R/RyggFigGjsnBox.R
In Rapporteket/nkr: Resultattjenester for Degenerativ Rygg
Defines functions
RyggFigGjsnBox
Documented in
RyggFigGjsnBox
#' Utvikling over tid for gjennomsnitt/median av valgt variabel
#'
#' Figuren viser gjennomsnitt/median per år med konfidensintervall for valgt variabel.
#' I bakgrunn vises konfidensintervall for det man har valt å sammenlikne med.
#'
#' Figurtypen dekker både utvikling over tid (gjsnTid) og sammenlikning med prescore (gjsnPre).
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item EQ5DEndr: Endring av EQ5D fra før til 3 eller 12 mnd. etter operasjonen
#' \item EQ5DPre: EQ5D før operasjon
#' \item EQ5DEndrPre: EQ5D, endring vs. prescore
#' \item Liggedogn: Liggetid på sykehuset
#' \item OswEndr: Endring i Oswestry-skår fra før til etter operasjon
#' \item OswEndrPre: Oswestry (ODI-Oswestry Disability Index.) Endring vs. prescore.
#' \item OswTotPre: Oswestry-skår før operasjon
#' \item SmBeinEndr: Endring i beinsmerter fra før til etter operasjon
#' \item SmBeinEndrPre: Smerter i beina. Endring vs. prescore
#' \item SmBePre: Grad av beinsmerter før operasjon
#' \item SmRyggEndr: Endring av ryggsmerter fra før til etter operasjon
#' \item SmRyggEndrPre: Smerter i ryggen. Endring vs. prescore
#' \item SmRyPre: Ryggsmerter før operasjon
#' \item TidOpReg MANGLER UTFYLT-variabel. (Ønsker å se på tid fra operasjon til registrering - )
#' }
#' Argumentet \emph{enhetsUtvalg} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0: Hele landet
#' \item 1: Egen enhet mot resten av landet (Standard)
#' \item 2: Egen enhet
#' \item 3: Egen enhet mot egen sykehustype
#' \item 4: Egen sykehustype
#' \item 5: Egen sykehustype mot resten av landet
#' \item 6: Egen enhet mot egen region
#' \item 7: Egen region
#' \item 8: Egen region mot resten [
#' }
#'
#' @inheritParams RyggFigAndeler
#' @inheritParams RyggVarTilrettelegg
#' @param valgtMaal
#' 'Gjsn': gir middelverdi (standard)
#' 'Med': gir median
#' @param valgtVar Hvilken variabel som skal visualiseres
#'
#' @return Linjediagram som viser utvikling over tid for valgt variabel
#'
#' @export
RyggFigGjsnBox <- function(RegData, outfile='', valgtVar='Alder', tidlOp='', erMann='', hovedkat=99, aar=0,
tidsenhet = 'Mnd', opKat=99, minald=0, maxald=130, ktr=0, tittel=1,
datoFra='2007-01-01', datoTil='3000-01-01', lagFig=1,
valgtMaal='Gjsn',enhetsUtvalg=0, hentData=0, preprosess=1, reshID=0){
if (hentData == 1) {
RegData <- RyggRegDataSQL() #(datoFra, datoTil)
}
# Hvis RegData ikke har blitt preprosessert. (I samledokument gjøre dette i samledokumentet)
if (preprosess == 1){
RegData <- RyggPreprosess(RegData=RegData)
}
#--------------- Definere variable ------------------------------
RyggVarSpes <- RyggVarTilrettelegg(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, ktr=ktr, figurtype='gjsnGrVar')
RegData <- RyggVarSpes$RegData
KIekstrem <- RyggVarSpes$KIekstrem
RyggUtvalg <- RyggUtvalgEnh(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, reshID=reshID,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, aar=aar,
hovedkat=hovedkat, opKat=opKat, tidlOp=tidlOp,enhetsUtvalg=enhetsUtvalg) #overfPas = overfPas,
RegData <- RyggUtvalg$RegData
utvalgTxt <- RyggUtvalg$utvalgTxt
medSml <- RyggUtvalg$medSml
#------------------------Klargjøre tidsenhet--------------
# AggVerdier <- list(Hoved = 0, Rest =0)
ind <- RyggUtvalg$ind
N <- list(Hoved = length(ind$Hoved), Rest =length(ind$Rest))
Ngr <- list(Hoved = 0, Rest =0)
if (N$Hoved>9) {
RegDataFunk <- SorterOgNavngiTidsEnhet(RegData=RegData, tidsenhet = tidsenhet)
RegData <- RegDataFunk$RegData
tidNum <- min(RegData$TidsEnhetSort, na.rm=T):max(RegData$TidsEnhetSort, na.rm = T) #as.numeric(levels(RegData$TidsEnhetSort))
#--------------- Gjøre beregninger ------------------------------
#Resultat for hovedgruppe
Ngr$Hoved <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], length)
if (valgtMaal=='Med') {
MedIQR <- plot(RegData$TidsEnhet[ind$Hoved],RegData$Variabel[ind$Hoved], notch=TRUE, plot=FALSE)
Midt <- as.numeric(MedIQR$stats[3, ]) #as.numeric(MedIQR$stats[3, sortInd])
Konf <- MedIQR$conf
#Hvis vil bruke vanlige konf.int:
#j <- ceiling(N/2 - 1.96*sqrt(N/4))
#k <- ceiling(N/2 + 1.96*sqrt(N/4))
#KIHele <- sort(RegData$Variabel)[c(j,k)]
#The notches (if requested) extend to +/-1.58 IQR/sqrt(n). (Chambers et al. (1983, p. 62), given in McGill et al. (1978, p. 16).)
