IRangesOverview.R
In IRanges: Foundation of integer range manipulation in Bioconductor

### R code from vignette source 'IRangesOverview.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)


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### code chunk number 2: options
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options(width=72)


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### code chunk number 3: install (eval = FALSE)
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## if (!require("BiocManager"))
##     install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("IRanges")


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### code chunk number 4: initialize
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library(IRanges)


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### code chunk number 5: iranges-constructor
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ir1 <- IRanges(start=1:10, width=10:1)
ir1
ir2 <- IRanges(start=1:10, end=11)
ir3 <- IRanges(end=11, width=10:1)
identical(ir1, ir2) && identical(ir1, ir3)
ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40),
              width=c(12, 6, 6, 15, 6, 2, 7))
ir


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### code chunk number 6: iranges-start
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start(ir)


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### code chunk number 7: iranges-end
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end(ir)


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### code chunk number 8: iranges-width
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width(ir)


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### code chunk number 9: iranges-subset-numeric
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ir[1:4]


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### code chunk number 10: iranges-subset-logical
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ir[start(ir) <= 15]


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### code chunk number 11: plotRanges
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plotRanges <- function(x, xlim=x, main=deparse(substitute(x)),
                       col="black", sep=0.5, ...) 
{
  height <- 1
  if (is(xlim, "IntegerRanges"))
    xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))
  bins <- disjointBins(IRanges(start(x), end(x) + 1))
  plot.new()
  plot.window(xlim, c(0, max(bins)*(height + sep)))
  ybottom <- bins * (sep + height) - height
  rect(start(x)-0.5, ybottom, end(x)+0.5, ybottom + height, col=col, ...)
  title(main)
  axis(1)
}


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### code chunk number 12: ir-plotRanges
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plotRanges(ir)


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### code chunk number 13: ranges-reduce
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reduce(ir)
plotRanges(reduce(ir))


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### code chunk number 14: rangeslist-contructor
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rl <- IRangesList(ir, rev(ir))


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### code chunk number 15: rangeslist-start
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start(rl)


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### code chunk number 16: bracket-ranges
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set.seed(0)
lambda <- c(rep(0.001, 4500), seq(0.001, 10, length=500),
            seq(10, 0.001, length=500))
xVector <- rpois(1e7, lambda)
yVector <- rpois(1e7, lambda[c(251:length(lambda), 1:250)])
xRle <- Rle(xVector)
yRle <- Rle(yVector)
irextract <- IRanges(start=c(4501, 4901) , width=100)
xRle[irextract]


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### code chunk number 17: overlap-ranges
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ol <- findOverlaps(ir, reduce(ir))
as.matrix(ol)


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### code chunk number 18: ranges-coverage
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cov <- coverage(ir)
plotRanges(ir)
cov <- as.vector(cov)
mat <- cbind(seq_along(cov)-0.5, cov)
d <- diff(cov) != 0
mat <- rbind(cbind(mat[d,1]+1, mat[d,2]), mat)
mat <- mat[order(mat[,1]),]
lines(mat, col="red", lwd=4)
axis(2)


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### code chunk number 19: ranges-shift
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shift(ir, 10)


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### code chunk number 20: ranges-narrow
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narrow(ir, start=1:5, width=2)


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### code chunk number 21: ranges-restrict
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restrict(ir, start=2, end=3)


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### code chunk number 22: ranges-threebands
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threebands(ir, start=1:5, width=2)


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### code chunk number 23: ranges-plus
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ir + seq_len(length(ir))


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### code chunk number 24: ranges-asterisk
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ir * -2 # double the width


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### code chunk number 25: ranges-disjoin
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disjoin(ir)
plotRanges(disjoin(ir))


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### code chunk number 26: ranges-disjointBins
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disjointBins(ir)


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### code chunk number 27: ranges-reflect
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reflect(ir, IRanges(start(ir), width=width(ir)*2))


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### code chunk number 28: ranges-flank
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flank(ir, width=seq_len(length(ir)))


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### code chunk number 29: ranges-gaps
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gaps(ir, start=1, end=50)
plotRanges(gaps(ir, start=1, end=50), c(1,50))


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### code chunk number 30: ranges-pgap
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### code chunk number 31: ranges-union
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### code chunk number 32: ranges-punion
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### code chunk number 33: ranges-intersect
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### code chunk number 34: ranges-pintersect
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### code chunk number 35: ranges-setdiff
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### code chunk number 36: ranges-psetdiff
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### code chunk number 37: Views-constructors
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xViews <- Views(xRle, xRle >= 1)
xViews <- slice(xRle, 1)
xRleList <- RleList(xRle, 2L * rev(xRle))
xViewsList <- slice(xRleList, 1)


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### code chunk number 38: views-looping
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head(viewSums(xViews))
viewSums(xViewsList)
head(viewMaxs(xViews))
viewMaxs(xViewsList)


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### code chunk number 39: AtomicList-intro
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showClass("RleList")


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### code chunk number 40: list-construct
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args(IntegerList)
cIntList1 <- IntegerList(x=xVector, y=yVector)
cIntList1
sIntList2 <- IntegerList(x=xVector, y=yVector, compress=FALSE)
sIntList2
## sparse integer list
xExploded <- lapply(xVector[1:5000], function(x) seq_len(x))
cIntList2 <- IntegerList(xExploded)
sIntList2 <- IntegerList(xExploded, compress=FALSE)
object.size(cIntList2)
object.size(sIntList2)


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### code chunk number 41: list-length
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length(cIntList2)
Rle(lengths(cIntList2))


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### code chunk number 42: list-lapply
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system.time(sapply(xExploded, mean))
system.time(sapply(sIntList2, mean))
system.time(sapply(cIntList2, mean))
identical(sapply(xExploded, mean), sapply(sIntList2, mean))
identical(sapply(xExploded, mean), sapply(cIntList2, mean))


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### code chunk number 43: list-groupgenerics
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xRleList > 0
yRleList <- RleList(yRle, 2L * rev(yRle))
xRleList + yRleList
sum(xRleList > 0 | yRleList > 0)


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### code chunk number 44: list-endoapply
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safe.max <- function(x) { if(length(x)) max(x) else integer(0) }
endoapply(sIntList2, safe.max)
endoapply(cIntList2, safe.max)
endoapply(sIntList2, safe.max)[[1]]


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### code chunk number 45: SessionInfo
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sessionInfo()