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The investigation of dose response curves individually is much easier if they are plotted in individual panels with bootstrapped confidence interval shown.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 | plotGrid(A.data = A.data, model = "G", type = "AUC", times = NULL,
dose.scale = "mol/l", dose.logfun = "log10", drug = 1,
name = 2, names = NULL, plot.order = NULL, conc.names = NULL,
ylim = NULL, xlim = NULL, nrows = NULL, ncols = NULL, ylab = NULL,
xlab = NULL, main = paste("Dose Response Curves for", drug),
absorbance.CI = FALSE, absorbance.CI.col = "#C6C6C5",
absorbance.CI.alpha = 80, bootstrap.conf = TRUE,
barcol = "#71965A", bar.height = 1.3,
plotgrid = TRUE, grid.col = "#C6C6C5", grid.lty = 1, grid.lwd = 1,
bs.col = c("#333333", "#9D2441"), bs.lty = 1, bs.lwd = 0.5,
bs.alpha = 50, line.col = c("#333333", "#9D2441"),
line.lty = rep(1, 8), line.lwd = rep(1, 8), line.alpha = "",
col.by.identifier = TRUE, col.points = c("#333333", "#9D2441"),
pch = 1, plot.data = FALSE, log = "", pdfit = FALSE,
pdf.width = 6.6929, pdf.height = 6.6929, pointsize = 8)
|
A.data |
An A.data object created by the function | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
model |
Character specifying which dose response model the boxplot should be produced for. Currently the follwing models are implemented | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
type |
Character indicating the summary statistic used to sort the pqnels. This can be either of | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
times |
Numeric indicator of the time points that are to be plotted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dose.scale |
Character indicating the scale used for concentrations when estimating the isotonic regression and the summary statistcs. The unit is written as e.g. ug/ml to indicate micro grams per milli litre and defaults to
The current implementations for fractions are:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dose.logfun |
Character indicating if the concentrations should be log transformed. The possible inputs are | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drug |
Character vector of the drugs that are to be plotted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
name |
When set to 2, only the the name part of the cell line is used to separate the plots. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
names |
The names of the cell lines to be plotted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
plot.order |
The order the panels are produced. This overwrights the argument set by | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conc.names |
Names of the concentrations used in the plot. This is the names specified in the protocols. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ylim |
Limit of the y-axis. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
xlim |
Limit of the x-axis. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nrows |
The number of rows. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ncols |
The number of cols. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ylab |
The name of the x-axis. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
xlab |
The name of the x-axis. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
main |
The main title of the plot. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
absorbance.CI |
Should 95% confidence intervals for the absorbance values be shown. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
absorbance.CI.col |
must be specified as Hex rgb, i.e. something like "#334455". | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
absorbance.CI.alpha |
Numeric value between 10 and 99 specifying the opacity of the confidence interval. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bootstrap.conf |
Should the bootstrapped curves be shown. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
barcol |
Colour of the bar above each plot. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bar.height |
The height of the abovementioned bar. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
plotgrid |
Should a grid be plotted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
grid.col |
The colour of the grid. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
grid.lty |
Line type of the grid. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
grid.lwd |
Line width og the grid. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bs.col |
colour of bootstrapped curves must be specified as Hex rgb, i.e. something like "#334455". | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bs.lty |
Line type for the bootstrapped curves. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bs.lwd |
Line width of the bootstrapped curves | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bs.alpha |
Numeric value between 10 and 99 specifying the opacity of the bootstrap curves. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
line.col |
Colour of the the curves must be specified as Hex rgb, i.e. something like "#334455". | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
line.lty |
Line type for the curves. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
line.lwd |
Line width for the curves. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
line.alpha |
Numeric value between 10 and 99 specifying the opacity of the curves. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
col.by.identifier |
Should the data be colourd in accordace with the specifier. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
col.points |
Colour of the points. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pch |
The point type for the data. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
plot.data |
Should the data be plotted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
log |
Argument passed along to the plot. if | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pdfit |
Should the created plots be save in pdfs. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pdf.width |
Width of the pdf. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pdf.height |
Height of te pdf. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pointsize |
Pointsize of the pdf. |
plot of absorbance values plotted aginst time with the result of the G-model superimposed.
The function was written at department of haematology, Aalborg University Hospital and maintained by Steffen Falgreen.
Steffen Falgreen et al. Exposure time independent summary statistics for assessment of drug dependent cell line growth inhibition (2013)
CI
,DRdataBoxplot
,plot.DRdata
,plot.growthModel
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