#They are based on asymptotic normality of the median and roughly equal sample sizes for the two medians being compared,
#and are said to be rather insensitive to the underlying distributions of the samples. The idea appears to be to give
#roughly a 95% confidence interval for the difference in two medians.
} else { #Gjennomsnitt blir standard.
Midt <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], mean, na.rm=T)
SD <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], sd, na.rm=T)
Konf <- rbind(Midt - 2*SD/sqrt(Ngr$Hoved), Midt + 2*SD/sqrt(Ngr$Hoved))
}
if (length(KIekstrem) == 0) { #Hvis ikke KIekstrem definert i variabeldefinisjonen
KIekstrem <- c(0,max(RegData$Variabel, na.rm=T))
}
Konf <- replace(Konf, which(Konf < KIekstrem[1]), KIekstrem[1])
Konf <- replace(Konf, which(Konf > KIekstrem[2]), KIekstrem[2])
#Resten (gruppa det sammenliknes mot)
MidtRest <- NULL
KonfRest <- NULL
if (medSml == 1) {
Ngr$Rest <- tapply(RegData[ind$Rest ,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], length)
if (valgtMaal=='Med') {
MedIQRrest <- plot(RegData$TidsEnhet[ind$Rest],RegData$Variabel[ind$Rest], notch=TRUE, plot=FALSE)
MidtRest <- as.numeric(MedIQRrest$stats[3, ])
KonfRest <- MedIQRrest$conf
} else {
MidtRest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], mean) #ind$Rest
SDRest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], sd)
Ngr$Rest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], length)
KonfRest <- rbind(MidtRest - 2*SDRest/sqrt(Ngr$Rest), MidtRest + 2*SDRest/sqrt(Ngr$Rest))
}
}
}
t1 <- switch(valgtMaal,
Med = 'Median ',
Gjsn = 'Gjennomsnittlig ')
tittel <- paste0(t1, RyggVarSpes$tittel)
if (valgtMaal=='Med') {maaltxt <- 'Median ' } else {maaltxt <- 'Gjennomsnitt '}
ResData <- round(rbind(Midt, Konf, MidtRest, KonfRest), 1)
rownames(ResData) <- c(maaltxt, 'KImin', 'KImaks',
paste0(maaltxt, 'Resten'), 'KImin, Resten', 'KImaks, Resten')[1:(3*(medSml+1))]
#UtData <- list(paste0(toString(RyggVarSpes$tittel),'.'), ResData )
#names(UtData) <- c('tittel', 'Data')
FigDataParam <- list(AggVerdier=ResData,
N=N,
Ngr=Ngr,
#KImaal <- KImaal,
#KImaaltxt <- KImaaltxt,
#soyletxt=soyletxt,
grtxt=levels(RegData$TidsEnhet),
#grtxt2=grtxt2,
#varTxt=varTxt,
tidtxt=levels(RegData$TidsEnhet), #RyggVarSpes$grtxt,
tittel=tittel,
# xAkseTxt=xAkseTxt,
yAkseTxt=maaltxt,
utvalgTxt=utvalgTxt,
fargepalett=RyggUtvalg$fargepalett,
medSml=medSml,
hovedgrTxt=RyggUtvalg$hovedgrTxt,
smltxt=RyggUtvalg$smltxt)
if (lagFig==1){
#-----------Figur---------------------------------------
if (length(ind$Hoved)<10 | ((medSml == 1) & (length(ind$Rest) < 10))) {
rapFigurer::figtype(outfile)
plot.new()
title(main=tittel)
text(0.5, 0.65, 'Færre enn 10 registreringer i hoved-', cex=1.2)
text(0.55, 0.6, 'eller sammenlikningsgruppe', cex=1.2)
# text(0.5, 0.5, tekst,cex=1.5) #, family="sans")
if ( outfile != '') {dev.off()}
