiertos
print("Desargando base...")
download.file(url ="http://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/datos_abiertos_covid19.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2020/COVID19MEXICO2020.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2021/COVID19MEXICO2021.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
method='libcurl')
#Descomprimimos la carpeta
if (Sys.info()["sysname"] == "Windows"){
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
}else{
#MAC
#Descomprimimos la carpeta
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos/", overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
}
#Eliminamos el zip
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip")
actual_f<-paste0("datos_abiertos/COVID19MEXICO" ,
lubridate::year(as.Date(substring(gsub("[^0-9]", "", datos_abiertos_act),1,2), format ="%y")),
".csv")
file.rename(datos_abiertos_act, actual_f)
return( c(datos_abiertos_2020,datos_abiertos_2021, actual_f))
}
}
# FUNCION 2 : RECODIFICA LA BASE
recodifica_variables <- function(x){
x %>% mutate(FECHA_INGRESO = as.Date(FECHA_INGRESO, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_ACTUALIZACION = as.Date(FECHA_ACTUALIZACION, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_DEF = as.Date(FECHA_DEF, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_SINTOMAS = as.Date(FECHA_SINTOMAS, format = "%Y-%m-%d"),
ORIGEN = recode(ORIGEN,
"1" = "USMER",
"2" = "FUERA DE USMER"),
ENTIDAD_UM = funcion_recodificar (ENTIDAD_UM),
ENTIDAD_NAC = funcion_recodificar (ENTIDAD_NAC),
ENTIDAD_RES = funcion_recodificar(ENTIDAD_RES),
SECTOR = recode(SECTOR,
"1" = "CRUZ ROJA",
"2" = "DIF",
"3" = "ESTATAL",
"4" = "IMSS",
"5" = "IMSS-BIENESTAR",
"6" = "ISSSTE",
"7" = "MUNICIPAL",
"8" = "PEMEX",
"9" = "PRIVADA",
"10" = "SEDENA",
"11" = "SEMAR",
"12" = "SSA",
"13" ="UNIVERSITARIO",
"14" = "NO ESPECIFICADO",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
SEXO = recode(SEXO,
"1" = "MUJER",
"2" = "HOMBRE",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
TIPO_PACIENTE = recode(TIPO_PACIENTE,
"1" = "AMBULATORIO",
"2" = "HOSPITALIZADO",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
#Creamos la variable para grupos de edad
GRUPO_EDAD = factor(case_when(EDAD > 69 ~ '>70',
EDAD >= 60 & EDAD <= 69 ~ '60 - 69',
EDAD >= 50 & EDAD <= 59 ~ '50 - 59',
EDAD >= 40 & EDAD <= 49 ~ '40 - 49',
EDAD >= 30 & EDAD <= 39 ~ '30 - 39',
EDAD >= 20 & EDAD <= 29 ~ '20 - 29',
EDAD >= 10 & EDAD <= 19 ~ '10 - 19',
EDAD < 9 ~ '<9')),
INTUBADO = funcion_recodificar_si_no(INTUBADO),
NEUMONIA = funcion_recodificar_si_no(NEUMONIA),
UCI = funcion_recodificar_si_no(UCI),
NACIONALIDAD = recode(NACIONALIDAD,
"1" = "MEXICANA",
"2" = "EXTRANJERA",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
INDIGENA = funcion_recodificar_si_no(INDIGENA),
MIGRANTE = funcion_recodificar_si_no(MIGRANTE),
HABLA_LENGUA_INDIG = funcion_recodificar_si_no(HABLA_LENGUA_INDIG),
EMBARAZO = funcion_recodificar_si_no(EMBARAZO),
DIABETES = funcion_recodificar_si_no(DIABETES),
EPOC = funcion_recodificar_si_no(EPOC),
ASMA = funcion_recodificar_si_no(ASMA),
INMUSUPR = funcion_recodificar_si_no(INMUSUPR),
HIPERTENSION = funcion_recodificar_si_no(HIPERTENSION),
OTRA_COM = funcion_recodificar_si_no(OTRA_COM),
CARDIOVASCULAR = funcion_recodificar_si_no(CARDIOVASCULAR),
OBESIDAD = funcion_recodificar_si_no(OBESIDAD),
