R/nkbc-pat-ngh1-66.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc66 <- list(
  code = "nkbc66",
  kortnamn = "nkbc_pat_ngh1_66",
  lab =
    c(
      sv = "NHG 1"
    ),
  pop =
    c(
      sv = "alla anmälda invasiva fall"
    ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(
      x,
      # För över A100NHG till a_pad_ngh för lämpliga fall (skall massuppdateras i registret, SS-1454)
      # jfr G:\Hsf\RCC-Statistiker\Brostcancer\Brostcancer\Registerutveckling\Ombyggnad\massuppdatering_rot.R
      a_pad_nhg_Varde = case_when(
        !is.na(a_pad_nhg_Varde) ~ a_pad_nhg_Varde,
        !(a_planbeh_typ_Varde %in% 1) ~ recode(as.integer(A100NHG_Varde), "4" = 97L, "9" = 98L)
      ),

      # Beräkna variabel för histologisk grad (invasiv) eller kärnatypigrad (in situ)
      d_pad_nhg_Varde = dplyr::case_when(
        d_prim_beh_Varde == 1 ~ op_pad_nhg_Varde,
        d_prim_beh_Varde %in% c(2, 3) ~ a_pad_nhg_Varde
      ),
      outcome = dplyr::case_when(
        d_pad_nhg_Varde == 1L ~ TRUE,
        d_pad_nhg_Varde %in% c(2L, 3L) ~ FALSE,
        d_pad_nhg_Varde %in% c(97L, 98L, NA_integer_) ~ NA
      )
    )
  },
  period_dat_var = "a_diag_dat",
  sjhkod_var = "d_pat_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_screening", "d_prim_beh"),
  om_indikatorn = NULL,
  vid_tolkning = list(
    sv = "Variabeln för histologisk grad från mellan-/grovnålsbiopsi togs bort 2017 och återinfördes 2020 i registret."
  ),
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc66) <- "nkbcind"