R/nkbc-pat-her2ich01-59.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc59 <- list(
  code = "nkbc59",
  kortnamn = "nkbc_pat_her2ich01_59",
  lab =
    c(
      sv = "IHC HER2 0-1+"
    ),
  pop =
    c(
      sv = "alla anmälda invasiva fall"
    ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(
      x,
      outcome = dplyr::case_when(
        d_her2ihc_Varde %in% c(1L, 4L, 5L) ~ TRUE,
        d_her2ihc_Varde %in% c(2L, 3L) ~ FALSE,
        d_her2ihc_Varde %in% c(97L, 98L, NA_integer_) ~ NA
      )
    )
  },
  period_dat_var = "a_diag_dat",
  sjhkod_var = "d_pat_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_screening"),
  om_indikatorn = NULL,
  vid_tolkning = NULL,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc59) <- "nkbcind"