TABAQUISMO = funcion_recodificar_si_no(TABAQUISMO),
RENAL_CRONICA = funcion_recodificar_si_no(RENAL_CRONICA),
OTRO_CASO = funcion_recodificar_si_no(OTRO_CASO),
TOMA_MUESTRA_ANTIGENO = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_ANTIGENO),
TOMA_MUESTRA_LAB = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_LAB),
RESULTADO_LAB = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_LAB),
RESULTADO_ANTIGENO = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_ANTIGENO),
CLASIFICACION_FINAL = recode(CLASIFICACION_FINAL,
"1" = "CONFIRMADO POR ASOCIACION CLINICA",
"2" = "CONFIRMADO POR DICTAMINACION",
"3" = "POSITIVO A SARS-COV-2",
"4" = "INVALIDO POR LABORATORIO",
"5" = "NO REALIZADO POR LABORATORIO",
"6" = "SOSPECHOSO",
"7" = "NEGATIVO A SARS-COV-2") )
}
recodifica_variables <- function(datos_covid, poblaciones, vars){
UM = vars[1]
COMPLICACION = vars[2]
COMORBILIDADES = vars[3]
LABORATORIO = vars[4]
SOCIO_CULT_DEMO = vars[5]
datos_covid <-datos_covid %>% mutate(
FECHA_INGRESO = as.Date(FECHA_INGRESO, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_ACTUALIZACION = as.Date(FECHA_ACTUALIZACION, format = "%Y-%m-%d"),
##### DATOS DEL PACIENTE ####
FECHA_DEF = as.Date(FECHA_DEF, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_SINTOMAS = as.Date(FECHA_SINTOMAS, format = "%Y-%m-%d"),
# ENTIDAD_NAC = funcion_recodificar (ENTIDAD_NAC),
#
# ENTIDAD_RES = funcion_recodificar(ENTIDAD_RES),
SEXO = recode(SEXO,
"1" = "MUJER",
"2" = "HOMBRE",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
EDAD = as.numeric(EDAD),
#Creamos la variable para grupos de edad
GRUPO_EDAD = factor(case_when(EDAD > 69 ~ '>70',
EDAD >= 60 & EDAD <= 69 ~ '60 - 69',
EDAD >= 50 & EDAD <= 59 ~ '50 - 59',
EDAD >= 40 & EDAD <= 49 ~ '40 - 49',
EDAD >= 30 & EDAD <= 39 ~ '30 - 39',
EDAD >= 20 & EDAD <= 29 ~ '20 - 29',
EDAD >= 10 & EDAD <= 19 ~ '10 - 19',
EDAD < 9 ~ '<9')),
CLASIFICACION_FINAL = recode(CLASIFICACION_FINAL,
"1" = "CONFIRMADO POR ASOCIACION CLINICA",
"2" = "CONFIRMADO POR DICTAMINACION",
"3" = "POSITIVO A SARS-COV-2",
"4" = "INVALIDO POR LABORATORIO",
"5" = "NO REALIZADO POR LABORATORIO",
"6" = "SOSPECHOSO",
"7" = "NEGATIVO A SARS-COV-2") )
if(COMORBILIDADES == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( EMBARAZO = funcion_recodificar_si_no(EMBARAZO),
DIABETES = funcion_recodificar_si_no(DIABETES),
EPOC = funcion_recodificar_si_no(EPOC),
ASMA = funcion_recodificar_si_no(ASMA),
INMUSUPR = funcion_recodificar_si_no(INMUSUPR),
HIPERTENSION = funcion_recodificar_si_no(HIPERTENSION),
OTRA_COM = funcion_recodificar_si_no(OTRA_COM),
CARDIOVASCULAR = funcion_recodificar_si_no(CARDIOVASCULAR),
OBESIDAD = funcion_recodificar_si_no(OBESIDAD),
TABAQUISMO = funcion_recodificar_si_no(TABAQUISMO),
RENAL_CRONICA = funcion_recodificar_si_no(RENAL_CRONICA),
OTRO_CASO = funcion_recodificar_si_no(OTRO_CASO))
}
if(COMPLICACION == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( TIPO_PACIENTE = recode(TIPO_PACIENTE,
"1" = "AMBULATORIO",
"2" = "HOSPITALIZADO",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
INTUBADO = funcion_recodificar_si_no(INTUBADO),
NEUMONIA = funcion_recodificar_si_no(NEUMONIA),
UCI = funcion_recodificar_si_no(UCI))
}
if(LABORATORIO == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( TOMA_MUESTRA_ANTIGENO = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_ANTIGENO),
TOMA_MUESTRA_LAB = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_LAB),
