inst/doc/quickstart.R

In CALIB: Calibration model for estimating absolute expression levels from microarray data

### R code from vignette source 'quickstart.Rnw'

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### code chunk number 1: quickstart.Rnw:55-57 (eval = FALSE)
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## library(CALIB)
## calibReadMe()


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### code chunk number 2: quickstart.Rnw:97-100
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library(CALIB)
path<-system.file("arraydata", package="CALIB")
dir(system.file("arraydata", package="CALIB")) 


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### code chunk number 3: quickstart.Rnw:106-109
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datapath <- system.file("arraydata", package="CALIB")
targets <- readTargets("targets.txt",path=datapath)
targets


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### code chunk number 4: quickstart.Rnw:116-117
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RG <- read.rg(targets$FileName,columns=list(Rf="CH1_NBC_INT",Gf="CH2_NBC_INT",Rb="CH1_SPOT_BKGD",Gb="CH2_SPOT_BKGD",RArea="CH1_SPOT_AREA",GArea="CH2_SPOT_AREA"),path=datapath)


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### code chunk number 5: quickstart.Rnw:122-126
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filename <- "annotation.txt"
fullname <- file.path(datapath,filename)
annotation <- read.table(file=fullname,header=T,fill=T,quote="",sep="\t")
RG$genes <- annotation


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### code chunk number 6: quickstart.Rnw:131-135
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types<-readSpotTypes(path=datapath)
types
spotstatus<-controlStatus(types,RG$genes)
RG$genes$Status<-spotstatus


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### code chunk number 7: quickstart.Rnw:140-142
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concfile<-"conc.txt"
spike<-read.spike(RG,file=concfile,path=datapath)


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### code chunk number 8: spikeci
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arraynum <- 1
plotSpikeCI(spike,array=arraynum)


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### code chunk number 9: quickstart.Rnw:163-164
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parameter<-estimateParameter(spike,RG,bc=F,area=T,errormodel="M")


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### code chunk number 10: spikehi
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plotSpikeHI(spike,parameter,array=arraynum)


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### code chunk number 11: quickstart.Rnw:185-193
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array<-c(1,1,2,2)
condition<-c(1,2,2,1)
dye<-c(1,2,1,2)
idcol<-"CLONE_ID"
## here, we normalize the first ten genes as example.
cloneid<-RG$genes[1:10,idcol]
normdata<-normalizeData(RG,parameter,array,condition,dye,idcol=idcol,cloneid=cloneid)
normdata