R/getDataClinical.R

In GeneSurvey/TCGAGeneReport: Access to Gene Report Data

#TCGAGeneReport Copyright 2014, 2015, 2016 University of Texas MD Anderson Cancer Center
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# internal
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getDataClinical_internal <- function(theZipFile, theVerboseFlag)
{
	setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
	results <- NULL
	jObj <- .jnew("org/mda/bcb/tcgagsdata/CallFromR", theZipFile)
	result <- .jcall(jObj, returnSig = "Lorg/mda/bcb/tcgagsdata/retrieve/GetDataClinical;", 
									 method="getDataClinical")
	if(FALSE==is.jnull(result))
	{
		results <- matrixWithIssues(result$mGenesBySamplesValues, ncol=length(result$mColumnLabels))
		rownames(results) <- result$mPatientIds
		colnames(results) <- result$mColumnLabels
	}
	results
}

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# exported
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getDataClinical <- function(theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	stopifnot(file.exists(theZipFile))
	stopifnot((TRUE==theVerboseFlag)||(FALSE==theVerboseFlag))
	getDataClinical_internal(theZipFile, theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

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