RESULTADO_LAB = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_LAB),
RESULTADO_ANTIGENO = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_ANTIGENO))
}
if(SOCIO_CULT_DEMO == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( NACIONALIDAD = recode(NACIONALIDAD,
"1" = "MEXICANA",
"2" = "EXTRANJERA",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
INDIGENA = funcion_recodificar_si_no(INDIGENA),
MIGRANTE = funcion_recodificar_si_no(MIGRANTE),
HABLA_LENGUA_INDIG = funcion_recodificar_si_no(HABLA_LENGUA_INDIG))
#"PAIS_NACIONALIDAD",
#"PAIS_ORIGEN",
}
if(poblaciones == 1){
poblaciones <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/Poblaciones_INE_Muni.csv", encoding = "UTF-8")
datos_covid_ <- datos_covid %>%
left_join(., poblaciones , by = c("ENTIDAD_RES" = "CVE_ENT" ,
"MUNICIPIO_RES" = "CVE_MUN")) %>%
left_join(., poblaciones %>%
select(CVE_ENT, NACIMIENTO=DESC_ENT) %>%
filter(!duplicated(.)) , by = c("ENTIDAD_NAC"= "CVE_ENT" )) %>%
select(-ENTIDAD_NAC, -ENTIDAD_RES, -MUNICIPIO_RES) %>%
rename(ENTIDAD_RES=DESC_ENT, MUNICIPIO_RES=DESC_MUN, ENTIDAD_NAC = NACIMIENTO, POB_MUNI_RES=POBTOT ) %>%
left_join(., poblaciones %>%
group_by(DESC_ENT ) %>%
summarise(POB_ENT_RES = sum(POBTOT)), by = c("ENTIDAD_RES"= "DESC_ENT"))
return(datos_covid_)
}else if (poblaciones == 2){
poblaciones <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/Poblaciones_INE_Muni.csv", encoding = "UTF-8")
datos_covid_ <- datos_covid %>%
left_join(., poblaciones , by = c("ENTIDAD_RES" = "CVE_ENT" ,
"MUNICIPIO_RES" = "CVE_MUN")) %>%
left_join(., poblaciones %>%
select(CVE_ENT, NACIMIENTO=DESC_ENT) %>%
filter(!duplicated(.)) , by = c("ENTIDAD_NAC"= "CVE_ENT" )) %>%
select(-ENTIDAD_NAC, -ENTIDAD_RES, -MUNICIPIO_RES) %>%
rename(ENTIDAD_RES=DESC_ENT, MUNICIPIO_RES=DESC_MUN, ENTIDAD_NAC = NACIMIENTO, POB_MUNI_RES=POBTOT ) %>%
left_join(., poblaciones %>%
group_by(DESC_ENT ) %>%
summarise(POB_ENT_RES = sum(POBTOT)), by = c("ENTIDAD_RES"= "DESC_ENT")) %>%
select(-POB_MUNI_RES)
return(datos_covid_)
}else{
poblaciones_INE <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/Poblaciones_INE_Muni.csv", encoding = "UTF-8")
datos_covid_ <- datos_covid %>%
left_join(., poblaciones_INE , by = c("ENTIDAD_RES" = "CVE_ENT" ,
"MUNICIPIO_RES" = "CVE_MUN")) %>%
left_join(., poblaciones_INE %>%
select(CVE_ENT, NACIMIENTO=DESC_ENT) %>%
filter(!duplicated(.)) , by = c("ENTIDAD_NAC"= "CVE_ENT" )) %>%
select(-ENTIDAD_NAC, -ENTIDAD_RES, -MUNICIPIO_RES, -POBTOT) %>%
rename(ENTIDAD_RES=DESC_ENT, MUNICIPIO_RES=DESC_MUN, ENTIDAD_NAC = NACIMIENTO)
}
}
# FUNCION 3 : RECODIFICA LA VARIABLE ESTADOS
funcion_recodificar <- function(x){
recode(x,
"1" = "AGUASCALIENTES",
"2" = "BAJA CALIFORNIA",
"3" = "BAJA CALIFORNIA SUR",
"4" = "CAMPECHE",
"5" = "COAHUILA",
"6" = "COLIMA",
"7" = "CHIAPAS",
"8" = "CHIHUAHUA",
"9" = "CIUDAD DE MEXICO",
"10" = "DURANGO",
"11" = "GUANAJUATO",
"12" = "GUERRERO",
"13" = "HIDALGO",
"14" = "JALISCO",
"15" = "MEXICO",
"16" = "MICHOACAN",
"17" = "MORELOS",
"18" = "NAYARIT",
"19" = "NUEVO LEON",
"20" = "OAXACA",
"21" = "PUEBLA",
"22" = "QUERETARO",
"23" = "QUINTANA ROO",
"24" = "SAN LUIS POTOSI",
"25" = "SINALOA",
"26" = "SONORA",
"27" = "TABASCO",
"28" = "TAMAULIPAS",
"29" = "TLAXCALA",
"30" = "VERACRUZ",
"31" = "YUCATAN",
"32" = "ZACATECAS",
"36" = "ESTADOS UNIDOS MEXICANOS",
"97" = "NO APLICA",
