get.SPR: 毎年のFの%SPRやターゲットした%SPRに相当するFの相対的な大きさを計算する

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

毎年のFの%SPRやターゲットした%SPRに相当するFの相対的な大きさを計算する

Description

VPA計算結果を使って毎年のF at ageがどのくらいのSPR, YPRに相当するかを計算する。また、各年のFが、目標としたSPR（target.SPR）を達成するためのF(Ftarget)の何倍(F/Ftarget)に相当するかも計算する。F/Ftargetは数値的に探索するが、そのときのF/Ftargetの上限をFmaxにて指定する。十分大きい値（デフォルトは10）を与えておけば大丈夫だが、Ftargetが非常に小さい数字になりそうな場合にはこの値をもっと大きくとるなどする。また、SPRの計算は、デフォルトでは等比級数の和の公式を使って、無限大の年齢までSPRを足しているが、max.ageを指定することで、有限の年齢までの和も計算できる。

Usage

get.SPR(dres, target.SPR = 30, Fmax = 10, max.age = Inf)

Arguments

dres	vpa関数の返り値
target.SPR	目標とするSPR。この値を入れると、結果の$ysdata$"F/Ftarget"で、その年のFが目標としたSPR(％)を達成するためのF（Ftarget）の何倍になっているかを返す。デフォルトは30が入っている。このとき、SPRを計算するための生物パラメータ（年齢別体重・成熟率・死亡率）はそれぞれの年で仮定されているものを用いる。
Fmax	F/Ftargetを推定するときに探索するFの乗数の最大値
max.age	SPRやYPRの計算をするときに最大何歳まで考慮するか（年齢のラベルではなく、ベクトルの長さ。デフォルトは無限大)。VPA計算でプラスグループを考慮していない（dres$input$plus.group==FALSE)場合には自動的に設定される。

ichimomo/frasyr documentation built on May 3, 2024, 1:30 a.m.