inst/doc/app6.R

In USGS-R/rloadest: River Load Estimation

### R code from vignette source 'app6.Rnw'

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### code chunk number 1: app6.Rnw:21-25
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# Load the rloadest package and the data
library(rloadest)
data(app5.calib)
head(app5.calib)


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### code chunk number 2: app6.Rnw:33-40
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# Create the and print load model with concentration.
app6.lr <- loadReg(Alkalinity ~ quadratic(log(FLOW)) + log(SC) +
                       fourier(DATES),
                     data = app5.calib, subset=DATES < "1998-01-01",
                     flow = "FLOW", dates = "DATES", conc.units="mg/L",
                     station="Arkansas River at Halstead, Ks.")
print(app6.lr, load.only=FALSE)


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### code chunk number 3: app6.Rnw:45-50
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# Get the estimation data
data(app5.est)
# Predict daily concentrations
app6.cd <- predConc(app6.lr, app5.est, by="day") 
head(app6.cd)


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### code chunk number 4: app6.Rnw:61-67
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# Create synthetic flow values 
app6.calib <- transform(app5.calib, Sflow=1/c2load(1, 1, 
   conc.units="mg/L"))
app6.est <- transform(app5.est, Sflow=1/c2load(1, 1, 
   conc.units="mg/L"))
head(app6.calib)


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### code chunk number 5: app6.Rnw:72-79
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# Create the and print load model.
app6.lrTWM <- loadReg(Alkalinity ~ quadratic(log(FLOW)) + log(SC) +
                       fourier(DATES),
                     data = app6.calib, subset=DATES < "1998-01-01",
                     flow = "Sflow", dates = "DATES", conc.units="mg/L",
                     station="Arkansas River at Halstead, Ks.")
print(app6.lrTWM)


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### code chunk number 6: app6.Rnw:84-89
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# Predict monthly TWM concentrations using the \textt{predLoad} function.
app6.TWM <- predLoad(app6.lrTWM, app6.est, by="month") 
# Change the name of the Flux column to Conc
names(app6.TWM)[3] <- "Conc"
app6.TWM


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### code chunk number 7: app6.Rnw:94-95
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with(app6.cd, tapply(Conc, month(Date, label=TRUE), mean))


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### code chunk number 8: app6.Rnw:104-112
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# Compute the monthly fluxes. 
app6.FWM <- predLoad(app6.lr, app6.est, by="month")
# Compute the mean flows
app6.FWM$Flow <- as.vector(with(app6.est, tapply(FLOW, month(DATES), mean)))
# Compute the FWM concentration
app6.FWM <- transform(app6.FWM, FWMC=Flux/Flow/
                        c2load(1, 1, conc.units="mg/L"))
app6.FWM