"98" = "SE IGNORA",
"99" = "NO ESPECIFICADO")
}
# FUNCION 4 : RECODIFICA SI NO Y DEMAS
funcion_recodificar_si_no <- function(x){
recode(x,
"1" = "SI",
"2" = "NO",
"97" = "NO APLICA",
"98" = "SE IGNORA",
"99" = "NO ESPECIFICADO")
}
# FUNCION 5 : RECODIFICA LA VARIABLE RESULTADO
funcion_recodificar_resultado <- function(x){
recode(x,
"1" = "POSITIVO A SARS-COV-2",
"2" = "NO POSITIVO A SARS-COV-2",
"3" = "RESULTADO PENDIENTE",
"4" = "RESULTADO NO ADECUADO",
"97" = "NO APLICA (CASO SIN MUESTRA)")
}
# FUNCION 6 : RECODIFICA LA VARIABLE MUNICIPIOS
# Con esta funcición recodificamos la variables de los municipios por nombre
#Realizamos la carga del catálogo y mediante left_join unimos la tabla, creando las nuevas variables.
recodifica_poblaciones <- function(x){
poblaciones <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/POBLACIONES_ENTIDADES_2021.csv") %>%
rename(ENTIDAD_RES = 1)
#catalogo_municipios <- read_excel("CATALOGO_MUNICIPIOS.xlsx",sheet = 1) %>%
catalogo_municipios <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/POBLACIONES_MUNICIPIOS_2021.csv") %>%
mutate(CLAVE_MUNICIPIO = as.integer(CLAVE_MUNICIPIO),
CLAVE_ENTIDAD = as.integer(CLAVE_ENTIDAD)) %>%
left_join(.,poblaciones, by = c("CLAVE_MUNICIPIO"="MUNICIPIO_RES",
"CLAVE_ENTIDAD"="CLAVE_ENTIDAD")) %>%
left_join( x, ., by= c("ENTIDAD_RES"="ENTIDAD",
"MUNICIPIO_RES"="CLAVE_MUNICIPIO"))
}
AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19 documentation built on Sept. 3, 2022, 10:35 p.m.
R Package Documentation
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Defines functions recodifica_variables recodifica_variables descargar_datos_abiertos
################################################################################
################## ~ FUNCIONES BASE DATOS ABIERTOS COVID-19 ~ ##################
################################################################################
#FUNCION PRINCIPAL
# base_covid <-function(){
# library(readxl)
# library(tidyverse)
# library(RCurl)
# library(data.table)
#
# source("funciones_base.R")
# # datos_covid <- read.csv(descargar_datos_abiertos(),
# # encoding = "UTF-8",
# # stringsAsFactors = F )
# # datos_covid <- data.table::fread(descargar_datos_abiertos(),
# # encoding = "UTF-8",
# # stringsAsFactors = F )
#
#
# # datos_covid <- fread("curl http://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/datos_abiertos_covid19.zip | funzip") %>%
# # recodifica_variables (.)
# #recodifica_poblaciones (.)
# return(datos_covid)
# }
# FUNCION 1 : DESCARGA LA BASE DE DATOS ABIERTOS
#Con esta funcion nos aseguramos de siempre tener la versión del día o actualizada de la base de datos abiertos.
descargar_datos_abiertos <- function(){
#Comporbamos si ya existe la base de datos de hoy... Sí ya la descargamos, no volvemos a descargarla
#Pero si no la tenemos actualizada o no se encuentra, la descargamos
if (!dir.exists("datos_abiertos")){
dir.create("datos_abiertos")
} else {
print("Directorio existente, descargando base...")
}
if ((file.exists("datos_abiertos/COVID19MEXICO2020.csv") |
file.exists("datos_abiertos/COVID19MEXICO2021.csv")|
file.exists("datos_abiertos/COVID19MEXICO2022.csv")) &
Sys.Date() == as.Date(file.info("datos_abiertos/COVID19MEXICO2022.csv")$atime)){
print("Ya tenemos la base de hoy, ¿Volvemos a descargar? S/N")
rdl<-readline()
if (rdl %in% c("s","S","si", "SI")) {
print("Descargando base...")