} else {
xmin <- min(tidNum)-0.5
xmax <- max(tidNum)+0.5
cexgr <- 0.9 #Kan endres for enkeltvariable
ymin <- 0.9*min(KonfRest, Konf, na.rm=TRUE) #ymin1 - 2*h
ymax <- 1.1*max(KonfRest, Konf, na.rm=TRUE) #ymax1 + 2*h
ytxt <- maaltxt #paste0(maaltxt, ytxt1, sep='')
#Plottspesifikke parametre:
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett=RyggUtvalg$fargepalett)
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
par('fig'=c(0, 1, 0, 1-0.02*(max((NutvTxt-1),0))))
farger <- FigTypUt$farger
fargeHovedRes <- farger[1]
fargeRestRes <- farger[4]
#
plot(tidNum,Midt, xlim= c(xmin, xmax), ylim=c(ymin, ymax), type='n', frame.plot=FALSE, #ylim=c(ymin-0.05*ymax, ymax),
#cex=0.8, cex.lab=0.9, cex.axis=0.9,
ylab=c(ytxt,'med 95% konfidensintervall'),
xlab='Operasjonstidspunkt', xaxt='n',
sub='(Tall i boksene angir antall operasjoner)', cex.sub=cexgr) #, axes=F)
axis(side=1, at = tidNum, labels = levels(RegData$TidsEnhet))
#Sammenlikning:
if (medSml==1) {
AntTidsenh <- max(which(!is.na(KonfRest[1,])))
polygon( c(tidNum[1]-0.01,tidNum[1:AntTidsenh], tidNum[AntTidsenh]+0.012,
tidNum[AntTidsenh]+0.012, tidNum[AntTidsenh:1], tidNum[1]-0.01),
c(KonfRest[1,c(1,1:AntTidsenh, AntTidsenh)], KonfRest[2,c(AntTidsenh,AntTidsenh:1,1)]),
col=fargeRestRes, border=NA)
legend('top', bty='n', fill=fargeRestRes, border=fargeRestRes, cex=cexgr,
paste0('95% konfidensintervall for ', RyggUtvalg$smltxt, ', N=', N$Rest)) #sum(Ngr$Rest, na.rm=T)
}
h <- strheight(1, cex=cexgr)*0.7 #, units='figure',
b <- 1.1*strwidth(max(c(Ngr$Hoved, Ngr$Rest), na.rm=T), cex=cexgr)/2 #length(tidNum)/30
rect(tidNum-b, Midt-h, tidNum+b, Midt+h, border = fargeHovedRes, lwd=1) #border=farger[4], col=farger[4]
text(tidNum, Midt, Ngr$Hoved, col=fargeHovedRes, cex=cexgr)
#Konfidensintervall:
indKonf <- which(Konf[1, ] > Midt-h) #Konfidensintervall som er tilnærmet 0
options('warn'=-1)
arrows(x0=tidNum, y0=Midt-h, x1=tidNum, length=0.08, code=2, angle=90,
y1=replace(Konf[1, ], indKonf, Midt[indKonf]-h), col=fargeHovedRes, lwd=1.5)
arrows(x0=tidNum, y0=Midt+h, x1=tidNum, y1=replace(Konf[2, ], indKonf, Midt[indKonf]+h),
length=0.08, code=2, angle=90, col=fargeHovedRes, lwd=1.5)
title(main=c(tittel, RyggUtvalg$hovedgrTxt), font.main=1, line=1)
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
if (length(utvalgTxt)>0) {
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))}
if ( outfile != '') {dev.off()}
} #end if statement for 0 observations
} #end lagFig
return(invisible(FigDataParam))
} #end function
Rapporteket/nkr documentation built on Oct. 1, 2019, 2:59 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions RyggFigGjsnBox
Documented in RyggFigGjsnBox
#' Utvikling over tid for gjennomsnitt/median av valgt variabel
#'
#' Figuren viser gjennomsnitt/median per år med konfidensintervall for valgt variabel.
