read.vpa: csvファイルとしてまとめられた資源計算結果を読み込んでRのオブジェクトにする

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

csvファイルとしてまとめられた資源計算結果を読み込んでRのオブジェクトにする

Description

csvファイルとしてまとめられた資源計算結果を読み込んでRのオブジェクトにする

Usage

read.vpa(
  tfile,
  caa.label = "catch at age",
  maa.label = "maturity at age",
  waa.label = "weight at age",
  waa.biomass.label = "weight at age for biomass calculation",
  waa.catch.label = "weight at age for catch calculation",
  M.label = "M at age",
  faa.label = "fishing mortality at age",
  Fc.label = "Current F",
  naa.label = "numbers at age",
  release_alive.label = "release alive dat",
  release_all.label = "release all dat",
  release_ratealive.label = "release alive rate dat",
  Blimit = NULL,
  Pope = NULL,
  plus.group = NULL,
  fc.year = NULL
)

Arguments

tfile	資源計算結果がまとめられたcsvファイルの名前
release_alive.label	放流魚のうち生き残って加入したものの尾数。年齢✕年の行列。データのない年齢は省略可。（release_all.labelとrelease_aliverate.labelが与えられる場合、release_alive.labelは与えないこと。加入年齢よりも高齢のデータは入力できるが、現時点では再生産関係や将来予測では考慮されない）
release_all.label	全放流尾数。年齢✕年の行列。データのない年齢は省略可。
release_ratealive.label	全放流尾数が生き残って加入したする比率。年齢✕年の行列。データのない年齢は省略可。
Pope	VPA計算時にどっちを使っているかここで設定する（TRUE or FALSE）。デフォルトはNULLで、その場合にはcaa,faa,naaの関係から自動判別するが、自動判別の結果が出力されるので、それをみて正しく判断されているか確認してください。
plus.group	プラスグループを考慮するかどうか。こちらについても、NULLの場合にはfaaとnaaの関係から自動判別するが、結果を一応確認すること。
release.label	放流データを読み込みたい場合。ここで指定したラベルをつけて、年齢を行、年を列とするデータを入れる（catch at ageと同じ構造だが、年齢は必要な年齢だけ取り出した形で良い）

ichimomo/frasyr documentation built on May 3, 2024, 1:30 a.m.