#Sí, ya le tenemos, pero la volvemos a actualizar...
download.file(url ="http://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/datos_abiertos_covid19.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2020/COVID19MEXICO2020.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2021/COVID19MEXICO2021.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
method='libcurl')
#Descomprimimos la carpeta
if (Sys.info()["sysname"] == "Windows"){
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
}else{
#MAC
#Descomprimimos la carpeta
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos/", overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
}
#Eliminamos el zip
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip")
actual_f<-paste0("datos_abiertos/COVID19MEXICO" ,
lubridate::year(as.Date(substring(gsub("[^0-9]", "", datos_abiertos_act),1,2), format ="%y")),
".csv")
file.rename(datos_abiertos_act, actual_f)
#return( c(datos_abiertos_2020,datos_abiertos_2021, actual_f))
}else if (rdl %in% c("n","N","no", "NO")){
#No, sólo carga la base que ya está descargada
print("Cargando base...")
return(paste0("datos_abiertos/" , unique(list.files("datos_abiertos/", pattern = ".csv"))))
}
}else{
print("No tenemos la base actualizada o alguna base está desactualizada o inexistente...")
#No la tenemos, y descargamos los datos abiertos
print("Desargando base...")
download.file(url ="http://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/datos_abiertos_covid19.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2020/COVID19MEXICO2020.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
method='libcurl')
download.file(url ="https://datosabiertos.salud.gob.mx/gobmx/salud/datos_abiertos/historicos/2021/COVID19MEXICO2021.zip",
destfile='datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
method='libcurl')
#Descomprimimos la carpeta
if (Sys.info()["sysname"] == "Windows"){
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos",
overwrite = TRUE)
}else{
#MAC
#Descomprimimos la carpeta
datos_abiertos_act <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip',
exdir = "datos_abiertos/", overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2020 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
datos_abiertos_2021 <- unzip('datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip',
exdir = "datos_abiertos/",
overwrite = TRUE)
}
#Eliminamos el zip
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2020.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2021.zip")
file.remove("datos_abiertos/datos_abiertos_covid19_2022.zip")
actual_f<-paste0("datos_abiertos/COVID19MEXICO" ,
lubridate::year(as.Date(substring(gsub("[^0-9]", "", datos_abiertos_act),1,2), format ="%y")),
".csv")
file.rename(datos_abiertos_act, actual_f)
return( c(datos_abiertos_2020,datos_abiertos_2021, actual_f))
}
}
# FUNCION 2 : RECODIFICA LA BASE
recodifica_variables <- function(x){
x %>% mutate(FECHA_INGRESO = as.Date(FECHA_INGRESO, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_ACTUALIZACION = as.Date(FECHA_ACTUALIZACION, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_DEF = as.Date(FECHA_DEF, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_SINTOMAS = as.Date(FECHA_SINTOMAS, format = "%Y-%m-%d"),
ORIGEN = recode(ORIGEN,
"1" = "USMER",
"2" = "FUERA DE USMER"),
