#' Søylediagram med gjennomsnitt/median for hver grupperingsenhet (sykehus, RHF, ...)
#'
#' Funksjon som genererer en figur med gjennomsnitt/median
#' for hvert sykehus og kan ta inn ulike numeriske variable.
#' Funksjonen er delvis skrevet for å kunne brukes til andre grupperingsvariable enn sykehus
#'
#' @inheritParams NGERFigAndeler
#' @inheritParams NGERFigAndelerGrVar
#' @inheritParams NGERUtvalgEnh
#' @param valgtMaal 'med' = median. Alt annet gir gjennomsnitt
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item Alder: Liggetid
#' \item RAND36 - alle dimensjoner
#' \item Registreringsforsinkelse
#' \item TSS2
#' }
#'
#' @return Søylediagram med gjennomsnitt/median av valgt variabel for hvert sykehus
#'
#' @export
NGERFigGjsnGrVar <- function(RegData, datoFra='2013-01-01', datoTil='3000-12-31',
valgtVar, minald=0, maxald=130, OpMetode=99, AlvorlighetKompl=99,
Hastegrad=99, valgtMaal='gjsn', hentData=0, preprosess=1,
grVar='ShNavn', velgAvd=0, velgDiag=0, Ngrense=10,medKI=1,
lagFig=1, outfile='',...) { #aar=0,
if ("session" %in% names(list(...))) {
rapbase::repLogger(session = list(...)[["session"]], msg = paste0('Figur, sentralmål: ',valgtVar))
}
if (hentData == 1) {
RegData <- NGERRegDataSQL(datoFra, datoTil)
}
# Hvis RegData ikke har blitt preprosessert. (I samledokument gjøres dette i samledokumentet)
if (preprosess == 1){
RegData <- NGERPreprosess(RegData=RegData)
}
#------- Tilrettelegge variable
NGERVarSpes <- NGERVarTilrettelegg(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, figurtype = 'gjsnGrVar')
RegData <- NGERVarSpes$RegData
KvalIndGrenser <- NGERVarSpes$KvalIndGrenser
sortAvtagende <- NGERVarSpes$sortAvtagende
#------- Gjøre utvalg
NGERUtvalg <- NGERUtvalgEnh(RegData = RegData, datoFra = datoFra, datoTil = datoTil,
minald = minald, maxald = maxald,
OpMetode = OpMetode, AlvorlighetKompl=AlvorlighetKompl,
Hastegrad=Hastegrad, velgAvd=velgAvd, velgDiag=velgDiag)
smltxt <- NGERUtvalg$smltxt
#medSml <- NGERUtvalg$medSml
utvalgTxt <- NGERUtvalg$utvalgTxt
#ind <- NGERUtvalg$ind
hovedgrTxt <- NGERUtvalg$hovedgrTxt
RegData <- NGERUtvalg$RegData
'%i%' <- intersect
RegData[ ,grVar] <- as.factor(RegData[ ,grVar])
#Grupper som ikke har registreringer vil nå ikke komme med i oversikta. Gjøres dette tidligere, vil alle
#grupper komme med uansett om de ikke har registreringer.
if(dim(RegData)[1]>0) {Ngr <- table(RegData[ ,grVar])} else {Ngr <- 0}
sjekkNgr <- max(Ngr, na.rm = T) < Ngrense
t1 <- switch(valgtMaal,
med = 'Median ',
gjsn = 'Gjennomsnittlig ')
tittel <- paste0(t1, NGERVarSpes$tittel) #NGERVarSpes$tittel #
Ngrtxt <- paste0(' (', as.character(Ngr),')')
indGrUt <- which(Ngr < Ngrense)
if (length(indGrUt)==0) { indGrUt <- 0}
Ngrtxt[indGrUt] <- paste0(' (<', Ngrense,')')
N <- dim(RegData)[1]
KIHele <- c(0,0)
KIned <- c(0,0)
KIhele <- c(0,0)
dummy0 <- NA #-0.0001
#Kommer ut ferdig sortert!
