Nothing
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#### PATHChange Package
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################################### PATHChangeVenn function ##########################################
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PATHChangeVenn <- function(p.value, p, writePDF, destDIR){
Boot <- Fisher <- Wilc <- list()
for (j in 1:length(p.value)){
Boot[[j]] <- which(as.numeric(p.value[[j]][,"Bootstrap"])<=p|as.numeric(p.value[[j]][,"Bootstrap"])>=1-p)
Fisher[[j]] <- which(as.numeric(p.value[[j]][,"Fisher"])<=p)
Wilc[[j]] <- which(as.numeric(p.value[[j]][,"Wilcoxon"])<=p)
grid.newpage()
venn.plot <- paste("venn.plot", j, sep=".")
venn.plot.j<- draw.triple.venn(area1=length(Boot[[j]]),area2=length(Fisher[[j]]),area3=length(Wilc[[j]]),
n12 = length(grep(TRUE, (Boot[[j]]%in%Fisher[[j]]))),
n23 = length(grep(TRUE, (Fisher[[j]]%in%Wilc[[j]]))),
n13 = length(grep(TRUE, (Boot[[j]]%in%Wilc[[j]]))),
n123 = length(intersect(Boot[[j]],intersect(Fisher[[j]],Wilc[[j]]))),
category = c("Bootstrap", "Fisher", "Wilcoxon"),
lty = "blank",
margin = 0.05,
cex = 1.5,
cat.cex = 1.5,
fill = c("skyblue","pink1","mediumorchid"))
if(writePDF==TRUE){pdf(paste0(destDIR,"/",(paste(paste("VennDiagram", j, sep="_") ,".pdf", sep=""))))}
grid.draw(venn.plot.j);
dev.off()
}
return(grid.draw(venn.plot.j))
}
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