plotTFM: Gráficos

In jrufv/TFMjrufv: Framework para el análisis de datos ómicos

Description

Realiza diferentes tipos de gráficos en función del objeto introducido. Acepta objetos del tipo ExpressionFeatureSet, ExpressionSet, DGEList, OnDiskMSnExp, MSnExp, SummarizedExperiment o MSnSet.

Usage

plotTFM(object, plot)

Arguments

object

Objeto del tipo ExpressionFeatureSet, ExpressionSet, DGEList, OnDiskMSnExp, MSnExp, SummarizedExperiment o MSnSet.

plot

Tipo de gráfico. Puede ser "PCA" para gráfico de componentes principales, "boxplot" para diagramas de caja, "heatmap" para un mapa de calor de la varianza de genes, "barplot" para un gráfico de barras de las librerías usadas (sólo para datos de RNA-Seq), "BPC" para un cromatograma de pico base (sólo para espectros de GC/LC-MS), "heatmapS" para un mapa de calor por muestras o "density" para un gráfico de densidad por muestra.

Value

Un gráfico distinto en función de la selección realizada.

Examples

plotTFM(object, plot = c("PCA", "boxplot", "heatmap", "barplot", "BPC",
                         "heatmapS", "density")

jrufv/TFMjrufv documentation built on Dec. 21, 2021, 3:15 a.m.