In pbs-assess/gfsynopsis: Data Synopsis Reports for PBS Groundfish

REPRODUCTIBILITÉ {#app:reproducibility}

L’un des objectifs du présent rapport est de générer des ensembles de données normalisés, des ajustements de modèles et des visualisations pour faciliter l’évaluation des stocks. Nous nous attendons à ce que les données extraites et les graphiques présentés ici soient utiles pour le prochain cadre de procédures de gestion des stocks de poissons de fond de la C.-B. à propos duquel les données sont limitées et modérées, ainsi que pour la préparation d’autres évaluations des stocks de poissons de fond et pour faciliter le passage direct des données aux documents (rapport final), qui découlent des bases de données, en passant par le code, et qui pourront être rapidement mis à jour dans les années futures. À cette fin, l’extraction des données, la manipulation des données, l’ajustement des modèles et la visualisation pour le présent rapport sont automatisés.

get_sha <- function(path) {
  suppressWarnings({
    sha <- tryCatch(system(paste0("git ls-remote [e-mail]:", path, ".git"),
      intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE), error = function(e) " ")
  })
  if (is.null(attr(sha, "status")))
    substr(sha[grepl("HEAD", sha)], 1, 7)
  else
    "xxxxxxx"
}
sha_gfplot <- get_sha("pbs-assess/gfplot")
sha_gfiphc <- get_sha("pbs-assess/gfiphc")
sha_gfdata <- get_sha("pbs-assess/gfdata")
sha_gfsynopsis <- get_sha("pbs-assess/gfsynopsis")
sha_sdmTMB <- get_sha("pbs-assess/sdmTMB")
sha_csasdown <- get_sha("pbs-assess/csasdown")

L’extraction des données, l’ajustement des modèles et les graphiques ont été réalisés grâce au progiciel de représentation graphique des poissons de fond R (Figure \@ref(fig:gfplot-web)) Git SHA (Secure Hash Algorithm) r sha_gfplot. Les modèles spatiaux et spatio-temporels ont été ajustés avec le progiciel sdmTMB Git SHA r sha_sdmTMB. Les graphiques ont été assemblés sur des pages de figures et le présent texte a été écrit avec le progiciel gfsynopsis Git SHA r sha_gfsynopsis. Le document a été compilé avec le progiciel csasdown Git SHA, version r sha_csasdown.

Les versions particulières utilisées pour générer ce rapport peuvent être consultées à l’adresse :

<r paste0("https://github.com/pbs-assess/gfdata/tree/", sha_gfdata)>\ <r paste0("https://github.com/pbs-assess/gfplot/tree/", sha_gfplot)>\ <r paste0("https://github.com/pbs-assess/sdmTMB/tree/", sha_sdmTMB)>\ <r paste0("https://github.com/pbs-assess/gfiphc/tree/", sha_gfiphc)>\ <r paste0("https://github.com/pbs-assess/gfsynopsis/tree/", sha_gfsynopsis)>\ <r paste0("https://github.com/pbs-assess/csasdown/tree/", sha_csasdown)>\

\vspace{4mm} ou installées par l’intermédiaire de :

devtools::install_github('pbs-assess/gfdata', ref = 'r sha_gfdata')\ devtools::install_github('pbs-assess/gfplot', ref = 'r sha_gfplot')\ devtools::install_github('pbs-assess/sdmTMB', ref = 'r sha_sdmTMB')\ devtools::install_github('pbs-assess/gfiphc', ref = 'r sha_gfiphc')\ devtools::install_github('pbs-assess/gfsynopsis', ref = 'r sha_gfsynopsis')\ devtools::install_github('pbs-assess/csasdown', ref = 'r sha_csasdown')\

\vspace{4mm} Des exemplaires de ces versions du progiciel R et une copie des données mises en cache seront archivés sur un serveur local de la Station biologique du Pacifique afin d’en assurer la reproductibilité future.

Nos fonctions permettent d’extraire de façon dynamique l’information sur la situation des espèces en vertu du COSEPAC et de la LEP [Registre public des espèces en péril] (http://www.registrelep-sararegistry.gc.ca/sar/index/default_e.cfm) avec rvest [@rvest2016] et de l’ajouter à la liste des espèces par nom scientifique. Nous extrayons les renseignements taxonomiques du Système intégré d’information taxonomique (SITI) à l’aide du progiciel Taxize [@chamerberlain2013].

Les pages de figures peuvent être construites sur le réseau PBS en 1) installant les progiciels ci-dessus, 2) clonant l’organe d’archivage gfsynopsis et 3) suivant les instructions qui se trouvent dans le gfsynopsis README.md file.

La fonction maître est gfsynopsis::make_pages(), qui génère deux fichiers .png comprenant les deux pages de graphiques pour chaque espèce. Grâce à cette fonction, des graphiques individuels sont générés par gfplot sous forme d’objets ggplot[@ggplot2], et ggplot 'Grobs' sont disposés sur chaque page à l’aide des progiciels egg [@egg] et gridExtra [@gridExtra]. gfplot s’appuie fortement sur la fonction R 'tidyverse', et en particulier sur la fonction dplyr [@dplyr].

Le présent rapport peut ensuite être rendu en utilisant knitr [@knitr], bookdown [@bookdown], et csasdown en exécutant :

bookdown::render_book("index.Rmd")

à partir du dossier gfsynopsis/report/report-rmd ou en cliquant sur le bouton ‘Knit’ dans RStudio avec ouvrir `report/report-rmd/index.Rmd’.

La présente version du document a été générée sur r Sys.time() avec r devtools::session_info()$platform$version [@r2018] et les versions du progiciel R :

suppressWarnings({suppressMessages({
  library(TMB)
  library(rstan)
  library(bookdown)
  library(rmarkdown)
  library(gfsynopsis)
  library(sdmTMB)
  library(INLA)
  library(knitr)
  library(gridExtra)
  library(PBSmapping)
  library(PBSdata)
  library(taxize)
  library(rvest)
  library(egg)
})})
pkgs <- sort(c("gfplot", "ggplot2", "dplyr", "rstan", "knitr", "glmmTMB",
  "TMB", "broom.mixed", "purrr", "kableExtra",
  "csasdown", "bookdown", "rmarkdown", "INLA", "sdmTMB", "gfsynopsis",
  "PBSdata", "PBSmapping", "egg", "gridExtra", "rvest", "egg"))
devtools::session_info()$packages %>%
  dplyr::filter(package %in% pkgs) %>%
  dplyr::select(package, loadedversion, date) %>%
  dplyr::rename(Package = package, Version = loadedversion, Date = date) %>%
  csasdown::csas_table()

r extraient les données brutes des bases de données relationnelles, \\texttt{tidy} et les fonctions \\texttt{fit} manipulent les données ou ajustent les modèles statistiques, et les fonctions \\texttt{plot} produisent les extrants des fonctions de nettoyage ou d’ajustement pour produire des visualisations.", out.width="4.2in"} knitr::include_graphics(here::here("report", "report-rmd", "figure", "function-web.png"), dpi = NA)

\clearpage

pbs-assess/gfsynopsis documentation built on March 26, 2024, 7:30 p.m.