View source: R/stock_recruit.r
fit.SRregime | R Documentation |
レジームシフトが生じた年やレジームであるパラメータが共通する場合やレジームのパターンがA->B->CなのかA->B->Aなのか等が検討できる
fit.SRregime(
SRdata,
SR = "HS",
method = "L2",
regime.year = NULL,
regime.key = 0:length(regime.year),
regime.par = c("a", "b", "sd"),
use.fit.SR = TRUE,
length = 10,
p0 = NULL,
w = NULL,
max.ssb.pred = 1.3,
hessian = FALSE,
bio_par = NULL,
plus_group = TRUE,
gamma = 0.001
)
SRdata |
|
SR |
再生産関係 ( |
method |
最適化法( |
regime.year |
レジームが変わる年 |
regime.key |
レジームのパターンを表す( |
regime.par |
レジームによって変化するパラメータ( |
length |
初期値を決める際のgridの長さ |
p0 |
|
bio_par |
data.frame(waa=c(100,200,300),maa=c(0,1,1),M=c(0.3,0.3,0.3)) のような生物パラメータをあらわすデータフレーム。waaは資源量を計算するときのweight at age, maaはmaturity at age, Mは自然死亡係数。これを与えると、steepnessやR0も計算して返す |
plus_group |
hなどを計算するときに、プラスグループを考慮するか |
gamma |
|
以下の要素からなるリスト
input
使用した引数のリスト
pars
推定されたパラメータ
opt
optim
の結果オブジェクト
resid
再生産関係から予測値からの加入量の残差
loglik
対数尤度
k
推定したパラメータ数
AIC
AIC
AICc
AICc
BIC
BIC
regime_pars
レジームごとの推定パラメータ
regime_resid
レジームごとの残差
pred
レジームごとの各親魚量に対する加入量の予測値
pred_to_obs
観測値に対する予測値
summary_tbl
観測値と予測値を合わせた表
steepness
bio_parを与えたときに、steepness (h) やR0(漁獲がない場合の平均加入尾数), SB0(漁獲がない場合の平均親魚量)なども追加的に返す
## Not run:
data(res_vpa)
SRdata <- get.SRdata(res_vpa)
resSRregime <- fit.SRregime(SRdata, SR="HS", method="L2",
regime.year=c(1995,2005), regime.key=c(0,1,0),
regime.par = c("a","b","sd")[2:3])
resSRregime$regime_pars
## End(Not run)
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.