d2nn_mono: Neurocardio Research Group DICOM toNIfTI converter v1.3
In EricWittlich/d2nn: Neurocardio Research Group DICOM toNIfTI converter

Description Usage Arguments Author(s) See Also Examples

Specially tailored dicom to nifti converter for Neurocardio Research Group of FMB-UFBA BR

1	d2nn_mono(diretorio, verificado = F, processadores = T)

`diretorio`	local onde esta a pasta raiz criada com o nome do DataSet
`verificado`	variavel para debug
`processadores`	numero de processadores utilizados pela maquina na aplicacao

Eric Wittlich ericwittlich gmail.com

oro.dicom and oro.nifti

##---- Should be DIRECTLY executable !! ----
##-- ==>  Define data, use random,
##--	or do  help(data=index)  for the standard data sets.

## The function is currently defined as
function (diretorio, verificado = F, processadores = T)
{
    start_time_user <- Sys.time()
    suppressWarnings({
        for (package in c("oro.dicom", "oro.nifti", "stringr",
            "data.table", "doParallel", "doSNOW", "foreach")) {
            if (!require(package, character.only = T, quietly = T)) {
                install.packages(package)
                library(package, character.only = T)
            }
        }
        if (processadores == T) {
            processadores <- detectCores()
        }
        else {
            processadores = processadores
        }
        cat("----------------------------------------------------------------------------------------------------")
        cat("\n\nBem vindo ao Conversor DICOM_2_NIfTI_Neurocardio_v1.3 [ D2NN_v1.3 ]\n\nAutor: Eric Wittlich  Data:14-07-2020  email:ericwittlich@gmail.com\n")
        dir_temp <- 0
        if (verificado == F) {
            dir_ant = readline(cat("\n\nInstruções para uso do conversor:\n  1.Crie uma pasta num diretório conhecido, com o nome do DataSet (ex: C:/User/Fulano/Desktop/DataSet01). \n  2.Extraia todo o conteúdo do DataSet compactado para dentro da pasta criada no passo 1.\n  3.Escolha o método de entrada do endereço do DataSet a ser convertido:\n    > DIRETO: pressione ENTER e siga os comandos no 'Console'.\n    > ASSISTIDO: Utilize o painel 'File' (por default, o painel inferior direito do Rstudio) e siga os passos 'a' e 'b':\n      a) Localize o diretório através do ícone '...' na extrema direita do menu do painel, e abra-o.\n      b) Utilize o ícone da engrenagem ('More') no menu do painel e clique em 'Set as Working Directory'.\n  4.O processo será iniciado na sequência. Ao final será criada uma nova pasta, no mesmo local da pasta original, com a seguinte estrutura:\n      >Diretório original escolhido (ex: Desktop)\n         >Nome_do_DataSet_CLEANED(Pasta raiz dos novos arquivos)\n            >Nome_do_DataSet_NIfTI-files (Pasta onde estão os arquivos convertidos)\n            >AXIAL_T1/T2/FLAIR/ETC (Pastas com os arquivos DICOM originais de cada uma das sequências convertidas)\n\nATENÇÃO:\n > A conversão de cada slice leva, em média, 2 segundos. A montagem completa dos arquivos durará, em média, de 2 a 6 minutos - a depender da máquina e da resolução do arquivo.\n > O processo pode ser interrompido a qualquer instante utilizando o botão 'PARE' do 'Console' ou utilizando a tecla 'ESC'.\n > Caso ocorra algum erro durante o processo, ele será informado no 'Console'.\n > Caso deseje reiniciar o processo, por qualquer motivo, apague os arquivos gerados/duplicados e refaça as etapas desde o 'Passo 1'. \n\n----- Entre com o comando desejado do 'Passo 3' para continuar -----\n"))
            if (substr(dir_ant, 0, 5) == "setwd") {
                dir_temp = (sub(".*\"(.*)\".*", "\1", dir_ant))
                if (dir_temp != 0) {
                  diretorio = dir_temp
                }
            }
        }
        else {
            verificado == T
        }
        if (missing(diretorio)) {
            diretorio = readline(cat("\n\n__USUÁRIO__ >>> Defina a pasta do DataSet no 'Console', ou confirme o diretório indicao e pressione ENTER:"))
        }
        else {
            diretorio = diretorio
        }
        start_time <- Sys.time()
        cat("\nProcesso iniciado... Aguarde\n\n")
        setwd(diretorio)
        folder_name = gsub("^.*/", "", diretorio)
        up_diretorio = str_remove(diretorio, folder_name)
        new_folder_name = paste(folder_name, "CLEANED", sep = "_")
        new_diretorio = paste(up_diretorio, new_folder_name,
            sep = "")
        to <- new_diretorio
        from <- diretorio
        files <- list.files(from, ".dcm", r = T)
        dir.create(to)
        file.copy(paste(from, files, sep = "/"), paste(to, files,
            sep = "/"))
        cat("+ OK - Criação do diretório de trabalho \n")
        cat("--- Verificando consistência dos arquivos - Aguarde\n")
        Lista_Lv0 <- data.frame(list.files(new_diretorio))
        Lista_Lv1 = NULL
        fname = NULL
        fhdr = NULL
        cl <- makeCluster(processadores)
        registerDoSNOW(cl)
        pb <- txtProgressBar(max = (nrow(Lista_Lv0)), style = 3)
        progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
        opts <- list(progress = progress)
        Lista_Lv1 <- foreach(i = 1:(nrow(Lista_Lv0)), .combine = rbind,
