annotated: Anotación de genes

In jrufv/TFMjrufv: Framework para el análisis de datos ómicos

Description

Realiza la anotación de los genes contenidos en un marco de datos, añadiendo a los datos ya almacendados los identificadores de PROBE (para microarrays) o ENSEMBL (para RNA-Seq), de ENTREZ, y los símbolos y nombres de los genes.

Usage

annotated(listOfTabs, annotPackage, maPackage, ID)

Arguments

listOfTabs	Lista que contiene los datos obtenidos en el análisis de expresión diferencial. Cada contraste debe estar almacenado en un elemento de la lista en forma de marco de datos que contenga los nombres de los probes (microarrays) o de los genes de Ensembl (RNA-Seq) como nombres de fila. Los dos últimos elementos de la lista no se usan para la anotación.
annotPackage	Paquete de anotaciones para el organismo estudiado.
maPackage	Paquete de anotaciones para microarrays.
ID	Carácter. Identificador de los genes analizados. Para análisis de microarray ID = "PROBEID", mientras que para análisis de RNA-Seq ID = "ENSEMBL".

Value

Transforma la lista introducida añadiendo las anotaciones de los genes.

Examples

# Para datos de microarrays
anot_dea_microarray <- annotated(dea_microarray, maPackage = "hgu133a.db",
                                 ID = "PROBEID")
head(anot_dea_microarray[[1]])

# Para datos de RNA-Seq
anot_dea_RNASeq <- annotated(dea_RNASeq, annotPackage = org.Hs.eg.db,
                             ID = "ENSEMBL")
head(anot_dea_RNASeq[[1]])

jrufv/TFMjrufv documentation built on Dec. 21, 2021, 3:15 a.m.