plot_SRregime: fit.SRregimeの結果で得られた再生産関係をプロットするための関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

fit.SRregimeの結果で得られた再生産関係をプロットするための関数

Description

レジームごとの観察値と予測線が描かれる

Usage

plot_SRregime(
  SRregime_result,
  xscale = 1000,
  xlabel = "SSB",
  yscale = 1,
  ylabel = "R",
  labeling.year = NULL,
  show.legend = TRUE,
  legend.title = "Regime",
  regime.name = NULL,
  base_size = 16,
  add.info = TRUE,
  themeSH = FALSE,
  last_year_color = 5
)

Arguments

xscale	X軸のスケーリングの値（親魚量をこの値で除す）
xlabel	X軸のラベル
yscale	Y軸のスケーリングの値（加入量をこの値で除す）
ylabel	Y軸のラベル
labeling.year	ラベルに使われる年
show.legend	凡例を描くかどうか
legend.title	凡例のタイトル（初期設定は"Regime"）
regime.name	凡例に描かれる各レジームの名前（レジームの数だけ必要）
base_size	ggplotのベースサイズ
add.info	AICcやregime.year, regime.keyなどの情報を加えるかどうか
resSRregime	fit.SRregimeの結果
use.fit.SR	パラメータの初期値を決めるのにfrasyr::fit.SRを使う（時間の短縮になる）

Examples

## Not run: 
data(res_vpa)
SRdata <- get.SRdata(res_vpa, weight.year=1988:2015)
resSRregime <- fit.SRregime(SRdata, SR="HS", method="L2",
                            regime.year=c(1994,2003), regime.key=c(0,1,0),
                            regime.par = c("a","b","sd")[2:3])
g1 <- SRregime_plot(resSRregime, regime.name=c("Low","High"))
g1

## End(Not run)

ichimomo/frasyr documentation built on Nov. 5, 2024, 3:06 p.m.