prep_metSB: Preprocesamiento de contenedores de espectros de MS o NMR

In jrufv/TFMjrufv: Framework para el análisis de datos ómicos

Description

Realiza el preprocesamiento de contenedores de espectros de MS o NMR almacenados en objetos del tipo SummarizedExperiment.

Usage

prep_metSB(
  object,
  filterMV = TRUE,
  filterF = TRUE,
  filterRSD = TRUE,
  filterB = TRUE,
  mpmv = NULL,
  mf = NULL,
  fFmethod = NULL,
  QClab = NULL,
  mrsd = NULL,
  mfc = NULL,
  Blab = NULL,
  remB = TRUE,
  fib = 0
)

Arguments

object	Objeto del tipo SummarizedExperiment.
filterMV, filterF, filterRSD, filterB	Lógico, si es TRUE se realiza el filtraje de los datos. Para filterMV se filtrarán muestra en función del porcentaje de valores perdidos, para filterF se filtrarán características en función del porcentaje de muestras que contengan valores no perdidos, para filterRSD se filtrarán características en función de la desviación estándar relativa de las muestras de control de calidad. Para filterB se filtrarán características de origen no biológico mediante muestras en blanco.
mpmv	Numérico, valor entre 0 y 1 del umbral del porcentaje de valores perdidos en la muestra.
mf	Numérico, valor entre 0 y 1 del umbral de fracción de detección.
fFmethod	Método del filtraje de características a usar. Para más información visite filter_peaks_by_fraction.
QClab	Carácter, etiqueta de clase utilizada para identificar muestras de control de calidad. Para filterB = TRUE, Si el parámetro QClab no es NULL, se utilizarán muestras de control de calidad para calcular la intensidad de la señal media.
mrsd	Numérico, valor umbral del porcentaje de RSD del control de calidad.
mfc	Numérico, fold change mínimo entre muestras analíticas y en blanco.
Blab	Carácter, etiqueta de clase utilizada para identificar muestras en blanco.
remB	Lógico, si es TRUE se eliminarán las muestras en blanco.
fib	Numérico, valor entre 0 y 1 de la fracción de picos en blanco en las que deben estar presentes.

Value

Un objeto de la clase MSnSet que contiene los datos resultantes del preprocesamiento aplicado

Examples

prep_data_MetabSB <- prep_metSB(data_MetabSB, filterMV = TRUE, mpmv = 0.1,
                                filterF = TRUE, mf = 0.9, fFmethod = "across",
                                filterRSD = FALSE, filterB = FALSE)
prep_data_MetabSB

jrufv/TFMjrufv documentation built on Dec. 21, 2021, 3:15 a.m.