ENTIDAD_UM = funcion_recodificar (ENTIDAD_UM),
ENTIDAD_NAC = funcion_recodificar (ENTIDAD_NAC),
ENTIDAD_RES = funcion_recodificar(ENTIDAD_RES),
SECTOR = recode(SECTOR,
"1" = "CRUZ ROJA",
"2" = "DIF",
"3" = "ESTATAL",
"4" = "IMSS",
"5" = "IMSS-BIENESTAR",
"6" = "ISSSTE",
"7" = "MUNICIPAL",
"8" = "PEMEX",
"9" = "PRIVADA",
"10" = "SEDENA",
"11" = "SEMAR",
"12" = "SSA",
"13" ="UNIVERSITARIO",
"14" = "NO ESPECIFICADO",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
SEXO = recode(SEXO,
"1" = "MUJER",
"2" = "HOMBRE",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
TIPO_PACIENTE = recode(TIPO_PACIENTE,
"1" = "AMBULATORIO",
"2" = "HOSPITALIZADO",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
#Creamos la variable para grupos de edad
GRUPO_EDAD = factor(case_when(EDAD > 69 ~ '>70',
EDAD >= 60 & EDAD <= 69 ~ '60 - 69',
EDAD >= 50 & EDAD <= 59 ~ '50 - 59',
EDAD >= 40 & EDAD <= 49 ~ '40 - 49',
EDAD >= 30 & EDAD <= 39 ~ '30 - 39',
EDAD >= 20 & EDAD <= 29 ~ '20 - 29',
EDAD >= 10 & EDAD <= 19 ~ '10 - 19',
EDAD < 9 ~ '<9')),
INTUBADO = funcion_recodificar_si_no(INTUBADO),
NEUMONIA = funcion_recodificar_si_no(NEUMONIA),
UCI = funcion_recodificar_si_no(UCI),
NACIONALIDAD = recode(NACIONALIDAD,
"1" = "MEXICANA",
"2" = "EXTRANJERA",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
INDIGENA = funcion_recodificar_si_no(INDIGENA),
MIGRANTE = funcion_recodificar_si_no(MIGRANTE),
HABLA_LENGUA_INDIG = funcion_recodificar_si_no(HABLA_LENGUA_INDIG),
EMBARAZO = funcion_recodificar_si_no(EMBARAZO),
DIABETES = funcion_recodificar_si_no(DIABETES),
EPOC = funcion_recodificar_si_no(EPOC),
ASMA = funcion_recodificar_si_no(ASMA),
INMUSUPR = funcion_recodificar_si_no(INMUSUPR),
HIPERTENSION = funcion_recodificar_si_no(HIPERTENSION),
OTRA_COM = funcion_recodificar_si_no(OTRA_COM),
CARDIOVASCULAR = funcion_recodificar_si_no(CARDIOVASCULAR),
OBESIDAD = funcion_recodificar_si_no(OBESIDAD),
TABAQUISMO = funcion_recodificar_si_no(TABAQUISMO),
RENAL_CRONICA = funcion_recodificar_si_no(RENAL_CRONICA),
OTRO_CASO = funcion_recodificar_si_no(OTRO_CASO),
TOMA_MUESTRA_ANTIGENO = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_ANTIGENO),
TOMA_MUESTRA_LAB = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_LAB),
RESULTADO_LAB = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_LAB),
RESULTADO_ANTIGENO = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_ANTIGENO),
CLASIFICACION_FINAL = recode(CLASIFICACION_FINAL,
"1" = "CONFIRMADO POR ASOCIACION CLINICA",
"2" = "CONFIRMADO POR DICTAMINACION",
"3" = "POSITIVO A SARS-COV-2",
"4" = "INVALIDO POR LABORATORIO",
"5" = "NO REALIZADO POR LABORATORIO",
"6" = "SOSPECHOSO",
"7" = "NEGATIVO A SARS-COV-2") )
}
recodifica_variables <- function(datos_covid, poblaciones, vars){
UM = vars[1]
COMPLICACION = vars[2]
COMORBILIDADES = vars[3]
LABORATORIO = vars[4]
SOCIO_CULT_DEMO = vars[5]
datos_covid <-datos_covid %>% mutate(
FECHA_INGRESO = as.Date(FECHA_INGRESO, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_ACTUALIZACION = as.Date(FECHA_ACTUALIZACION, format = "%Y-%m-%d"),
##### DATOS DEL PACIENTE ####
FECHA_DEF = as.Date(FECHA_DEF, format = "%Y-%m-%d"),
FECHA_SINTOMAS = as.Date(FECHA_SINTOMAS, format = "%Y-%m-%d"),
# ENTIDAD_NAC = funcion_recodificar (ENTIDAD_NAC),
#
# ENTIDAD_RES = funcion_recodificar(ENTIDAD_RES),
SEXO = recode(SEXO,
"1" = "MUJER",
