CampR-master/R/qcTalPez.lan.r

In fvgls/CampR: Libreria de funciones en R para el programa CAMP

#' Comprueba que están medidas todas las especies en capturas y viceversa. Comprueba concordancia entre números y pesos en los ficheros de tallas NTALLXXX.dbf y fauna FAUNAXXX.dbf
#' 
#' Sirve para control de calidad y asegurándose que no faltan datos o están incompletos (comprueba coherencia entre faunaXXX.dbf y NtallXXX.dbf y avisa cuando no son coherentes)
#' @param camp campaña a revisar los datos en formato Camp Xyy
#' @param dns Origen de bases de datos: "Cant" cantábrico, "Porc" o "Pnew" Porcupine
#' @param lan lance para el que se quiere comprobar que estan todas las especies medidas y talladas (sólo comprueba peces, por defecto gr=1, si se quiere otros cambiar gr)
#' @param gr El grupo que se quiere comprobar 1 peces, 2 crustaceos, 3 cefalópodos. 4, 5 y 6 nunca se miden.
#' @return Devuelve la lista de especies capturadas pero no medidas o viceversa
#' @examples qcTalPez.lan("C14",dns="Cant",24,gr=1)
#' @family Control de calidad
#' @export
qcTalPez.lan<- function(camp,dns="Cant",lan,gr=1) {
  if (length(camp)>1) {stop("seleccionadas más de una campaña, no se pueden sacar resultados de más de una")}
  if (length(lan)>1) {stop("seleccionados más de un lance, no se pueden comprobar errores para más de uno")}
  if (!gr %in% 1:3) {stop("Solo se miden los grupos peces y algunos crustáceos y moluscos, cambie parámetro gr")}
  ch1<-RODBC::odbcConnect(dsn=dns)
  RODBC::odbcSetAutoCommit(ch1, FALSE)
  lan<-format(lan,width=3,justify="r")
  listsps<-RODBC::sqlQuery(ch1,paste("select lance,grupo,esp,peso_gr,numero from FAUNA",camp," where lance='",lan,"'",sep=""))
  if (nrow(listsps)==0) {
    dumblan<-datlan.camp(camp,dns)
    if (any(dumblan$lance==gsub(" ","",lan))) stop(paste("el lance",gsub(" ","",lan),"no tiene tallas"))
    else stop(paste("No existe el lance: ",gsub(" ","",lan)))
    }
  listsps<-listsps[listsps$grupo==gr,]
  tals<-RODBC::sqlQuery(ch1,paste("select lance,grupo,esp,peso_m,peso_gr,cate,talla,numer from NTALL",camp," where lance='",lan,"'",sep=""))
  tals<-tals[tals$grupo==gr,]
  tals$numpond<-tals$numer*tals$peso_gr/tals$peso_m
  RODBC::odbcClose(ch1)
  fau<-levels(as.factor(format(listsps$esp,width=3,justify="r")))
  talspes<-rowSums(tapply(tals$peso_gr,tals[,c("esp","cate")],mean),na.rm=T)
  talsnum<-rowSums(tapply(tals$numpond,tals[,c("esp","cate")],sum),na.rm=T)
  #rowSums(tapply(tals$peso_gr,tals[,c("esp","cate")],sum,na.rm=F))
  talsdat<-levels(as.factor(format(tals$esp,width=3,justify="r")))
  nomed<-fau[is.na(match(fau,talsdat))]
  sincapt<-tals[is.na(match(talsdat,fau))]
  print(paste("Lance ",gsub(" ","",lan),":"),sep=)
    if (length(nomed)>0) {
    print(paste("Especies con captura y sin medir:",sep=""))
    for (i in 1:length(nomed)) print(paste(nomed[i],"-",buscaesp(gr,nomed[i])))
  }
  if (length(sincapt)>0) {
    print("Especies medidas sin capturas en fauna:")
    for (i in 1:length(sincapt)) print(paste(sincapt[i],"-",buscaesp(gr,sincapt[i])))
  }
  if (length(sincapt)==0 & length(nomed)==0) print("No hay especies sin medir")
  listspsmed<-listsps[! listsps$esp %in% as.numeric(nomed),] 
  errpesos<-listspsmed[,c("peso_gr")]-talspes[as.character(listspsmed$esp)]
  errnumer<-listspsmed[,c("numero")]-talsnum[as.character(listspsmed$esp)]
  if (any(abs(errpesos)>1)) {
    print(paste("Discordancias entre pesos en tallas y fauna para especie",buscaesp(gr,names(which(errpesos!=0)))))
    print(errpesos[which(abs(errpesos)>1)])
    print(paste("Tallas:",round(talspes[names(which(abs(errpesos)>1))],1),"- Fauna",listsps[listsps$esp==names(which(errpesos!=0)),c("peso_gr")]))
  }
  if (any(abs(errnumer)>1)) {
    print(paste("Discordancias entre números en tallas y fauna para especie",buscaesp(gr,names(which(abs(errnumer)>1)))))
    print(errnumer[which(abs(errnumer)>1)])
    print(paste("Tallas:",round(talsnum[names(which(abs(errnumer)>1))],1),"- Fauna",listsps[listsps$esp==names(which(abs(errnumer)>1)),c("numero")]))
  }
}