#' I bakgrunn vises konfidensintervall for det man har valt å sammenlikne med.
#'
#' Figurtypen dekker både utvikling over tid (gjsnTid) og sammenlikning med prescore (gjsnPre).
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item EQ5DEndr: Endring av EQ5D fra før til 3 eller 12 mnd. etter operasjonen
#' \item EQ5DPre: EQ5D før operasjon
#' \item EQ5DEndrPre: EQ5D, endring vs. prescore
#' \item Liggedogn: Liggetid på sykehuset
#' \item OswEndr: Endring i Oswestry-skår fra før til etter operasjon
#' \item OswEndrPre: Oswestry (ODI-Oswestry Disability Index.) Endring vs. prescore.
#' \item OswTotPre: Oswestry-skår før operasjon
#' \item SmBeinEndr: Endring i beinsmerter fra før til etter operasjon
#' \item SmBeinEndrPre: Smerter i beina. Endring vs. prescore
#' \item SmBePre: Grad av beinsmerter før operasjon
#' \item SmRyggEndr: Endring av ryggsmerter fra før til etter operasjon
#' \item SmRyggEndrPre: Smerter i ryggen. Endring vs. prescore
#' \item SmRyPre: Ryggsmerter før operasjon
#' \item TidOpReg MANGLER UTFYLT-variabel. (Ønsker å se på tid fra operasjon til registrering - )
#' }
#' Argumentet \emph{enhetsUtvalg} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0: Hele landet
#' \item 1: Egen enhet mot resten av landet (Standard)
#' \item 2: Egen enhet
#' \item 3: Egen enhet mot egen sykehustype
#' \item 4: Egen sykehustype
#' \item 5: Egen sykehustype mot resten av landet
#' \item 6: Egen enhet mot egen region
#' \item 7: Egen region
#' \item 8: Egen region mot resten [
#' }
#'
#' @inheritParams RyggFigAndeler
#' @inheritParams RyggVarTilrettelegg
#' @param valgtMaal
#' 'Gjsn': gir middelverdi (standard)
#' 'Med': gir median
#' @param valgtVar Hvilken variabel som skal visualiseres
#'
#' @return Linjediagram som viser utvikling over tid for valgt variabel
#'
#' @export
RyggFigGjsnBox <- function(RegData, outfile='', valgtVar='Alder', tidlOp='', erMann='', hovedkat=99, aar=0,
tidsenhet = 'Mnd', opKat=99, minald=0, maxald=130, ktr=0, tittel=1,
datoFra='2007-01-01', datoTil='3000-01-01', lagFig=1,
valgtMaal='Gjsn',enhetsUtvalg=0, hentData=0, preprosess=1, reshID=0){
if (hentData == 1) {
RegData <- RyggRegDataSQL() #(datoFra, datoTil)
}
# Hvis RegData ikke har blitt preprosessert. (I samledokument gjøre dette i samledokumentet)
if (preprosess == 1){
RegData <- RyggPreprosess(RegData=RegData)
}
#--------------- Definere variable ------------------------------
RyggVarSpes <- RyggVarTilrettelegg(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, ktr=ktr, figurtype='gjsnGrVar')
RegData <- RyggVarSpes$RegData
KIekstrem <- RyggVarSpes$KIekstrem
RyggUtvalg <- RyggUtvalgEnh(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, reshID=reshID,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, aar=aar,
hovedkat=hovedkat, opKat=opKat, tidlOp=tidlOp,enhetsUtvalg=enhetsUtvalg) #overfPas = overfPas,
RegData <- RyggUtvalg$RegData
utvalgTxt <- RyggUtvalg$utvalgTxt
medSml <- RyggUtvalg$medSml
#------------------------Klargjøre tidsenhet--------------
# AggVerdier <- list(Hoved = 0, Rest =0)
ind <- RyggUtvalg$ind
N <- list(Hoved = length(ind$Hoved), Rest =length(ind$Rest))
Ngr <- list(Hoved = 0, Rest =0)
if (N$Hoved>9) {
RegDataFunk <- SorterOgNavngiTidsEnhet(RegData=RegData, tidsenhet = tidsenhet)
RegData <- RegDataFunk$RegData
tidNum <- min(RegData$TidsEnhetSort, na.rm=T):max(RegData$TidsEnhetSort, na.rm = T) #as.numeric(levels(RegData$TidsEnhetSort))
#--------------- Gjøre beregninger ------------------------------
#Resultat for hovedgruppe
Ngr$Hoved <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], length)
if (valgtMaal=='Med') {
MedIQR <- plot(RegData$TidsEnhet[ind$Hoved],RegData$Variabel[ind$Hoved], notch=TRUE, plot=FALSE)
Midt <- as.numeric(MedIQR$stats[3, ]) #as.numeric(MedIQR$stats[3, sortInd])
Konf <- MedIQR$conf
#Hvis vil bruke vanlige konf.int:
#j <- ceiling(N/2 - 1.96*sqrt(N/4))
#k <- ceiling(N/2 + 1.96*sqrt(N/4))
#KIHele <- sort(RegData$Variabel)[c(j,k)]
#The notches (if requested) extend to +/-1.58 IQR/sqrt(n). (Chambers et al. (1983, p. 62), given in McGill et al. (1978, p. 16).)
