bsa: Analisis de significación biológica

In jrufv/TFMjrufv: Framework para el análisis de datos ómicos

Description

Realiza el análisis de enriquecimiento mediante el paquete ReactomePA

Usage

bsa(listOfTabs, GOPackage, PATHPackage, organism, pvcoff = 0.05, padmethod)

Arguments

listOfTabs	Lista resultante de realizar las anotaciones.
GOPackage	Mapas entre los ID de genes Entrez y los ID de Gene Ontology (GO)
PATHPackage	Mapeos entre identificadores de genes Entrez e identificadores de vías KEGG
organism	Carácter. Organismo sobre el que se realiza el análisis.
pvcoff	Numérico. Umbral de corte del p-valor para filtrar los resultados.
padmethod	Carácter. Método utilizado para ajustar los p-valores para pruebas múltiples. Consulte p.adjust para ver la lista completa de opciones.

Value

Una lista con tantos elementos como marcos de datos de genes contenía la entrada. Cada elemento de la lista es un objeto de la clase enrichResult.

Examples

# Para datos de microarrays
enRes_microarray <- bsa(anot_dea_microarray, GOPackage = org.Hs.egGO,
                        PATHPackage = org.Hs.egPATH, organism = "human",
                        pvcoff = 0.05, padmethod = "BH")
enRes_microarray

# Para datos de RNA-Seq
enRes_RNASeq <- bsa(anot_dea_RNASeq, GOPackage = org.Hs.egGO,
                    PATHPackage = org.Hs.egPATH, organism = "human",
                    pvcoff = 0.05, padmethod = "BH")
enRes_RNASeq

jrufv/TFMjrufv documentation built on Dec. 21, 2021, 3:15 a.m.