Description Usage Arguments Value Author(s) References See Also Examples
View source: R/plotfunctions.R
Plot of the dose response curves according to the specified model.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 | ## S3 method for class 'DRdata'
plot(x, ..., drug = 1,
ylim = NULL, xlim = NULL, main = drug,
plot.data = FALSE, model = "G", type = "AUC",
ylab = NULL, xlab = NULL, cex = 1, names = NULL,
times = NULL, col.scheme = NULL,
color.palette = "Dark2", n.colors = NULL,
reverse.col = FALSE, col = NULL, lty = NULL, pch = NULL,
lwd = 2, legend.place = "bottomleft", plot.order = NULL,
dose.scale = "mol/l", dose.logfun = "log10", legend = TRUE,
n.columns = 2, legend.cex = 1, use.col.order = FALSE, split = "all")
|
x |
An A.data object created by the function | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
... |
Further arguments passed to plot. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drug |
Character specifying the drug to be plotted. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ylim |
Limits of the y-axis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
xlim |
Limits of the x-axis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
main |
Main title of the plot. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
plot.data |
Should the data be plotted along with the fitted curves. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
model |
Character specifying which dose response model the boxplot should be produced for. Currently the follwing models are implemented | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
type |
Character indicating the summary statistic used in the plot. This can be either of | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ylab |
Name of the y-axis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
xlab |
Name of the x-axis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cex |
Specify | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
names |
Character vector of the cell line names used in the plot. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
times |
Numeric vector specifying the timepoints the dose response curves should be based upon. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
col.scheme |
Specific colscheme used. A number of colours to choose from when generating the plot. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
color.palette |
The colour palette used for generating colours defeaults to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
n.colors |
Numeric indicator for the number of colours to use. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
reverse.col |
should the automatically generated colours be reversed. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
col |
Vector of colours. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lty |
Numeric value for line of type. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pch |
Numeric value for type of points. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lwd |
Numeric value for line width | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
legend.place |
Where should the legend be placed: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
plot.order |
Character vector of names specifying the order the cell lines should be plotted.
Can be used in combination with the argument | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dose.scale |
Character indicating the scale used for concentrations when estimating the isotonic regression and the summary statistcs. The unit is written as e.g. ug/ml to indicate micro grams per milli litre and defaults to
The current implementations for fractions are:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dose.logfun |
Character indicating if the concentrations should be log transformed. The possible inputs are | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
legend |
Should a legend be created. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
n.columns |
The number of columns in the legend. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
legend.cex |
numeric indicator for the size of the legend. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
use.col.order |
Should the colours specified be used in the order by which they are given. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
split |
Character specifying a variable according to which the dose response curves should be separated e.g. a column specifying the disease origin of the cell lines. |
Dose response curves according to the specifyed model.
The function was written at department of haematology, Aalborg University Hospital and maintained by Steffen Falgreen.
Steffen Falgreen et al. Exposure time independent summary statistics for assessment of drug dependent cell line growth inhibition (2013)
CI
,DRdataBoxplot
,plot.DRdata
,plot.growthModel
,plotGrid
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 | require(DoseR)
data(A.data)
par(mfrow = c(1,2))
plot.DRdata(x = A.data,
model = "D",
col.scheme = c("#71965A", "#4F6E9F"),
drug = "Doxorubicin",
legend = TRUE,
n.columns = 1,
plot.data = TRUE,
legend.cex = 1,
times = c(12, 24, 36, 48))
plot.DRdata(x = A.data,
model = "D",
col.scheme = c("#71965A", "#4F6E9F"),
drug = "Rituximab",
legend = TRUE,
n.columns = 1,
plot.data = TRUE,
legend.cex = 1,
times = c(12, 24, 36, 48))
par(mfrow = c(1,2))
plot.DRdata(x = A.data,
model = "G",
drug = "Rituximab",
col.scheme = c("#71965A", "#4F6E9F"),
n.columns = 1,
plot.data = TRUE,legend = TRUE,
legend.cex = 1)
plot.DRdata(x = A.data,
model = "G",
drug = "Doxorubicin",
col.scheme = c("#71965A", "#4F6E9F"),
n.columns = 1,
plot.data = TRUE,legend = TRUE,
legend.cex = 1)
|
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.