set_SR_mat: 将来予測用の再生産関係の設定を行う関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

将来予測用の再生産関係の設定を行う関数

Description

再生産関係をres_SRで与えると、res_vpaを見ながら残差を再計算したのち、start_random_rec_year_name以降の加入のdeviationを計算しSR_mat[,,"deviance"]に入れる。

Usage

set_SR_mat(
  res_vpa = NULL,
  start_random_rec_year_name,
  SR_mat,
  res_SR,
  seed_number,
  resid_type = "lognormal",
  bias_correction = TRUE,
  resample_year_range = NA,
  backward_duration = 5,
  recruit_intercept = 0,
  setting_release = NULL,
  recruit_age = 0,
  scale_ssb = 1,
  scale_R = 1,
  model_average_option = NULL,
  regime_shift_option = NULL,
  fix_recruit = NULL
)

Arguments

res_vpa	VPAの推定結果
start_random_rec_year_name	ランダム加入を仮定する最初の年
SR_mat	将来予測用の再生産関係パラメータが格納する３次元行列
res_SR	再生産関係の推定結果
seed_number	シード番号
resid_type	残差の発生パターン；対数正規分布は"lognormal"、単純リサンプリングは"resampling"、backward-resamplingは"backward"
resample_year_range	"resampling", "backward"で有効。年の範囲を入れると、対象とした年の範囲で計算される残差を用いる。
backward_duration	"backward"の場合、何年で１ブロックとするか。"backward"で有効。デフォルトは5 。
setting_release	詳細はmake_future_dataへ
model_average_option	model averagingをする場合のオプション. SR_matのlistとweightをlist形式で入れる(list(SR_list=list(res_SR1,res_SR2),weight=c(0.5,0.5))). 上で設定されたres_SRは使われない.
regime_shift_option	レジームシフトを仮定する場合のオプション. この場合, res_SRにはfit.SRregimeの結果オブジェクトを入れる. オプションの設定は list(future_regime=将来のregimeの仮定。keyで指定された番号を入れる)

ichimomo/frasyr documentation built on May 3, 2024, 1:30 a.m.