future_vpa: 将来予測の実施関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

将来予測の実施関数

Description

将来予測の実施関数

Usage

future_vpa(
  tmb_data,
  optim_method = "none",
  multi_init = 1,
  multi_lower = 1e-04,
  multi_upper = 10,
  objective = "MSY",
  obj_value = 0,
  obj_stat = "mean",
  do_MSE = NULL,
  MSE_input_data = NULL,
  MSE_nsim = NULL,
  MSE_sd = NULL,
  MSE_catch_exact_TAC = FALSE,
  compile = FALSE,
  output_format = "new",
  attach_input = TRUE,
  SPRtarget = NULL,
  calc_SPR_year_name = NULL
)

Arguments

tmb_data	make_future_dataの返り値。将来の生物パラメータや再生産関係のシナリオを年齢×年×シミュレーション回数で指定した様々なarrayが含まれる。
optim_method	"none"の場合、通常の将来予測を実施. "R": 以下のobj関係の設定とあわせてMSYなどを探索する. "tmb"もあるが、限定した設定でしか使えない
objective	MSY:MSYの推定、PGY:PGYの値をobj_valueに入れる、percentB0:B0パーセント、何％にするかはobj_valueで指定, SSB:obj_valueで指定した特定の親魚資源量に一致するようにする
obj_value	目的とする値
obj_stat	目的関数を計算するときに利用する計算方法（"mean"だと平均、"median"だと中央値、"geomean"だと幾何平均）
do_MSE	簡易MSEを実施するか
MSE_input_data	簡易MSEを実施する場合、ABC計算するための将来予測を実施するための設定ファイル
MSE_nsim	簡易MSEを実施する場合、ABC計算するための将来予測の繰り返し回数。
MSE_sd	簡易MSEをする場合の加入変動の大きさ。ここをゼロにすれば決定論的な将来予測の値を得られる。その場合MSE_nsimは自動的に２に設定される。単純なモデルの場合、ここがゼロでも多分問題ない。モデル平均を使っている場合にはちゃんとした簡易MSEをすること。リサンプリングオプションの場合も使えない。
SPR_target	目標とする%SPR。NULL以外の値の場合、過去〜将来のそれぞれの年・シミュレーションが、目標とするF%SPRに対して何倍にあたるか(F/Ftarget)を計算して、HCR_realizedの"Fratio"に入れる。HCRが生きている年については"beta_gamma"と一致するはず。
max_F	漁獲量一定方策を実施する際のF at ageの最大値の上限（将来的にはmake_future_data関数に入れたい)
max_exploitation_rate	漁獲量一定方策を実施する際のMを考慮した上での漁獲率の上限（将来的にはmake_future_data関数に入れたい)

ichimomo/frasyr documentation built on Nov. 5, 2024, 3:06 p.m.