R/nkbc-onk-cytostatikabeh-fordelning-35.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc35 <- list(
  code = "nkbc35",
  kortnamn = "nkbc_onk_cytostatikabeh_fordelning_35",
  lab = c(
    sv = "Cytostatikabehandling, pre- respektive postoperativt",
    en = "Chemotherapy, pre- and postoperative, respectively"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade, invasiva fall utan fjärrmetastaser vid diagnos",
    en = "operated, invasive cases without distant metastasis at diagnosis"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),

      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1,

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome = factor(
        dplyr::case_when(
          post_kemo_Varde == 1L & pre_kemo_Varde == 1L ~ 2L,
          pre_kemo_Varde == 1L ~ 1L,
          post_kemo_Varde == 1L ~ 3L,
          post_kemo_Varde == 0L | pre_kemo_Varde == 0L ~ 4L
        ),
        levels = c(1L, 2L, 3L, 4L),
        labels = c(
          "Enbart preoperativ",
          "Både pre- och postoperativ",
          "Enbart postoperativ",
          "Ingen"
        )
      ),
      outcome_en = forcats::fct_recode(
        outcome,
        "Preoperative only" = "Enbart preoperativ",
        "Both pre- and postoperative" = "Både pre- och postoperativ",
        "Postoperative only" = "Enbart postoperativ",
        "None" = "Ingen"
      )
    )
  },
  sjhkod_var = "d_onk_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_tstad", "d_nstad", "d_trigrp"),
  other_vars_inca = c("a_pat_alder", "d_tstad", "d_nstad", "d_tnm_stadium_subgrp", "d_trigrp"),
  om_indikatorn = list(
    sv = "Pre- eller postoperativ cytostatikabehandling rekommenderas i allmänhet vid bröstcancer med spridning till axillens lymfkörtlar, om tumören har svag hormonell känslighet och/eller andra riskfaktorer.",
    en = "Pre- or postoperative chemotherapy is generally recommended in breast cancer with lymph node metastasis, if the tumour has weak hormonal sensitivity and/or if other risk factors are present."
  ),
  vid_tolkning = list(
    sv = c(
      "Tumörstorlek och spridning till lymfkörtlar är kliniskt diagnostiserat.",
      "För fall med preoperativ onkologisk behandling är östrogenreceptoruttryck hämtat från biopsi före behandling, i övriga fall från operation."
    ),
    en = c(
      "Evaluation of tumour size and spread to lymph nodes is based on clinical diagnosis.",
      "For cases with preoperative oncological treatment, oestrogen receptor content is based on pretreatment biopsy, and otherwise postoperatively from the surgical specimen."
    )
  ),
  inkl_beskr_onk_beh = TRUE,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc35) <- "nkbcind"