do_estcheck_vpa: vpa結果の収束診断のための関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

vpa結果の収束診断のための関数

Description

この関数ではJitter analysisを行います。 乱数で生成した初期値を使ってvpa計算を再度行い、推定結果が同一になるかを確認することで、収束の良さを測る診断法です。

Usage

do_estcheck_vpa(res, n_ite = 10, sd_jitter = 1, what_plot = NULL, TMB = FALSE)

Arguments

res	VPAの結果のオブジェクト
n_ite	繰り返し試行数。
sd_jitter	乱数の分散（logスケール）
what_plot	作図したい年齢を与える。term.F = "all"出ない限り、最高齢（+グループ）の初期値の結果のみを図示する。NULLで全てのterm.fを図示、ある特定の年齢のterm.Fを図示したい場合はnumericで与える必要がある。
TMB	繰り返し計算をTMBで行う

Value

返ってくる値: initial_value 乱数で生成された初期値が得られる。 p_name 与えた初期値（最終年の記載年のF）の名前が確認できる。 value 各試行の推定値、尤度、収束診断、ヘッセ行列が得られる。 graph 推定値と尤度について、それぞれ図が得られる。

Author(s)

濵邉昂平, 市野川桃子

See Also

https://ichimomo.github.io/frasyr/articles/Diagnostics-for-VPA.html

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.