"2" = "HOMBRE",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
EDAD = as.numeric(EDAD),
#Creamos la variable para grupos de edad
GRUPO_EDAD = factor(case_when(EDAD > 69 ~ '>70',
EDAD >= 60 & EDAD <= 69 ~ '60 - 69',
EDAD >= 50 & EDAD <= 59 ~ '50 - 59',
EDAD >= 40 & EDAD <= 49 ~ '40 - 49',
EDAD >= 30 & EDAD <= 39 ~ '30 - 39',
EDAD >= 20 & EDAD <= 29 ~ '20 - 29',
EDAD >= 10 & EDAD <= 19 ~ '10 - 19',
EDAD < 9 ~ '<9')),
CLASIFICACION_FINAL = recode(CLASIFICACION_FINAL,
"1" = "CONFIRMADO POR ASOCIACION CLINICA",
"2" = "CONFIRMADO POR DICTAMINACION",
"3" = "POSITIVO A SARS-COV-2",
"4" = "INVALIDO POR LABORATORIO",
"5" = "NO REALIZADO POR LABORATORIO",
"6" = "SOSPECHOSO",
"7" = "NEGATIVO A SARS-COV-2") )
if(COMORBILIDADES == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( EMBARAZO = funcion_recodificar_si_no(EMBARAZO),
DIABETES = funcion_recodificar_si_no(DIABETES),
EPOC = funcion_recodificar_si_no(EPOC),
ASMA = funcion_recodificar_si_no(ASMA),
INMUSUPR = funcion_recodificar_si_no(INMUSUPR),
HIPERTENSION = funcion_recodificar_si_no(HIPERTENSION),
OTRA_COM = funcion_recodificar_si_no(OTRA_COM),
CARDIOVASCULAR = funcion_recodificar_si_no(CARDIOVASCULAR),
OBESIDAD = funcion_recodificar_si_no(OBESIDAD),
TABAQUISMO = funcion_recodificar_si_no(TABAQUISMO),
RENAL_CRONICA = funcion_recodificar_si_no(RENAL_CRONICA),
OTRO_CASO = funcion_recodificar_si_no(OTRO_CASO))
}
if(COMPLICACION == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( TIPO_PACIENTE = recode(TIPO_PACIENTE,
"1" = "AMBULATORIO",
"2" = "HOSPITALIZADO",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
INTUBADO = funcion_recodificar_si_no(INTUBADO),
NEUMONIA = funcion_recodificar_si_no(NEUMONIA),
UCI = funcion_recodificar_si_no(UCI))
}
if(LABORATORIO == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( TOMA_MUESTRA_ANTIGENO = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_ANTIGENO),
TOMA_MUESTRA_LAB = funcion_recodificar_si_no(TOMA_MUESTRA_LAB),
RESULTADO_LAB = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_LAB),
RESULTADO_ANTIGENO = funcion_recodificar_resultado(RESULTADO_ANTIGENO))
}
if(SOCIO_CULT_DEMO == T){
datos_covid <- datos_covid %>%
mutate( NACIONALIDAD = recode(NACIONALIDAD,
"1" = "MEXICANA",
"2" = "EXTRANJERA",
"99" = "NO ESPECIFICADO"),
INDIGENA = funcion_recodificar_si_no(INDIGENA),
MIGRANTE = funcion_recodificar_si_no(MIGRANTE),
HABLA_LENGUA_INDIG = funcion_recodificar_si_no(HABLA_LENGUA_INDIG))
#"PAIS_NACIONALIDAD",
#"PAIS_ORIGEN",
}
if(poblaciones == 1){
poblaciones <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/Poblaciones_INE_Muni.csv", encoding = "UTF-8")
datos_covid_ <- datos_covid %>%
left_join(., poblaciones , by = c("ENTIDAD_RES" = "CVE_ENT" ,
"MUNICIPIO_RES" = "CVE_MUN")) %>%
left_join(., poblaciones %>%
select(CVE_ENT, NACIMIENTO=DESC_ENT) %>%
filter(!duplicated(.)) , by = c("ENTIDAD_NAC"= "CVE_ENT" )) %>%
select(-ENTIDAD_NAC, -ENTIDAD_RES, -MUNICIPIO_RES) %>%
rename(ENTIDAD_RES=DESC_ENT, MUNICIPIO_RES=DESC_MUN, ENTIDAD_NAC = NACIMIENTO, POB_MUNI_RES=POBTOT ) %>%
left_join(., poblaciones %>%
group_by(DESC_ENT ) %>%
summarise(POB_ENT_RES = sum(POBTOT)), by = c("ENTIDAD_RES"= "DESC_ENT"))
return(datos_covid_)
}else if (poblaciones == 2){
poblaciones <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/Poblaciones_INE_Muni.csv", encoding = "UTF-8")
datos_covid_ <- datos_covid %>%