if (valgtMaal=='med') {
MedIQR <- plot(RegData[ ,grVar], RegData$Variabel, notch=TRUE, plot=FALSE)
MedIQR$stats[ ,indGrUt] <- dummy0
MedIQR$conf[ ,indGrUt] <- dummy0
sortInd <- order( MedIQR$stats[3,], decreasing=NGERVarSpes$sortAvtagende, na.last = FALSE)
Midt <- as.numeric(MedIQR$stats[3, sortInd])
KIned <- MedIQR$conf[1, sortInd]
KIopp <- MedIQR$conf[2, sortInd]
MedIQRHele <- boxplot.stats(RegData$Variabel, do.conf = TRUE)
MidtHele <- as.numeric(MedIQRHele$stats[3]) #median(RegData$Variabel)
KIHele <- MedIQRHele$conf
xAkseTxt <- paste0('Median ',NGERVarSpes$xAkseTxt)
#Hvis vil bruke vanlige konf.int:
#j <- ceiling(N/2 - 1.96*sqrt(N/4))
#k <- ceiling(N/2 + 1.96*sqrt(N/4))
#KIHele <- sort(RegData$Variabel)[c(j,k)]
#The notches (if requested) extend to +/-1.58 IQR/sqrt(n). (Chambers et al. (1983, p. 62), given in McGill et al. (1978, p. 16).)
#They are based on asymptotic normality of the median and roughly equal sample sizes for the two medians being compared,
#and are said to be rather insensitive to the underlying distributions of the samples. The idea appears to be to give
#roughly a 95% confidence interval for the difference in two medians.
}
if (valgtMaal=='gjsn') { #Gjennomsnitt er standard, men må velges.
Gjsn <- tapply(RegData$Variabel, RegData[ ,grVar], mean, na.rm=T)
SE <- tapply(RegData$Variabel, RegData[ ,grVar], sd, na.rm=T)/sqrt(Ngr)
MidtHele <- mean(RegData$Variabel, na.rm=T) #mean(RegData$Variabel)
KIHele <- MidtHele + sd(RegData$Variabel, na.rm = T)/sqrt(N)*c(-2,2)
Gjsn[indGrUt] <- dummy0
SE[indGrUt] <- 0
sortInd <- order(Gjsn, decreasing=NGERVarSpes$sortAvtagende, na.last = FALSE)
Midt <- Gjsn[sortInd] #as.numeric(Gjsn[sortInd])
KIned <- Gjsn[sortInd] - 2*SE[sortInd]
KIopp <- Gjsn[sortInd] + 2*SE[sortInd]
xAkseTxt <- paste0('Gjennomsnittlig ', NGERVarSpes$xAkseTxt)
}
GrNavnSort <- paste0(names(Ngr)[sortInd], Ngrtxt[sortInd])
soyletxt <- sprintf(paste0('%.1f'), Midt)
indUT <- which(is.na(Midt)) #Rydd slik at bare benytter indGrUt
soyletxt[indUT] <- ''
KIned[indUT] <- NA
KIopp[indUT] <- NA
AggVerdier <- list(Hoved=Midt, Rest=NULL, KIned=KIned, KIopp=KIopp, KIHele=KIHele)
Ngr <- list(Hoved=Ngr[sortInd], Rest=NULL)
SentralmaalTxt <- switch(valgtMaal,
gjsn='Gjennomsnitt',
med='Median')
#Se NGERFigSoyler for forklaring av innhold i lista GjsnGrVarData
GjsnGrVarData <- list(AggVerdier=AggVerdier, #Endres til Soyleverdi? Evt. AggVerdier
AggTot=MidtHele, #Til AggVerdiTot?
N=list(Hoved=N),
Ngr=Ngr,
grtxt2='',
medKI=medKI,
KImaal = NGERVarSpes$KImaal,
soyletxt=soyletxt,
grtxt=GrNavnSort,
valgtMaal=valgtMaal,
SentralmaalTxt=SentralmaalTxt,
tittel=tittel, #NGERVarSpes$tittel,
#yAkseTxt=yAkseTxt,
retn='H',
xAkseTxt=NGERVarSpes$xAkseTxt,
grTypeTxt=NGERUtvalg$grTypeTxt,
utvalgTxt=NGERUtvalg$utvalgTxt,
fargepalett=NGERUtvalg$fargepalett,
medSml=NGERUtvalg$medSml,
smltxt=NGERUtvalg$smltxt)
#FigDataParam skal inn som enkeltparametre i funksjonskallet
#lagFig <- 1
if (lagFig == 1) {
cexgr <- 1-ifelse(length(soyletxt)>20, 0.25*length(soyletxt)/60, 0)
AggTot <- MidtHele
KImaal <- NGERVarSpes$KImaal
#---------------------------------------FRA FIGANDELER, FigGjsnGrVar og FigAndelGrVar--------------------------
#Hvis for få observasjoner..
