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Creates LaTeX code for table of summary statistics.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 | pdfCI(A.data,
model = "G",
types = c("T0", "GI50", "TGI","LCt", "AUCq"),
conf = c(2.5, 97.5),
dec = 2,
size = "small",
type.order = "GI50",
dose.scale = "mol/l",
dose.logfun = "log10",
drugs = 1,
splitvar = NULL,
file = "",
pdfheight = "297mm",
pdfwidth = "210mm",
keep.tex = TRUE,
compile.tex = TRUE,
png = FALSE,
clean = TRUE, ...)
|
A.data |
A.data object created by the function summary.DRdata. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
model |
character, the dose response model to get the summary satistices from. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
types |
vector of characters with the names of the summary statistics. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conf |
Numeric vector of legth two with the limits of the confidence interval. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dec |
Numeric indicator for the number of decimals. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
size |
Character, the text siz in the pdf file. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
type.order |
Character indicating the summary statistic used for sorting. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dose.scale |
Character indicating the scale used for concentrations when estimating the isotonic regression and the summary statistcs. The unit is written as e.g. ug/ml to indicate micro grams per milli litre and defaults to
The current implementations for fractions are:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dose.logfun |
Character indicating if the concentrations should be log transformed. The possible inputs are | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drugs |
Character vector, names of the drugs the table should be based on. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splitvar |
Character naming a variable in the dataset by which the cell lines should be grouped. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
file |
Character specifying the filename for the tex and pdf file. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pdfheight |
Numeric indicator for the height of the pdf. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pdfwidth |
Numeric indicator for the height of the pdf. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
keep.tex |
Indicator, Should the tex file be deleted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compile.tex |
Indicator, Should the tex file be compiled. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
png |
Indicator, should the pdf be converted to a png file. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
clean |
Indicator, should files associated with compilation of the latex file be removed. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
... |
Further arguments passed to the function latex of the Hmisc package. |
Confidence intervals for the chosen summary statistics and drugs. T0
corresponds to the estimated doubling time. The results will be converted to a tex table and compiled to a pdf.
The function was written at department of haematology, Aalborg University Hospital and maintained by Steffen Falgreen.
Steffen Falgreen et al. Exposure time independent summary statistics for assessment of drug dependent cell line growth inhibition (2013)
CI
,tableCI
,DRdataBoxplot
,plot.DRdata
,plot.growthModel
,plotGrid
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