prep_metRS: Preprocesamiento de espectros brutos de GC/LC-MS

In jrufv/TFMjrufv: Framework para el análisis de datos ómicos

Description

Realiza el preprocesamiento de espectros brutos de GC/LC-MS almacenados en objetos del tipo OnDiskMSnExp o MSnExp.

Usage

prep_metRS(
  object,
  fCPmethod = NULL,
  refineRT = FALSE,
  refineIn = FALSE,
  refineMN = FALSE,
  aRtmethod = NULL,
  gCPmethod = NULL,
  fillCP = FALSE,
  fillmethod = NULL,
  ...
)

Arguments

object	Objeto del tipo OnDiskMSnExp o MSnExp.
fCPmethod	Método de deteccion de picos a usar. Para más información visite findChromPeaks.
refineRT, refineIn, refineMN	Lógico, si es TRUE se aplica un filtraje según un determinado tiempo de retención (refineRT) o intensidad (refineIn), o se fusionan picos cromatográficos que se superponen o presentan unas dimensiones de rt y m/z cercanas (refineMN).
aRtmethod	Método de alineamiento de picos a usar. Para más información visite adjustRtime.
gCPmethod	Método de correspondencia a usar. Para más información visite groupChromPeaks.
fillCP	Lógico, si es TRUE se realiza un rellenado de los valores ausentes.
fillmethod	Método de rellenado de valores ausentes a usar. Para más información visite fillChromPeaks.
...	Más argumentos que se pasan a findChromPeaks o sus métodos, refineChromPeaks o sus métodos, adjustRtime o sus métodos, groupChromPeaks o sus métodos, o fillChromPeaks o sus métodos.

Value

Un objeto de la clase MSnSet que contiene los datos resultantes del preprocesamiento aplicado

Examples

prep_data_MetabRS <- prep_metRS(data_MetabRS,
                                fCPmethod = c("centWave", "centWavewpi",
                                "matchedFilter", "massifquant", "MSW"),
                                refineRT = TRUE, refineIn = TRUE,
                                refineMN = TRUE,
                                aRtmethod = c("peakGroups", "obiwarp"),
                                gCPmethod = c("density", "mzClust", "nearest"),
                                fillCP = TRUE, fillmethod = c("fill", "area"))
prep_data_MetabRS

jrufv/TFMjrufv documentation built on Dec. 21, 2021, 3:15 a.m.