#They are based on asymptotic normality of the median and roughly equal sample sizes for the two medians being compared,
#and are said to be rather insensitive to the underlying distributions of the samples. The idea appears to be to give
#roughly a 95% confidence interval for the difference in two medians.
} else { #Gjennomsnitt blir standard.
Midt <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], mean, na.rm=T)
SD <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], sd, na.rm=T)
Konf <- rbind(Midt - 2*SD/sqrt(Ngr$Hoved), Midt + 2*SD/sqrt(Ngr$Hoved))
}
if (length(KIekstrem) == 0) { #Hvis ikke KIekstrem definert i variabeldefinisjonen
KIekstrem <- c(0,max(RegData$Variabel, na.rm=T))
}
Konf <- replace(Konf, which(Konf < KIekstrem[1]), KIekstrem[1])
Konf <- replace(Konf, which(Konf > KIekstrem[2]), KIekstrem[2])
#Resten (gruppa det sammenliknes mot)
MidtRest <- NULL
KonfRest <- NULL
if (medSml == 1) {
Ngr$Rest <- tapply(RegData[ind$Rest ,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], length)
if (valgtMaal=='Med') {
MedIQRrest <- plot(RegData$TidsEnhet[ind$Rest],RegData$Variabel[ind$Rest], notch=TRUE, plot=FALSE)
MidtRest <- as.numeric(MedIQRrest$stats[3, ])
KonfRest <- MedIQRrest$conf
} else {
MidtRest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], mean) #ind$Rest
SDRest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], sd)
Ngr$Rest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], length)
KonfRest <- rbind(MidtRest - 2*SDRest/sqrt(Ngr$Rest), MidtRest + 2*SDRest/sqrt(Ngr$Rest))
}
}
}
t1 <- switch(valgtMaal,
Med = 'Median ',
Gjsn = 'Gjennomsnittlig ')
tittel <- paste0(t1, RyggVarSpes$tittel)
if (valgtMaal=='Med') {maaltxt <- 'Median ' } else {maaltxt <- 'Gjennomsnitt '}
ResData <- round(rbind(Midt, Konf, MidtRest, KonfRest), 1)
rownames(ResData) <- c(maaltxt, 'KImin', 'KImaks',
paste0(maaltxt, 'Resten'), 'KImin, Resten', 'KImaks, Resten')[1:(3*(medSml+1))]
#UtData <- list(paste0(toString(RyggVarSpes$tittel),'.'), ResData )
#names(UtData) <- c('tittel', 'Data')
FigDataParam <- list(AggVerdier=ResData,
N=N,
Ngr=Ngr,
#KImaal <- KImaal,
#KImaaltxt <- KImaaltxt,
#soyletxt=soyletxt,
grtxt=levels(RegData$TidsEnhet),
#grtxt2=grtxt2,
#varTxt=varTxt,
tidtxt=levels(RegData$TidsEnhet), #RyggVarSpes$grtxt,
tittel=tittel,
# xAkseTxt=xAkseTxt,
yAkseTxt=maaltxt,
utvalgTxt=utvalgTxt,
fargepalett=RyggUtvalg$fargepalett,
medSml=medSml,
hovedgrTxt=RyggUtvalg$hovedgrTxt,
smltxt=RyggUtvalg$smltxt)
if (lagFig==1){
#-----------Figur---------------------------------------
if (length(ind$Hoved)<10 | ((medSml == 1) & (length(ind$Rest) < 10))) {
rapFigurer::figtype(outfile)
plot.new()
title(main=tittel)
text(0.5, 0.65, 'Færre enn 10 registreringer i hoved-', cex=1.2)
