R/nkbc-pat-prpos-57.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc57 <- list(
  code = "nkbc57",
  kortnamn = "nkbc_pat_prpos_57",
  lab =
    c(
      sv = "PR-positivitet"
    ),
  pop =
    c(
      sv = "alla anmälda invasiva fall"
    ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(
      x,
      outcome = dplyr::case_when(
        d_pr_Varde == 1L ~ TRUE,
        d_pr_Varde == 2L ~ FALSE
      )
    )
  },
  period_dat_var = "a_diag_dat",
  sjhkod_var = "d_pat_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_screening"),
  other_vars_inca = c("a_pat_alder", "d_screening", "d_er", "d_her2"),
  om_indikatorn = NULL,
  vid_tolkning = NULL,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc57) <- "nkbcind"