inst/doc/occugene.R

### R code from vignette source 'occugene.Rnw'

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### code chunk number 1: momments
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library("occugene")
n <- 60
p <- c(seq(10,1,-1),seq(10,1,-1),18)/124
p <- p/sum(p)
eMult(n,p)
varMult(n,p)


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### code chunk number 2: approx momments
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eMult(n,p,iter=100,seed=4)
varMult(n,p,iter=100,seed=4)


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### code chunk number 3: load
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data(sampleAnnotation)
data(sampleInsertions)
print(sampleAnnotation)
print(sampleInsertions)
a.data <- sampleAnnotation
experiment <- sampleInsertions


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### code chunk number 4: et
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orf <- cbind(a.data$first,a.data$last)
clone <- experiment$position
etDelta(10,orf,clone)


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### code chunk number 5: wj next
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orf <- cbind(a.data$first,a.data$last)
clone <- experiment$position
fFit(orf,clone,FALSE)
unbiasDelta0(10,orf,clone,iter=10,seed=4,alpha=0.05,TR=F)


###################################################
### code chunk number 6: number essential will
###################################################
unbiasB0(orf,clone,iter=10,seed=4,alpha=0.05,TR=F)


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### code chunk number 7: conversion
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newOrf <- occup2Negenes(orf,clone)
print(newOrf)

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occugene documentation built on Nov. 8, 2020, 8:10 p.m.