do_sensitivity_vpa: VPAの感度分析のための関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

VPAの感度分析のための関数

Description

VPAの感度分析のための関数

Usage

do_sensitivity_vpa(
  res,
  what_replace,
  value,
  what_plot = NULL,
  ncol = 5,
  plot_year = NULL,
  scale_value = NULL
)

Arguments

res	VPAの結果のオブジェクト
what_replace	感度分析の対象。"M"（自然死亡係数）, "maa"（年齢別成熟率）, "waa"（年齢別体重）, "waa.catch"（漁獲物の年齢別体重）, "alpha"（+グループA歳とA-1歳の漁獲係数の比）, "tuning"（最終年の漁獲係数の扱い）, "lambda"（リッジVPAのペナルティ）,"est.method"（推定方法）, "b"（hyperstability/depletion）から選べる。
value	感度分析の対象の値。ベースケースの結果に一定割合をかけたい場合はnumeric型（"M", "waa", "waa.catch", "alpha"で使用可）、ベースケースの結果とは異なる表を入れたい場合はlist型にmatrix型を（"maa", "waa", "waa.catch"で使用可）入れてください。"tuning"を選んだ場合、資源量指数を用いていないVPA結果なら、tf.yearの期間を入れること。
what_plot	作図したい項目を選べる。引数を与えない場合（NULL）、全て（SSB, biomass, U, catch, Recruitment, fish_number, fishing_mortality, weight, maturity, catch_number）をプロットする。
ncol	作図の列数。標準で5列なので、what_plotの数が5以下の場合は適宜変えた方がよい。

Details

"M"（自然死亡係数）: valueにはベースケースの結果にかけたい割合をnumeric型で記述のこと。

"maa"（年齢別成熟率）: valueにはベースケースと同じ行列数のmatrix型で記述のこと。

"waa"（年齢別体重）, "waa.catch"（漁獲物の年齢別体重）: valueにはベースケースの結果にかけたい割合をnumeric型、またはベースケースと同じ行列数のmatrix型で記述のこと。

"alpha"（+グループA歳とA-1歳の漁獲係数の比）: valueには仮定したい比率をnumeric型で記述のこと。

"tuning"（最終年の漁獲係数の扱い）: resの計算方法に応じてvalueに入れる値が変わる。 チューニングしていないVPAの場合、感度分析も同様にチューニングしないVPAを異なるターミナルFの仮定で行う。valueは仮定したいtf.yearをlist型で記述のこと。 全F推定の場合、感度分析では選択率更新法を行う。valueは仮定したいtf.yearをlist型で記述のこと。 選択率更新法の場合、感度分析では全F推定を行う。valueは入力不要である。 リッジVPAの場合、感度分析では異なるlambdaでの解析を行う。valueは仮定したいtf.yearをlist型で記述のこと。

"lambda"（リッジVPAのペナルティ）: valueは与えたいlambdaをnumeric型で記述のこと。

"est.method"（推定方法）: valueは入力不要である。

"b"(hyperstability/depletion): bを推定した場合、bを推定しない(b=1)の感度分析を行う。 bを1以外の値で固定した、あるいはbを考慮しなかった場合、value="b.est"とするとbの推定を、仮定したいbをlistで与えるとbを固定して考慮出来る。

Value

返ってくる値: result 感度分析の結果がlist型式で得られる。 graph 図が得られる。

Author(s)

濵邉昂平, 市野川桃子

See Also

vpa計算について: vpa 作図について: plot_vpa https://ichimomo.github.io/frasyr/articles/Diagnostics-for-VPA.html

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.