do_retrospective_vpa: VPAのレトロスペクティブ解析結果を自動生成する関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

VPAのレトロスペクティブ解析結果を自動生成する関数

Description

VPAのレトロスペクティブ解析結果を自動生成する関数

Usage

do_retrospective_vpa(
  res,
  n_retro = 5,
  b_reest = FALSE,
  what_plot = c("SSB", "biomass", "Recruitment", "fish_number", "fishing_mortality"),
  plot_year = NULL,
  ncol = 3,
  remove_maxAgeF = FALSE,
  ssb_forecast = FALSE,
  res_step1 = NULL,
  scale_value = NULL,
  grid_add_ini = NULL,
  grid_init = NULL
)

Arguments

res	VPAの結果のオブジェクト
n_retro	レトロスペクティブ解析でさかのぼる年数
b_reest	bをレトロスペクティブ解析中で再推定するか
what_plot	作図したい項目を選べる。NULLの場合、全て（SSB, biomass, U, catch, Recruitment, fish_number, fishing_mortality, weight, maturity, catch_number）をプロットする。
ncol	作図の列数。標準で5列なので、what_plotの数が5以下の場合は適宜変えた方がよい。
remove_maxAgeF	Mohn's rhoを計算する際に最高齢のFを除くか（alphaを仮定して計算していることが多いから）
ssb_forecast	Mohn's rhoを計算する際にSSBは1年後を計算するか(last.catch.zero=TRUEのときのみ有効)
res_step1	2段階法のレトロ解析をやる場合の1段階目のvpaオブジェクト
grid_add_ini	add.p.iniをgridで変えて初期値を事前に探索する
grid_init	p.initでgridを変えて初期値を事前に探索する

Value

返ってくる値: result 感度分析の結果がlist型式で得られる。 mohn_rho graph 図が得られる。

Author(s)

濵邉昂平, 市野川桃子

See Also

レトロスペクティブ解析について: retro.est 作図について: plot_vpa https://ichimomo.github.io/frasyr/articles/Diagnostics-for-VPA.html

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.