future_vpa: 将来予測の実施関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

将来予測の実施関数

Description

将来予測の実施関数

Usage

future_vpa(
  tmb_data,
  optim_method = "none",
  multi_init = 1,
  multi_lower = 1e-04,
  multi_upper = 10,
  objective = "MSY",
  obj_value = 0,
  obj_stat = "mean",
  do_MSE = NULL,
  MSE_input_data = NULL,
  MSE_nsim = NULL,
  MSE_sd = NULL,
  MSE_catch_exact_TAC = FALSE,
  compile = FALSE,
  output_format = "new",
  attach_input = TRUE,
  SPRtarget = NULL,
  calc_SPR_year_name = NULL
)

Arguments

tmb_data	make_future_dataの返り値。将来の生物パラメータや再生産関係のシナリオを年齢×年×シミュレーション回数で指定した様々なarrayが含まれる。
optim_method	"none"の場合、通常の将来予測を実施. "R": 以下のobj関係の設定とあわせてMSYなどを探索する. "tmb"もあるが、限定した設定でしか使えない
objective	MSY:MSYの推定、PGY:PGYの値をobj_valueに入れる、percentB0:B0パーセント、何％にするかはobj_valueで指定, SSB:obj_valueで指定した特定の親魚資源量に一致するようにする
obj_value	目的とする値
obj_stat	目的関数を計算するときに利用する計算方法（"mean"だと平均、"median"だと中央値、"geomean"だと幾何平均）
do_MSE	簡易MSEを実施するか
MSE_input_data	簡易MSEを実施する場合、ABC計算するための将来予測を実施するための設定ファイル
MSE_nsim	簡易MSEを実施する場合、ABC計算するための将来予測の繰り返し回数。ここを1にすると、決定論的な将来予測の漁獲量が用いられる。
MSE_sd	簡易MSEをする場合の加入変動の大きさ。ここをゼロにすると決定論的な将来予測の値を将来の漁獲量として用いる。その場合MSE_nsimは自動的に２に設定される。単純なモデルの場合、ここがゼロでも多分問題ない。モデル平均を使っている場合にはちゃんとした簡易MSEをすること。
SPR_target	目標とする%SPR。NULL以外の値の場合、過去〜将来のそれぞれの年・シミュレーションが、目標とするF%SPRに対して何倍にあたるか(F/Ftarget)を計算して、HCR_realizedの"Fratio"に入れる。HCRが生きている年については"beta_gamma"と一致するはず。
max_F	漁獲量一定方策を実施する際のF at ageの最大値の上限（将来的にはmake_future_data関数に入れたい)
max_exploitation_rate	漁獲量一定方策を実施する際のMを考慮した上での漁獲率の上限（将来的にはmake_future_data関数に入れたい)

ichimomo/frasyr documentation built on May 3, 2024, 1:30 a.m.