R/getNames_ProbeFromGeneSymbol.R

In GeneSurvey/TCGAGeneReport: Access to Gene Report Data

#TCGAGeneReport Copyright 2014, 2015, 2016 University of Texas MD Anderson Cancer Center
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# internal
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getNames_ProbeFromGeneSymbol_internal <- function(theGene, theZipFile, theMethodString, theVerboseFlag)
{
	setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
	listResults <- lapply(theGene, function(myGene)
	{
		results <- NULL
		jReadGeneObj <- .jnew("org/mda/bcb/tcgagsdata/CallFromR", theZipFile)
		result <- .jcall(jReadGeneObj, returnSig = "[S", method=theMethodString, 
										 .jnew("java/lang/String",myGene))
		if(is.jnull(result))
		{
			results <- NULL
		}
		if (0==length(results))
		{
			results <- result
		}
		results
	})
	names(listResults) <- theGene
	listResults
}

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# exported
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getNames_ProbeFromGeneSymbol_Meth450 <- function(theGene, theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", 
																		theVerboseFlag=FALSE)
{
	getNames_ProbeFromGeneSymbol_internal(theGene, theZipFile, 'getMapping_Meth450', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

getNames_ProbeFromGeneSymbol_Meth27 <- function(theGene, theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", 
																	 theVerboseFlag=FALSE)
{
	getNames_ProbeFromGeneSymbol_internal(theGene, theZipFile, 'getMapping_Meth27', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

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