if (dim(RegData)[1] < 10 | sjekkNgr)
#|(grVar=='' & length(enhetsUtvalg %in% c(1,3)))
{
#-----------Figur---------------------------------------
FigTypUt <-rapFigurer::figtype(outfile) #FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile)
farger <- FigTypUt$farger
plot.new()
title(tittel) #, line=-6)
legend('topleft',legend=utvalgTxt, bty='n', cex=0.9, text.col=farger[1])
tekst <- 'For få registreringer for hver enhet'
text(0.5, 0.6, tekst, cex=1.2)
if ( outfile != '') {dev.off()}
} else {
#Plottspesifikke parametre:
#Høyde må avhenge av antall grupper
hoyde <- ifelse(length(AggVerdier$Hoved)>20, 3*800, 3*600)
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, height=hoyde, fargepalett=NGERUtvalg$fargepalett)
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
vmarg <- switch('H', V=0.04, H=min(1,max(0, strwidth(GrNavnSort, units='figure', cex=cexgr)*0.75)))
#NB: strwidth oppfører seg ulikt avh. av device...
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1-0.02*(NutvTxt-1))) #Har alltid datoutvalg med
farger <- FigTypUt$farger
fargeHoved <- ifelse(grVar %in% c('ShNavn'), farger[4], farger[1])
fargeRest <- farger[3]
graa <- c('#4D4D4D','#737373','#A6A6A6','#DADADA') #Mørk til lys # Fire graatoner
antGr <- length(GrNavnSort)
lwdRest <- 3 #tykkelse på linja som repr. landet
cexleg <- 0.9 #Størrelse på legendtekst
#Definerer disse i beregningsfunksjonen?
xmax <- max(c(AggVerdier$Hoved, AggVerdier$Rest), na.rm=T)*1.2
if (valgtVar %in% c('R0ScorePhys', 'R0ScoreRoleLmtPhy', 'R0ScoreRoleLmtEmo', 'R0ScoreEnergy',
'R0ScoreEmo', 'R0ScoreSosial', 'R0ScorePain', 'R0ScoreGeneral')) {
xmax <- min(xmax, 100)}
ymin <- 0.3 #0.5/cexgr^4 #0.05*antGr #Fordi avstand til x-aksen av en eller annen grunn øker når antall sykehus øker
ymax <- 0.4+1.25*length(AggVerdier$Hoved) #c(0.3/xkr^4, 0.3+1.25*length(Midt)), 0.2+1.2*length(AggVerdier$Hoved)
#Må def. pos først for å få strek for hele gruppa bak søylene
### reverserer for å slippe å gjøre det på konf.int
pos <- rev(barplot(rev(as.numeric(AggVerdier$Hoved)), horiz=T, xlim=c(0,xmax), ylim=c(ymin, ymax), #, plot=FALSE)
xlab=xAkseTxt, border=NA, col=fargeHoved)) #xlab=NGERVarSpes$xAkseTxt
indOK <- which(AggVerdier$Hoved>=0)
posOK <- pos[indOK]
posOver <- max(pos)+0.35*log(max(pos))
posDiff <- 1.2*(pos[1]-pos[2])
posOK <- pos[indOK]
minpos <- min(posOK)-0.7
maxpos <- max(posOK)+0.7
AntGr <- length(which(AggVerdier$Hoved>0))
if (max(AggVerdier$Hoved, na.rm=T) == 0 ){medKI <- 0}
#Legge på målnivå
if (!is.na(KvalIndGrenser[1])) {
antMaalNivaa <- length(KvalIndGrenser)-1
rekkef <- 1:antMaalNivaa
if (sortAvtagende == TRUE) {rekkef <- rev(rekkef)}
fargerMaalNiva <- c('#3baa34', '#fd9c00', '#e30713')[rekkef] #Grønn, gul, rød
maalOppTxt <- c('Høy', 'Moderat til lav', 'Lav')[rekkef]
if (antMaalNivaa==3) {maalOppTxt[2] <- 'Moderat' }
rect(xleft=KvalIndGrenser[1:antMaalNivaa], ybottom=0, xright=KvalIndGrenser[2:(antMaalNivaa+1)],
ytop=max(pos)+0.4, col = fargerMaalNiva[1:antMaalNivaa], border = NA) #add = TRUE, #pos[AntGrNgr+1],
