XDE: XDE: a Bayesian hierarchical model for cross-study analysis of differential gene expression

Multi-level model for cross-study detection of differential gene expression.

AuthorR.B. Scharpf, G. Parmigiani, A.B. Nobel, and H. Tjelmeland
Date of publicationNone
MaintainerRobert Scharpf <rscharpf@jhsph.edu>
LicenseLGPL-2
Version2.20.0

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burnin: Indicator for running a MCMC burnin

calculatePosteriorAvg: Calculate the posterior average for indicators of concordant...

empiricalStart: Empirical starting values for the MCMC

expressionSetList: Example of ExpressionSetList

ExpressionSetList-class: A class for containing a list of ExpressionSets

ExpressionSetList-methods: Methods for ExpressionSetList

firstMcmc: Values for the first MCMC iteration

geneCenter: Center the expression values for each gene in a study to zero

hyperparameters: Accessor for hyperparameters of the Bayesian model

iterations: Number of MCMC iterations

lastMcmc: MCMC values for the last iteration

output: Options for storing results of the MCMC chains

pairs: pairs function for high-throughput data

Parameters-class: Container for XDE parameters

posteriorAvg: Accessor and replacement methods for posterior averages of...

seed: Seed for the MCMC

ssStatistic: Calculate single study estimates of effect size

standardizeSamples: Centers the genes at zero and standardizes the samples to...

studyCenter: Center the expression values in a study to zero

symbolsInteresting: Useful for changing the look of pairs plots to emphasize...

thin: How often to write MCMC iterations to file

tuning: Tuning parameters for Metropolis-Hastings proposals

updates: Frequency of updating a parameter per MCMC iteration

xde: Fit the Bayesian hierarchical model for cross-study...

XdeMcmc-class: Class for storing output from the Bayesian model

XdeParameter-class: Container class for storing options of the Bayesian...

xmcmc: Object of class XdeMcmc

xsScores: Alternative cross-study scores of differential expression

zeroNu: Option for not modeling Nu

Files in this package

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