R/nkbc-onk-postop-cytostatikabeh-bland-erneg-27.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc27 <- list(
  code = "nkbc27",
  kortnamn = "nkbc_onk_postop_cytostatikabeh_bland_erneg_27",
  lab = c(
    sv = "Postoperativ cytostatikabehandling"
  ),
  pop = c(
    sv = "primärt opererade östrogenreceptornegativa invasiva fall med tumörstorlek >10 mm eller spridning till lymfkörtlar utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  pop_short = c(
    sv = "primärt opererade ER- invasiva fall med större tumörer eller spridning till lymfkörtlar utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart primärt opererade fall
      # (p.g.a. att info om tumörstorlek och spridning till lymfkörtlar behövs)
      !is.na(op_kir_dat),
      d_prim_beh_Varde == 1,

      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1,

      # Enbart fall med ER-negativ bröstcancer
      d_er_Varde == 2,

      # Enbart fall med tumörstorlek >10mm eller spridning till lymfkörtlar
      (op_pad_invstl > 10 | op_pad_lglmetant > 0),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome = as.logical(post_kemo_Varde)
    )
  },
  target_values = c(80, 90),
  sjhkod_var = "post_inr_sjhkod",
  other_vars = "a_pat_alder",
  om_indikatorn = list(
    sv = "Cytostatikabehandling rekommenderas i allmänhet vid bröstcancer med spridning till axillens lymfkörtlar, men även om tumören har svag hormonell känslighet och/eller då det föreligger riskfaktorer."
  ),
  vid_tolkning = list(
    sv = c(
      "Enbart postoperativ cytostatikabehandling är medtaget i beräkningen, vilket innebär att andelen är mindre för de sjukhus där cytostatika i högre utsträckning ges preoperativt.",
      "Tumörstorlek är definierat som storlek på den största invasiva tumören, vilket innebär att vissa multifokala fall med total utbredning >10 mm inte finns med i urvalet.",
      "Spridning till lymfkörtlar i armhålan definieras som metastas >0.2 mm."
    )
  ),
  inkl_beskr_onk_beh = TRUE,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc27) <- "nkbcind"