left_join(., poblaciones , by = c("ENTIDAD_RES" = "CVE_ENT" ,
"MUNICIPIO_RES" = "CVE_MUN")) %>%
left_join(., poblaciones %>%
select(CVE_ENT, NACIMIENTO=DESC_ENT) %>%
filter(!duplicated(.)) , by = c("ENTIDAD_NAC"= "CVE_ENT" )) %>%
select(-ENTIDAD_NAC, -ENTIDAD_RES, -MUNICIPIO_RES) %>%
rename(ENTIDAD_RES=DESC_ENT, MUNICIPIO_RES=DESC_MUN, ENTIDAD_NAC = NACIMIENTO, POB_MUNI_RES=POBTOT ) %>%
left_join(., poblaciones %>%
group_by(DESC_ENT ) %>%
summarise(POB_ENT_RES = sum(POBTOT)), by = c("ENTIDAD_RES"= "DESC_ENT")) %>%
select(-POB_MUNI_RES)
return(datos_covid_)
}else{
poblaciones_INE <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/Poblaciones_INE_Muni.csv", encoding = "UTF-8")
datos_covid_ <- datos_covid %>%
left_join(., poblaciones_INE , by = c("ENTIDAD_RES" = "CVE_ENT" ,
"MUNICIPIO_RES" = "CVE_MUN")) %>%
left_join(., poblaciones_INE %>%
select(CVE_ENT, NACIMIENTO=DESC_ENT) %>%
filter(!duplicated(.)) , by = c("ENTIDAD_NAC"= "CVE_ENT" )) %>%
select(-ENTIDAD_NAC, -ENTIDAD_RES, -MUNICIPIO_RES, -POBTOT) %>%
rename(ENTIDAD_RES=DESC_ENT, MUNICIPIO_RES=DESC_MUN, ENTIDAD_NAC = NACIMIENTO)
}
}
# FUNCION 3 : RECODIFICA LA VARIABLE ESTADOS
funcion_recodificar <- function(x){
recode(x,
"1" = "AGUASCALIENTES",
"2" = "BAJA CALIFORNIA",
"3" = "BAJA CALIFORNIA SUR",
"4" = "CAMPECHE",
"5" = "COAHUILA",
"6" = "COLIMA",
"7" = "CHIAPAS",
"8" = "CHIHUAHUA",
"9" = "CIUDAD DE MEXICO",
"10" = "DURANGO",
"11" = "GUANAJUATO",
"12" = "GUERRERO",
"13" = "HIDALGO",
"14" = "JALISCO",
"15" = "MEXICO",
"16" = "MICHOACAN",
"17" = "MORELOS",
"18" = "NAYARIT",
"19" = "NUEVO LEON",
"20" = "OAXACA",
"21" = "PUEBLA",
"22" = "QUERETARO",
"23" = "QUINTANA ROO",
"24" = "SAN LUIS POTOSI",
"25" = "SINALOA",
"26" = "SONORA",
"27" = "TABASCO",
"28" = "TAMAULIPAS",
"29" = "TLAXCALA",
"30" = "VERACRUZ",
"31" = "YUCATAN",
"32" = "ZACATECAS",
"36" = "ESTADOS UNIDOS MEXICANOS",
"97" = "NO APLICA",
"98" = "SE IGNORA",
"99" = "NO ESPECIFICADO")
}
# FUNCION 4 : RECODIFICA SI NO Y DEMAS
funcion_recodificar_si_no <- function(x){
recode(x,
"1" = "SI",
"2" = "NO",
"97" = "NO APLICA",
"98" = "SE IGNORA",
"99" = "NO ESPECIFICADO")
}
# FUNCION 5 : RECODIFICA LA VARIABLE RESULTADO
funcion_recodificar_resultado <- function(x){
recode(x,
"1" = "POSITIVO A SARS-COV-2",
"2" = "NO POSITIVO A SARS-COV-2",
"3" = "RESULTADO PENDIENTE",
"4" = "RESULTADO NO ADECUADO",
"97" = "NO APLICA (CASO SIN MUESTRA)")
}
# FUNCION 6 : RECODIFICA LA VARIABLE MUNICIPIOS
# Con esta funcición recodificamos la variables de los municipios por nombre
#Realizamos la carga del catálogo y mediante left_join unimos la tabla, creando las nuevas variables.
recodifica_poblaciones <- function(x){
poblaciones <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/POBLACIONES_ENTIDADES_2021.csv") %>%
rename(ENTIDAD_RES = 1)
#catalogo_municipios <- read_excel("CATALOGO_MUNICIPIOS.xlsx",sheet = 1) %>%
catalogo_municipios <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/AllanZamb/DatosAbiertosCOVID19/main/poblaciones/POBLACIONES_MUNICIPIOS_2021.csv") %>%
mutate(CLAVE_MUNICIPIO = as.integer(CLAVE_MUNICIPIO),
CLAVE_ENTIDAD = as.integer(CLAVE_ENTIDAD)) %>%
left_join(.,poblaciones, by = c("CLAVE_MUNICIPIO"="MUNICIPIO_RES",
"CLAVE_ENTIDAD"="CLAVE_ENTIDAD")) %>%
left_join( x, ., by= c("ENTIDAD_RES"="ENTIDAD",
"MUNICIPIO_RES"="CLAVE_MUNICIPIO"))
}
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