text(0.55, 0.6, 'eller sammenlikningsgruppe', cex=1.2)
# text(0.5, 0.5, tekst,cex=1.5) #, family="sans")
if ( outfile != '') {dev.off()}
} else {
xmin <- min(tidNum)-0.5
xmax <- max(tidNum)+0.5
cexgr <- 0.9 #Kan endres for enkeltvariable
ymin <- 0.9*min(KonfRest, Konf, na.rm=TRUE) #ymin1 - 2*h
ymax <- 1.1*max(KonfRest, Konf, na.rm=TRUE) #ymax1 + 2*h
ytxt <- maaltxt #paste0(maaltxt, ytxt1, sep='')
#Plottspesifikke parametre:
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett=RyggUtvalg$fargepalett)
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
par('fig'=c(0, 1, 0, 1-0.02*(max((NutvTxt-1),0))))
farger <- FigTypUt$farger
fargeHovedRes <- farger[1]
fargeRestRes <- farger[4]
#
plot(tidNum,Midt, xlim= c(xmin, xmax), ylim=c(ymin, ymax), type='n', frame.plot=FALSE, #ylim=c(ymin-0.05*ymax, ymax),
#cex=0.8, cex.lab=0.9, cex.axis=0.9,
ylab=c(ytxt,'med 95% konfidensintervall'),
xlab='Operasjonstidspunkt', xaxt='n',
sub='(Tall i boksene angir antall operasjoner)', cex.sub=cexgr) #, axes=F)
axis(side=1, at = tidNum, labels = levels(RegData$TidsEnhet))
#Sammenlikning:
if (medSml==1) {
AntTidsenh <- max(which(!is.na(KonfRest[1,])))
polygon( c(tidNum[1]-0.01,tidNum[1:AntTidsenh], tidNum[AntTidsenh]+0.012,
tidNum[AntTidsenh]+0.012, tidNum[AntTidsenh:1], tidNum[1]-0.01),
c(KonfRest[1,c(1,1:AntTidsenh, AntTidsenh)], KonfRest[2,c(AntTidsenh,AntTidsenh:1,1)]),
col=fargeRestRes, border=NA)
legend('top', bty='n', fill=fargeRestRes, border=fargeRestRes, cex=cexgr,
paste0('95% konfidensintervall for ', RyggUtvalg$smltxt, ', N=', N$Rest)) #sum(Ngr$Rest, na.rm=T)
}
h <- strheight(1, cex=cexgr)*0.7 #, units='figure',
b <- 1.1*strwidth(max(c(Ngr$Hoved, Ngr$Rest), na.rm=T), cex=cexgr)/2 #length(tidNum)/30
rect(tidNum-b, Midt-h, tidNum+b, Midt+h, border = fargeHovedRes, lwd=1) #border=farger[4], col=farger[4]
text(tidNum, Midt, Ngr$Hoved, col=fargeHovedRes, cex=cexgr)
#Konfidensintervall:
indKonf <- which(Konf[1, ] > Midt-h) #Konfidensintervall som er tilnærmet 0
options('warn'=-1)
arrows(x0=tidNum, y0=Midt-h, x1=tidNum, length=0.08, code=2, angle=90,
y1=replace(Konf[1, ], indKonf, Midt[indKonf]-h), col=fargeHovedRes, lwd=1.5)
arrows(x0=tidNum, y0=Midt+h, x1=tidNum, y1=replace(Konf[2, ], indKonf, Midt[indKonf]+h),
length=0.08, code=2, angle=90, col=fargeHovedRes, lwd=1.5)
title(main=c(tittel, RyggUtvalg$hovedgrTxt), font.main=1, line=1)
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
if (length(utvalgTxt)>0) {
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))}
if ( outfile != '') {dev.off()}
} #end if statement for 0 observations
} #end lagFig
return(invisible(FigDataParam))
} #end function
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.