legPos <- ifelse(AntGr < 31, ifelse(AntGr < 15, -1, -2.5), -4.2)#-3.5)
legend(x=0, y=legPos, pch=c(NA,rep(15, antMaalNivaa)), col=c(NA, fargerMaalNiva[1:antMaalNivaa]),
ncol=antMaalNivaa+1,
xpd=TRUE, border=NA, box.col='white',cex=0.8, pt.cex=1.5,
legend=c('Måloppnåelse:', maalOppTxt[1:antMaalNivaa])) #,
}
if (medKI == 1) { #Legge på konf.int for hele populasjonen
#options(warn=-1) #Unngå melding om KI med lengde 0
KIHele <- AggVerdier$KIHele
polygon(c(rep(KIHele[1],2), rep(KIHele[2],2)), col=farger[3], border=farger[3],
c(minpos, maxpos, maxpos, minpos))
}
#GrNavnSort <- rev(GrNavnSort)
grTypeTxt <- smltxt
mtext(at=posOver, paste0('(N)' ), side=2, las=1, cex=cexgr, adj=1, line=0.25)
#Linje for hele landet/utvalget:
lines(x=rep(AggTot, 2), y=c(minpos, maxpos), col=farger[1], lwd=2.5) #y=c(0, max(pos)+0.55),
#Linje for kvalitetsindikatormål:
if (!is.na(KImaal[1])) {
lines(x=rep(KImaal, 2), y=c(minpos, maxpos), col= '#FF7260', lwd=2.5) #y=c(0, max(pos)+0.55),
text(x=KImaal, y=maxpos+0.6, paste0('Mål:', KImaaltxt), cex=0.9*cexgr, col= '#FF7260',adj=c(0.5,0))
}
barplot(rev(as.numeric(AggVerdier$Hoved)), horiz=TRUE, beside=TRUE, las=1, add=TRUE,
col=fargeHoved, border=NA, cex.names=cexgr) #, xlim=c(0, xmax), ylim=c(ymin,ymax)
soyleXpos <- 1.12*xmax*max(strwidth(soyletxt, units='figure')) # cex=cexgr
text(x=soyleXpos+xmax*0.01, y=pos+0.1, soyletxt, las=1, cex=cexgr, adj=1, col=farger[1]) #AggVerdier, hvert sykehus
if (medKI == 1) { #Legge på konf.int for hver enkelt gruppe/sykehus
suppressWarnings(arrows(x0=AggVerdier$Hoved, y0=pos, x1=AggVerdier$KIopp, y1=pos,
length=0.5/max(pos), code=2, angle=90, lwd=1, col=farger[1]))
suppressWarnings(arrows(x0=AggVerdier$Hoved, y0=pos, x1=AggVerdier$KIned, y1=pos,
length=0.5/max(pos), code=2, angle=90, lwd=1, col=farger[1]))
}
#------Tegnforklaring (legend)--------
if (medKI == 0) { #Hopper over hvis ikke valgtMaal er oppfylt
TXT <- paste0('totalt: ', sprintf('%.1f', AggTot), ', N=', N)
legend('top', TXT, fill=NA, border=NA, lwd=2.5, xpd=TRUE, #xmax/4, posOver+posDiff, inset=c(-0.1,0),
col=farger[1], cex=cexleg, seg.len=0.6, merge=TRUE, bty='n')
} else {
TXT <- c(paste0('totalt: ', sprintf('%.1f', AggTot), ', N=', N),
paste0('95% konf.int., ', hovedgrTxt, ' (', #grTypeTxt, 'sykehus..
sprintf('%.1f', KIHele[1]), '-', sprintf('%.1f', KIHele[2]), ')')) #xmax/4, posOver+2*posDiff
legend('top', TXT, fill=c(NA, farger[3]), border=NA, lwd=2.5, #inset=c(-0.1,0),
col=c(farger[1], farger[3]), cex=cexleg, seg.len=0.6, merge=TRUE, bty='n',
yjust=0)
}
#Legge på gruppe/søylenavn
mtext(at=pos+0.05, text=GrNavnSort, side=2, las=1, cex=cexgr, adj=1, line=0.25)
title(tittel, line=1.5) #cex.main=1.3)
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
avst <- 0.8
utvpos <- 3 #Startlinje for teksten
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))
par('fig'=c(0, 1, 0, 1))
if ( outfile != '') {dev.off()}
} #Figur
}
return(invisible(GjsnGrVarData))
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.