            .options.snow = opts) %dopar% {
            fname[[i]] <- oro.dicom::readDICOM(Lista_Lv0[i, ])
            fhdr[[i]] <- oro.dicom::extractHeader(fname[[i]]$hdr,
                string = "SeriesDescription", numeric = F, names = T,
                inSequence = T)
            axteste <- ifelse(grepl("axial", fhdr[[i]], ignore.case = T,
                perl = T, fixed = F), 1, 0)
            if (axteste == 1) {
                Lista_Lv1[[i]] <- data.frame(Lista_Lv0[i, ],
                  fhdr[[i]])
            }
        }
        close(pb)
        stopCluster(cl)
        cat("\n+ OK - Verificação de consistência dos arquivos\n")
        T1dir <- paste(new_diretorio, "AXIAL_T1", sep = "/")
        dir.create(T1dir)
        T2dir <- paste(new_diretorio, "AXIAL_T2", sep = "/")
        dir.create(T2dir)
        FLAIRdir <- paste(new_diretorio, "AXIAL_FLAIR", sep = "/")
        dir.create(FLAIRdir)
        for (j in 1:(nrow(Lista_Lv1))) {
            T1_Lv1 <- ifelse(grepl("T1", Lista_Lv1[[j, 2]], ignore.case = T,
                perl = T, fixed = F), 1, 0)
            if (T1_Lv1 == 1) {
                file.copy(paste(new_diretorio, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"), paste(T1dir, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"))
                file.remove(paste(new_diretorio, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"))
            }
            else {
                next
            }
        }
        cat("+ OK - Diretório 'AXIAL_T1'\n")
        for (j in 1:(nrow(Lista_Lv1))) {
            T2_Lv1 <- ifelse(grepl("T2", Lista_Lv1[[j, 2]], ignore.case = T,
                perl = T, fixed = F), 1, 0)
            if (T2_Lv1 == 1) {
                file.copy(paste(new_diretorio, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"), paste(T2dir, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"))
                file.remove(paste(new_diretorio, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"))
            }
            else {
                next
            }
        }
        cat("+ OK - Diretório 'AXIAL_T2'\n")
        for (j in 1:(nrow(Lista_Lv1))) {
            FLAIR_Lv1 <- ifelse(grepl("FLAIR", Lista_Lv1[[j,
                2]], ignore.case = T, perl = T, fixed = F), 1,
                0)
            if (FLAIR_Lv1 == 1) {
                file.copy(paste(new_diretorio, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"), paste(FLAIRdir, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"))
                file.remove(paste(new_diretorio, Lista_Lv1[[j,
                  1]], sep = "/"))
            }
            else {
                next
            }
        }
        cat("+ OK - Diretório 'AXIAL_FLAIR'\n")
        lista_para_remover <- list.files(new_diretorio, ".dcm",
            r = F, include.dirs = F)
        file.remove(paste(new_diretorio, list.files(new_diretorio[4:length(list.files(lista_para_remover))]),
            sep = "/"))
        file.remove(diretorio)
        cat("+ OK - Limpeza de obsoletos \n")
        cat("--- Início da conversão... Aguarde\n")
        niftiT1 <- dicom2nifti(readDICOM(T1dir))
        cat("+ OK - T1_NIfTI\n")
        orthographic(niftiT1)
        cat("+ OK - T1_ortograf\n")
        niftiT2 <- dicom2nifti(readDICOM(T2dir))
        cat("+ OK - T2_NIfTI\n")
        orthographic(niftiT2)
        cat("+ OK - T2_ortograf\n")
        niftiFLAIR <- dicom2nifti(readDICOM(FLAIRdir))
        cat("+ OK - FLAIR_NIfTI\n")
        orthographic(niftiFLAIR)
        cat("+ OK - FLAIR_ortograf\n")
        niftidir <- paste(new_diretorio, paste(folder_name, "NIfTI_files",
            sep = "_"), sep = "/")
        dir.create(niftidir)
        writeNIfTI(niftiT1, paste(niftidir, paste(folder_name,
            "NIfTI_T1", sep = "_"), sep = "/"), onefile = TRUE,
            gzipped = TRUE, verbose = FALSE, warn = -1)
        cat("+ OK - T1_NIfTI armazenado\n")
        writeNIfTI(niftiT2, paste(niftidir, paste(folder_name,
            "NIfTI_T2", sep = "_"), sep = "/"), onefile = TRUE,
            gzipped = TRUE, verbose = FALSE, warn = -1)
        cat("+ OK - T2_NIfTI armazenado\n")
        writeNIfTI(niftiFLAIR, paste(niftidir, paste(folder_name,
            "NIfTI_FLAIR", sep = "_"), sep = "/"), onefile = TRUE,
            gzipped = TRUE, verbose = FALSE, warn = -1)
        cat("+ OK - FLAIR_NIfTI armazenado\n")
        remfil <- list.files(diretorio, r = T, include.dirs = F,
            all.files = F)
        file.remove(remfil)
        file.remove(diretorio)
        cat("\n+++++ Processo concluído +++++ \n\n")
        cat("Verifique os arquivos convertidos, em: ", new_diretorio,
            "\n")
        cat("\n")
    })
    cat("----------------------------------------------------------------------------------------------------\n")
    end_time <- Sys.time()
    cat("Number of Cores under load:", processadores, "\n")
    useret = round(difftime(end_time, start_time_user, units = "secs"),
        0)
    processet = round(difftime(end_time, start_time, units = "secs"),
        0)
    cat("PROCESS elapsed time (s):", processet, "\n")
    cat("TOTAL elapsed time [user + process] (s):", useret, "\n")
  }